77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6752 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 549 aa  1115    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  30.46 
 
 		 966 aa  90.5  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  24.44 
 
 		 545 aa  90.9  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  20.91 
 
 		 571 aa  90.5  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  33.12 
 
 		 924 aa  88.2  4e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.21 
 
 		 976 aa  87.8  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  28.02 
 
 		 966 aa  86.3  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4722  TPR repeat-containing protein  30.99 
 
 		 560 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.25 
 
 		 918 aa  80.9  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  28.26 
 
 		 921 aa  76.3  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  23.26 
 
 		 947 aa  70.9  0.00000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.38 
 
 		 607 aa  67.8  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  27.48 
 
 		 959 aa  67.4  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  25.29 
 
 		 966 aa  67.4  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0607  tetratricopeptide TPR_2  32.24 
 
 		 957 aa  63.2  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.21285 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  34.95 
 
 		 782 aa  62.8  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1226  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 		 262 aa  60.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0380935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0864  TPR repeat-containing protein  27.98 
 
 		 1060 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1297  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.4 
 
 		 262 aa  58.9  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.276388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  26.43 
 
 		 603 aa  58.9  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1227  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.4 
 
 		 262 aa  58.5  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.023902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2671  tetratricopeptide TPR_2  36.11 
 
 		 828 aa  58.5  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.290452  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3007  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.65 
 
 		 262 aa  57  0.0000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000355185  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2992  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.65 
 
 		 262 aa  57  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00509234  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3150  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  28.65 
 
 		 262 aa  57  0.0000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0633925  hitchhiker  0.00734203 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2654  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.57 
 
 		 262 aa  56.2  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  33.33 
 
 		 412 aa  55.8  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1371  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  29.31 
 
 		 262 aa  54.3  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.503899  normal  0.0591536 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3314  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  27.03 
 
 		 262 aa  54.3  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1542  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.07 
 
 		 262 aa  54.3  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.364125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1856  hypothetical protein  26.96 
 
 		 407 aa  53.9  0.000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.46 
 
 		 991 aa  52.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1432  sensor histidine kinase  24.85 
 
 		 621 aa  51.6  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.197546 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  29.73 
 
 		 407 aa  51.2  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2367  fimbrial biogenesis and twitching motility protein, putative  33.94 
 
 		 262 aa  50.8  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000000700104  normal  0.549255 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1288  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.74 
 
 		 262 aa  50.4  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  30.48 
 
 		 775 aa  50.4  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4076  histidine kinase  29.63 
 
 		 667 aa  50.4  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.249378  normal  0.142572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1430  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  26.32 
 
 		 262 aa  50.1  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.14258  normal  0.202712 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0846  response regulator receiver domain-containing protein  32.5 
 
 		 155 aa  49.3  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0389  hypothetical protein  35.14 
 
 		 404 aa  48.9  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000587209  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0390  hypothetical protein  39.13 
 
 		 400 aa  49.3  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000281987  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4236  signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 771 aa  48.9  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.931107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0585  hypothetical protein  31.65 
 
 		 413 aa  48.5  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.227182  normal  0.394141 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.83 
 
 		 609 aa  48.5  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2809  tetratricopeptide TPR_2  30.91 
 
 		 985 aa  48.1  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00683217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0475  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.67 
 
 		 1279 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.894605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0142  hypothetical protein  23.91 
 
 		 421 aa  47.8  0.0005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0129237  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0522  sigma-70, region 4 type 2  33.78 
 
 		 408 aa  47.8  0.0005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2052  hypothetical protein  36.23 
 
 		 403 aa  47.4  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2207  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 		 760 aa  47.4  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.166244 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1504  TPR repeat-containing protein  33.01 
 
 		 1313 aa  47.4  0.0007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0791  TPR repeat-containing protein  32.41 
 
 		 1063 aa  47.4  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0118647  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1254  tetratricopeptide TPR_2  26.2 
 
 		 260 aa  47  0.0008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.146515  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2652  hypothetical protein  35.29 
 
 		 919 aa  47  0.0009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00496775  normal  0.0664064 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0768  TPR repeat-containing protein  21.86 
 
 		 258 aa  46.6  0.001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.638517  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0788  TPR repeat-containing protein  26.53 
 
 		 1101 aa  47  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000957174  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  27.94 
 
 		 913 aa  46.2  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2043  hypothetical protein  33.78 
 
 		 356 aa  45.8  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000980864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  25.24 
 
 		 638 aa  46.2  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4084  TPR repeat-containing protein  32 
 
 		 843 aa  45.4  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1290  TPR repeat-containing protein  35.14 
 
 		 343 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3903  tetratricopeptide TPR_2  26.05 
 
 		 809 aa  46.2  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0269  TPR repeat-containing protein  30.48 
 
 		 729 aa  45.4  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0140  TPR repeat-containing protein  34.83 
 
 		 470 aa  45.1  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.207647  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  27.08 
 
 		 1025 aa  45.4  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4871  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.74 
 
 		 636 aa  45.4  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2548  transcriptional regulator, SARP family  30.91 
 
 		 992 aa  45.1  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.709979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0529  tetratricopeptide TPR_2  29 
 
 		 1266 aa  44.7  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.696941 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  25.23 
 
 		 1298 aa  45.1  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2398  hypothetical protein  28.57 
 
 		 167 aa  44.3  0.006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1854  hypothetical protein  34.78 
 
 		 409 aa  44.3  0.006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0353  hypothetical protein  32.43 
 
 		 409 aa  43.9  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000783451  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3413  histidine kinase internal region  30.39 
 
 		 671 aa  43.9  0.008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2664  putative PAS/PAC sensor protein  28.97 
 
 		 695 aa  43.9  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.228466  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1149  TPR repeat-containing protein  31.58 
 
 		 613 aa  43.9  0.008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0030  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.37 
 
 		 295 aa  43.5  0.009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>