164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1033 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 545 aa  1112    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4722  TPR repeat-containing protein  52.68 
 
 		 560 aa  509  1e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  50.7 
 
 		 571 aa  496  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6624  signal transduction histidine kinase, LytS  24.66 
 
 		 650 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.11241 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  32.47 
 
 		 966 aa  103  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.44 
 
 		 549 aa  103  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  27.43 
 
 		 1101 aa  100  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  25.74 
 
 		 782 aa  97.4  5e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.29 
 
 		 976 aa  97.8  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  35.45 
 
 		 966 aa  97.4  7e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  25.85 
 
 		 1060 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.05 
 
 		 918 aa  95.9  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1591  TPR repeat-containing protein  29.39 
 
 		 412 aa  93.2  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  28.64 
 
 		 947 aa  92.4  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  35.29 
 
 		 924 aa  92  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  25.09 
 
 		 1313 aa  91.3  4e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  27.8 
 
 		 957 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.86 
 
 		 1279 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.33 
 
 		 991 aa  87.4  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  30.62 
 
 		 921 aa  86.7  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  32.28 
 
 		 966 aa  86.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 		 343 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1063 aa  81.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  27.47 
 
 		 828 aa  81.3  0.00000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  28.17 
 
 		 959 aa  80.1  0.00000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3729  TPR-related region  27.6 
 
 		 340 aa  77.8  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0045227  normal  0.589192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6784  TPR repeat-containing protein  24.27 
 
 		 1526 aa  77.4  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.18 
 
 		 852 aa  76.6  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  24.53 
 
 		 603 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  23.48 
 
 		 1266 aa  75.9  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  25.72 
 
 		 985 aa  75.9  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  23.25 
 
 		 1238 aa  74.7  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1768  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 		 923 aa  73.9  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.706396 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  28.65 
 
 		 809 aa  73.9  0.000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1304  hypothetical protein  28.1 
 
 		 1404 aa  73.6  0.000000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1376  TPR repeat-containing protein  26.46 
 
 		 1261 aa  72  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0670144  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.32 
 
 		 760 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2284  hypothetical protein  27.38 
 
 		 584 aa  71.2  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.82 
 
 		 609 aa  71.2  0.00000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0461  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.81 
 
 		 1195 aa  71.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.79 
 
 		 636 aa  70.9  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 		 949 aa  70.9  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4825  tetratricopeptide TPR_3  29.44 
 
 		 1009 aa  69.7  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.57 
 
 		 868 aa  68.6  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  24.07 
 
 		 638 aa  68.2  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  26.82 
 
 		 2145 aa  68.2  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.88 
 
 		 607 aa  67.4  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2114  XRE family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 872 aa  67.4  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.566849  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  26.59 
 
 		 1550 aa  67.4  0.0000000006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0458  NB-ARC domain protein  26.69 
 
 		 941 aa  66.6  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4362  tetratricopeptide TPR_2  25.79 
 
 		 725 aa  65.9  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.714509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5155  hypothetical protein  25.61 
 
 		 623 aa  65.5  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.219859  hitchhiker  0.000451709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3705  TPR repeat-containing protein  25.65 
 
 		 1450 aa  64.7  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0896934  hitchhiker  0.00000122857 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0765  tetratricopeptide TPR_2  23.67 
 
 		 1180 aa  63.9  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.82828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0415  histidine kinase  22.06 
 
 		 600 aa  63.9  0.000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  26.64 
 
 		 1025 aa  63.9  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  25.94 
 
 		 775 aa  63.2  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0160  TPR repeat-containing protein  28.42 
 
 		 438 aa  62.4  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00134878  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  21.69 
 
 		 671 aa  59.7  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0229  tetratricopeptide TPR_3  22.91 
 
 		 689 aa  58.2  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1420  TPR repeat-containing protein  25.12 
 
 		 809 aa  58.5  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128456  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1366  hypothetical protein  25.33 
 
 		 825 aa  58.2  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3130  TPR repeat-containing protein  23.85 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180384 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3715  histidine kinase  30 
 
 		 695 aa  58.2  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223291 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  22.62 
 
 		 961 aa  57  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  23.65 
 
 		 1147 aa  56.6  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0340  hypothetical protein  26.99 
 
 		 2413 aa  56.2  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.259192 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0820  hypothetical protein  25.76 
 
 		 1212 aa  56.6  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.826533 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3806  TPR repeat-containing protein  22.66 
 
 		 600 aa  56.2  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0299153 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2310  diguanylate cyclase  24.77 
 
 		 718 aa  55.1  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_54602  predicted protein  25 
 
 		 740 aa  55.5  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3796  tetratricopeptide TPR_2  24.15 
 
 		 1040 aa  54.7  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1245  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.94 
 
 		 568 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0199548 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3737  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.61 
 
 		 742 aa  54.3  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1855  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.71 
 
 		 667 aa  54.3  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.329592  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  25.3 
 
 		 412 aa  54.3  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1215  TPR repeat-containing protein  25.94 
 
 		 568 aa  54.7  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0894  TPR-related region  20.66 
 
 		 364 aa  53.9  0.000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000179778 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  22.34 
 
 		 1298 aa  53.5  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1432  sensor histidine kinase  26.21 
 
 		 621 aa  53.5  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.197546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4797  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.15 
 
 		 1468 aa  53.5  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4076  histidine kinase  24.4 
 
 		 667 aa  53.5  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249378  normal  0.142572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  23.86 
 
 		 1022 aa  53.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38879  predicted protein  25.33 
 
 		 807 aa  53.5  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.192146  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  26.25 
 
 		 965 aa  52.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0939  TPR repeat-containing protein  22.99 
 
 		 714 aa  52.8  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1930  transcriptional activator domain-containing protein  24.34 
 
 		 991 aa  52.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.816243  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4077  TPR repeat-containing protein  26.15 
 
 		 1298 aa  52.8  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2664  putative PAS/PAC sensor protein  23.78 
 
 		 695 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.228466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  37.68 
 
 		 407 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1020  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.7 
 
 		 1441 aa  52.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2873  SEFIR domain protein  27.78 
 
 		 830 aa  52.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.205836  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6069  signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 		 659 aa  51.6  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0283  TPR repeat-containing protein  24.75 
 
 		 854 aa  51.6  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2111  ATP-binding region ATPase domain protein  26.05 
 
 		 645 aa  52  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.184163  normal  0.230765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3428  signal transduction histidine kinase  21.15 
 
 		 693 aa  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.435354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  23.11 
 
 		 971 aa  51.6  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0438  signal transduction histidine kinase-like protein  21.51 
 
 		 755 aa  51.6  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.128515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4503  histidine kinase  24.42 
 
 		 643 aa  51.6  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.604782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6020  multi-sensor signal transduction multi-kinase  21.15 
 
 		 1666 aa  51.6  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>