85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4312 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_6608  two component regulator propeller domain protein  57.47 
 
 		 753 aa  907    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4312  two component regulator propeller domain protein  100 
 
 		 747 aa  1562    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4310  hypothetical protein  25.6 
 
 		 739 aa  209  1e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0210749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6607  hypothetical protein  27.67 
 
 		 743 aa  189  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  26.82 
 
 		 1346 aa  75.1  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 		 1258 aa  72.8  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  24.14 
 
 		 946 aa  72  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  26.02 
 
 		 1008 aa  71.6  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  23.74 
 
 		 985 aa  70.5  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  24.56 
 
 		 976 aa  66.6  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 		 1453 aa  63.5  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  21.9 
 
 		 1030 aa  62.8  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  22.68 
 
 		 1378 aa  62.4  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.08 
 
 		 1374 aa  62  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2154  two component regulator propeller domain-containing protein  23.02 
 
 		 359 aa  60.5  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  21.45 
 
 		 1347 aa  60.1  0.0000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 1242 aa  59.7  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  24.78 
 
 		 965 aa  59.7  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  22.97 
 
 		 1093 aa  59.3  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3908  periplasmic ligand-binding sensor protein  25.63 
 
 		 386 aa  58.5  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  22.82 
 
 		 1526 aa  57  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  23.11 
 
 		 1054 aa  56.6  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  21.22 
 
 		 1340 aa  56.2  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  22.93 
 
 		 1378 aa  56.2  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  20.69 
 
 		 1070 aa  55.5  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.14 
 
 		 1211 aa  55.5  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  22.06 
 
 		 1373 aa  54.3  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  21.71 
 
 		 1075 aa  54.3  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  21.35 
 
 		 1374 aa  54.3  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.59 
 
 		 1226 aa  54.3  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  21.25 
 
 		 1316 aa  54.3  0.000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.73 
 
 		 1276 aa  54.3  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  25 
 
 		 1051 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  20.59 
 
 		 1384 aa  53.5  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  21.19 
 
 		 1355 aa  53.5  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.64 
 
 		 1114 aa  53.5  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  21.15 
 
 		 1397 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  21.81 
 
 		 1306 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.56 
 
 		 1414 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  23.39 
 
 		 1342 aa  53.1  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0790  two component regulator propeller domain-containing protein  23.02 
 
 		 692 aa  52.4  0.00003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.29 
 
 		 1485 aa  52.4  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  23.95 
 
 		 1017 aa  52.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  21.18 
 
 		 1370 aa  52  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  20.45 
 
 		 1070 aa  51.6  0.00005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00965  Putative signal protein with GGDEF domain  22.22 
 
 		 973 aa  52  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.051643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06201  Putative signal protein with GGDEF domain  22.22 
 
 		 973 aa  52  0.00005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147648  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  22.57 
 
 		 1278 aa  51.2  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  27.2 
 
 		 967 aa  51.2  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  23.16 
 
 		 1018 aa  51.2  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5951  signal transduction histidine kinase, LytS  22.79 
 
 		 975 aa  50.8  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.580279  normal  0.0504112 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  23.57 
 
 		 1024 aa  50.8  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  20.29 
 
 		 1017 aa  50.1  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 1004 aa  49.7  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02505  immunoreactive 84 kDa antigen  26.04 
 
 		 761 aa  50.1  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.31 
 
 		 1511 aa  50.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  22.01 
 
 		 1118 aa  48.9  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.09 
 
 		 1481 aa  48.9  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  22.47 
 
 		 1250 aa  48.9  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1105  signal transduction histidine kinase-like protein  26.51 
 
 		 1141 aa  48.1  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.2 
 
 		 1484 aa  48.5  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.978359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  19.94 
 
 		 1388 aa  48.1  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.6 
 
 		 1505 aa  48.1  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  21.94 
 
 		 1327 aa  48.1  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  20.23 
 
 		 1086 aa  47.8  0.0009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  20.65 
 
 		 1355 aa  47  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  23.02 
 
 		 1344 aa  47  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4114  two component regulator propeller domain-containing protein  25.94 
 
 		 377 aa  46.6  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0168145 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  21.51 
 
 		 1373 aa  47  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  21.76 
 
 		 1508 aa  46.2  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  23.9 
 
 		 1034 aa  46.2  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  21.43 
 
 		 1363 aa  46.6  0.002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  21.36 
 
 		 1313 aa  45.8  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4115  two component regulator propeller domain-containing protein  24.5 
 
 		 357 aa  45.8  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0684737 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.58 
 
 		 1494 aa  45.4  0.003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  23.02 
 
 		 1084 aa  45.8  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3143  two component regulator propeller domain protein  23.03 
 
 		 361 aa  45.4  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.93 
 
 		 1508 aa  45.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2155  two component regulator propeller domain protein  21.21 
 
 		 534 aa  44.7  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.235717 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  22.07 
 
 		 1079 aa  44.7  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.33 
 
 		 1278 aa  44.7  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  23.6 
 
 		 1324 aa  44.3  0.009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  20.51 
 
 		 1498 aa  44.3  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1960  two component regulator propeller domain-containing protein  28.83 
 
 		 2374 aa  43.9  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  19.13 
 
 		 1366 aa  43.9  0.01  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>