194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1656 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_1656  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  100 
 
 
267 aa  549  1e-155  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5040  transcriptional regulator, XRE family  39.02 
 
 
274 aa  206  3e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.727846 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3358  hypothetical protein  40.16 
 
 
274 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0307286  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5446  helix-turn-helix domain protein  34.75 
 
 
270 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.284222  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1651  transcriptional regulator, XRE family  35.91 
 
 
272 aa  156  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.115849  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.73 
 
 
267 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2688  transcriptional regulator, XRE family  35.23 
 
 
270 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00295053  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2769  transcriptional regulator, XRE family  30.89 
 
 
271 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.310894  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1874  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
267 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7488  hypothetical protein  34.07 
 
 
303 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.151706  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7293  hypothetical protein  33.09 
 
 
288 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.805915  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0264  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  45.32 
 
 
146 aa  133  3e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.269806  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2542  putative transcriptional regulator, XRE family  32.42 
 
 
277 aa  132  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.259314  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4696  helix-turn-helix domain protein  30.42 
 
 
285 aa  130  3e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4780  hypothetical protein  32.94 
 
 
269 aa  128  8.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3446  XRE family transcriptional regulator  31.14 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0926  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 
265 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2127  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 
268 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0935212  normal  0.339255 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1229  helix-turn-helix domain-containing protein  34.57 
 
 
290 aa  125  5e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.282504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1963  helix-turn-helix domain protein  35.09 
 
 
288 aa  125  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00297567  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  32.34 
 
 
293 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.254759  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24740  Helix-turn-helix protein  31.46 
 
 
283 aa  125  8.000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0875  helix-turn-helix domain protein  34.16 
 
 
292 aa  125  9e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2542  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 
269 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000099187  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4247  helix-turn-helix domain-containing protein  31.46 
 
 
410 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.710263  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  34.48 
 
 
289 aa  123  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1172  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 
296 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0041  XRE family transcriptional regulator  32.82 
 
 
293 aa  122  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0715  transcriptional regulator, XRE family  31.23 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1970  helix-turn-helix domain protein  35.61 
 
 
299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00381006  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1231  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0892392  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0566  hypothetical protein  33.59 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2512  hypothetical protein  31.84 
 
 
288 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.164807  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4236  helix-turn-helix domain-containing protein  31.47 
 
 
270 aa  120  3e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.359637 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4505  helix-turn-helix domain-containing protein  34.55 
 
 
262 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.832195  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3779  transcriptional regulator, XRE family  30.58 
 
 
270 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.662919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1293  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 
288 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2091  hypothetical protein  32.95 
 
 
295 aa  119  7e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.222911  normal  0.0505226 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3156  helix-turn-helix domain protein  34.09 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.263344  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2581  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 
271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.012514 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4086  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 
272 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2232  hypothetical protein  33.98 
 
 
295 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0989029  normal  0.199583 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6214  helix-turn-helix domain protein  28.25 
 
 
303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0199858  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7827  putative transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 
291 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2659  helix-turn-helix domain protein  31.29 
 
 
300 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000121562  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6481  putative transcriptional regulator, XRE family  31.46 
 
 
291 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.787196  normal  0.247273 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0974  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.23 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1328  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 
289 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1780  XRE family transcriptional regulator  29.37 
 
 
292 aa  112  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1414  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
268 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0188268  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0373  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 
287 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2479  helix-turn-helix domain-containing protein  29.37 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.292547 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1502  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7552  hypothetical protein  30.47 
 
 
287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0488  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 
267 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5627  hypothetical protein  30.29 
 
 
301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.596158 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4868  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  30.62 
 
 
269 aa  109  5e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0639407  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0229  XRE family transcriptional regulator  29.78 
 
 
301 aa  109  6e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.981725 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5737  helix-turn-helix domain-containing protein  32.01 
 
 
276 aa  109  6e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.598241 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2306  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.47 
 
 
292 aa  107  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5680  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 
282 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5053  helix-turn-helix domain protein  32.46 
 
 
310 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.983736  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6434  helix-turn-helix domain protein  27.74 
 
 
279 aa  105  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.147514  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  32.82 
 
 
279 aa  105  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0102  hypothetical protein  36.26 
 
 
255 aa  105  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1598  hypothetical protein  29.56 
 
 
283 aa  104  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5762  helix-turn-helix domain-containing protein  28.89 
 
 
291 aa  104  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4158  hypothetical protein  33.33 
 
 
212 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0098  hypothetical protein  35.71 
 
 
255 aa  103  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0255741  hitchhiker  0.000835874 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4152  helix-turn-helix domain protein  29.78 
 
 
302 aa  103  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1787  helix-turn-helix domain-containing protein  30.16 
 
 
265 aa  102  5e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00189431 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37910  hypothetical protein  33.88 
 
 
308 aa  102  5e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.281107 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3500  transcriptional regulator, XRE family  30.86 
 
 
287 aa  102  9e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2702  XRE family transcriptional regulator  28.37 
 
 
282 aa  101  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1128  hypothetical protein  46.53 
 
 
102 aa  100  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00280699  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2072  hypothetical protein  32.1 
 
 
282 aa  100  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.255323  normal  0.752202 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6648  helix-turn-helix domain-containing protein  27.9 
 
 
287 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.754069  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0398  putative DNA-binding protein  28.11 
 
 
296 aa  100  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1270  helix-turn-helix domain-containing protein  34.83 
 
 
281 aa  100  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0907  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 
291 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.960814  normal  0.106337 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5395  transcriptional regulator, XRE family  28.02 
 
 
282 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.128681  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1305  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
278 aa  99.8  4e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0383802  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1160  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 
281 aa  98.6  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.190961  unclonable  0.0000000484081 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1433  hypothetical protein  34.07 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669776  hitchhiker  0.000487487 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1296  transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 
286 aa  98.2  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20620  Helix-turn-helix protein  29.85 
 
 
281 aa  97.8  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0588198  normal  0.440077 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4058  hypothetical protein  33.06 
 
 
287 aa  97.4  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.174475 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3623  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
290 aa  96.3  4e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6313  hypothetical protein  28.26 
 
 
294 aa  95.9  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.637076  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6121  transcriptional regulator, XRE family  29.67 
 
 
285 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1378  hypothetical protein  31.15 
 
 
255 aa  94.4  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.508501  hitchhiker  0.00296839 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0030  helix-turn-helix domain protein  32.43 
 
 
302 aa  93.6  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5238  helix-turn-helix domain protein  29.2 
 
 
306 aa  93.2  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000759311 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1746  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 
280 aa  93.2  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.600914  normal  0.883752 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1415  hypothetical protein  31.69 
 
 
255 aa  92.8  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0574374 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1277  helix-turn-helix domain protein  32.54 
 
 
301 aa  92.8  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525262  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0392  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  29.17 
 
 
281 aa  92.4  7e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1089  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 
258 aa  92.4  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2126  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 
284 aa  92.4  7e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000982759  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2207  transcriptional regulator, XRE family  27.18 
 
 
328 aa  91.3  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693665  normal  0.596706 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>