More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4076 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4076  histidine kinase  100 
 
 
667 aa  1381    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249378  normal  0.142572 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0345  histidine kinase  38.78 
 
 
454 aa  176  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0306383  normal  0.0156916 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3961  histidine kinase  36.26 
 
 
475 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321682  normal  0.0949422 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3285  ATP-binding region ATPase domain protein  36.82 
 
 
588 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.255364 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1899  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.88 
 
 
407 aa  162  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.512504  normal  0.0507183 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1523  ATP-binding region ATPase domain protein  36.97 
 
 
433 aa  159  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.925921  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5059  histidine kinase  28.99 
 
 
614 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00156812  normal  0.0126668 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2277  multi-sensor signal transduction multi-kinase  32.32 
 
 
1797 aa  144  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.947046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1193  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
387 aa  142  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.257298  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1411  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.18 
 
 
673 aa  140  7e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.352206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6126  histidine kinase  34.96 
 
 
628 aa  140  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1442  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.53 
 
 
576 aa  137  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1714  ATP-binding region ATPase domain protein  33.73 
 
 
666 aa  136  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84327  hitchhiker  0.000293695 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  35.54 
 
 
660 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3541  sensor kinase of copper sensing two-component system  32.73 
 
 
448 aa  135  3e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0485338  normal  0.197924 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
827 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3540  sensor for ctr capsule biosynthesis, histidine kinase acting on RcsB  32.17 
 
 
446 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.168985  normal  0.341625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5226  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 
388 aa  128  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1613  histidine kinase  33.99 
 
 
594 aa  127  6e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000260533  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0762  ATP-binding region ATPase domain protein  30.84 
 
 
630 aa  126  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6179  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 
389 aa  124  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.271486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6950  histidine kinase  27.97 
 
 
721 aa  124  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293144  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  28.9 
 
 
927 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2815  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.8 
 
 
412 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
639 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.48 
 
 
639 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.62 
 
 
640 aa  122  3e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6422  histidine kinase  32.16 
 
 
432 aa  121  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1898  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.17 
 
 
546 aa  121  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1606  histidine kinase  22.28 
 
 
710 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.734668  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0648  sensor protein TorS  30.6 
 
 
984 aa  120  7e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5514  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.02 
 
 
1010 aa  120  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.33 
 
 
958 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0194  ATPase domain-containing protein  29.07 
 
 
549 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.357239  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0286  histidine kinase  30.9 
 
 
582 aa  118  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000344798  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0065  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.09 
 
 
377 aa  118  3e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  24.73 
 
 
961 aa  118  3.9999999999999997e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2948  histidine kinase  29.92 
 
 
800 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.549542  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2536  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.68 
 
 
801 aa  117  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.087707 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
469 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0277954  normal  0.755166 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
383 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.722715 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  32.79 
 
 
1414 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 
639 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0303  histidine kinase  29.26 
 
 
360 aa  116  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0937  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0830916  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1331  adaptive-response sensory kinase  29.26 
 
 
391 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00234976 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2720  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
407 aa  115  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1303  adaptive-response sensory kinase  29.26 
 
 
391 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4200  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.32 
 
 
678 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.679083  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
492 aa  115  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0351302  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1741  histidine kinase  31.58 
 
 
356 aa  115  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000297787  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4310  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 
631 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.917762  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00620  two-component system sensor protein  29.04 
 
 
1131 aa  114  5e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.282271  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5380  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.31 
 
 
625 aa  114  6e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00714338  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0113  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 
382 aa  113  9e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741915  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2558  histidine kinase  25.86 
 
 
397 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.344287  hitchhiker  0.000338162 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 
835 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0691  adaptive-response sensory kinase  29.51 
 
 
387 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2868  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
593 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0694  external sensor signal transduction histidine kinase  26.45 
 
 
592 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.52754  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1933  ATPase domain-containing protein  29.26 
 
 
535 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.493372  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0836  sensor histidine kinase PAS domain-containing protein  28.75 
 
 
599 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.342989  normal  0.397263 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2420  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
933 aa  111  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42243  hitchhiker  0.0000359369 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2634  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.94 
 
 
451 aa  112  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0932991  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  30.19 
 
 
761 aa  112  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  28.07 
 
 
745 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05068  composite two-component sensor histidine kinase and response regulator hybrid transcription regulator protein  30.29 
 
 
676 aa  111  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.68498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  28.07 
 
 
745 aa  111  5e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3611  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.62 
 
 
566 aa  110  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.716129  hitchhiker  0.000346414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 
630 aa  110  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.591777 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
458 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  29.29 
 
 
576 aa  110  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.24 
 
 
456 aa  110  7.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0129  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.95 
 
 
752 aa  110  7.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  29.53 
 
 
906 aa  110  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0196  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.88 
 
 
556 aa  110  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0666549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4466  histidine kinase  28.93 
 
 
464 aa  110  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.734574  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  28.22 
 
 
923 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2597  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 
448 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.067404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2683  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.6 
 
 
546 aa  109  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116014 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.74 
 
 
1059 aa  110  1e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000317  sensor protein TorS  30.13 
 
 
987 aa  110  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0589  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.56 
 
 
581 aa  109  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 
1014 aa  109  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  27.98 
 
 
587 aa  108  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
587 aa  109  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  29.69 
 
 
935 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  30.13 
 
 
508 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0955  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
765 aa  109  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0190  histidine kinase  27.88 
 
 
472 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.393808  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1505  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.13 
 
 
818 aa  109  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11300  signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
556 aa  109  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  27.98 
 
 
587 aa  108  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.8 
 
 
657 aa  108  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  27.98 
 
 
587 aa  108  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_144  sensor kinase, two-component system, OmpR family  31.58 
 
 
581 aa  108  3e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  27.98 
 
 
587 aa  108  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  28.4 
 
 
587 aa  108  3e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  29.96 
 
 
818 aa  108  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  27.98 
 
 
587 aa  108  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>