149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1046 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 947 aa  1957    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  29.69 
 
 		 966 aa  409  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.36 
 
 		 918 aa  367  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  28.94 
 
 		 966 aa  355  2.9999999999999997e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  28.15 
 
 		 924 aa  337  5e-91  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  26.55 
 
 		 966 aa  325  3e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  26.55 
 
 		 976 aa  300  6e-80  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  25.54 
 
 		 959 aa  293  1e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  26.84 
 
 		 921 aa  194  5e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  25.24 
 
 		 1366 aa  181  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  28.07 
 
 		 1074 aa  123  1.9999999999999998e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  30.81 
 
 		 571 aa  102  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4722  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 		 560 aa  99.4  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  19.78 
 
 		 1341 aa  95.1  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  20.33 
 
 		 1257 aa  91.7  7e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  30.27 
 
 		 545 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4246  histidine kinase  21.72 
 
 		 1280 aa  81.6  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.921248  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.45 
 
 		 1338 aa  79  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  32.91 
 
 		 412 aa  75.5  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  29.21 
 
 		 407 aa  73.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  32.35 
 
 		 638 aa  71.6  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  27.82 
 
 		 1526 aa  71.2  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.26 
 
 		 549 aa  70.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  28.78 
 
 		 1344 aa  70.5  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 		 1295 aa  70.1  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  30.57 
 
 		 1378 aa  70.1  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0142  hypothetical protein  46.97 
 
 		 421 aa  67  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0129237  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2052  hypothetical protein  42.03 
 
 		 403 aa  67.4  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  33.07 
 
 		 1404 aa  66.6  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0390  hypothetical protein  43.48 
 
 		 400 aa  66.2  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000281987  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.21 
 
 		 1114 aa  66.2  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1856  hypothetical protein  44.78 
 
 		 407 aa  65.5  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0216  response regulator receiver domain-containing protein  41.1 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122145  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1854  hypothetical protein  40.58 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  34.35 
 
 		 1384 aa  64.3  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0389  hypothetical protein  34.23 
 
 		 404 aa  64.3  0.000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000587209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  29.94 
 
 		 1351 aa  64.3  0.000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2043  hypothetical protein  29.73 
 
 		 356 aa  64.3  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000980864  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  25.88 
 
 		 1494 aa  64.3  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  22.7 
 
 		 1340 aa  63.9  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  35.04 
 
 		 1374 aa  63.9  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.02 
 
 		 607 aa  63.9  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  23.79 
 
 		 987 aa  63.5  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3101  histidine kinase  25.76 
 
 		 1037 aa  63.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.377571  normal  0.147743 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.87 
 
 		 1486 aa  62.8  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  27.93 
 
 		 1418 aa  62.4  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0683  hypothetical protein  28.57 
 
 		 169 aa  62  0.00000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0430882  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  22.03 
 
 		 946 aa  62  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 		 1498 aa  61.6  0.00000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0585  hypothetical protein  42.42 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.227182  normal  0.394141 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2398  hypothetical protein  28.48 
 
 		 167 aa  61.6  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0846  response regulator receiver domain-containing protein  37.18 
 
 		 155 aa  61.2  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  25.2 
 
 		 1298 aa  61.2  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.27 
 
 		 1437 aa  60.1  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.261308 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  29.03 
 
 		 603 aa  60.1  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  22.22 
 
 		 1397 aa  59.7  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  29.86 
 
 		 1502 aa  59.3  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.66 
 
 		 1093 aa  59.3  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2053  regulatory protein LuxR  39.68 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00334599  normal  0.0797865 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1855  hypothetical protein  36.36 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  19.96 
 
 		 1438 aa  58.5  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0353  hypothetical protein  39.39 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000783451  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.43 
 
 		 1410 aa  57.8  0.0000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.583296  hitchhiker  0.00283749 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  33.33 
 
 		 1313 aa  57  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  22.12 
 
 		 977 aa  57.4  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0522  sigma-70, region 4 type 2  24.73 
 
 		 408 aa  56.6  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  20.22 
 
 		 1373 aa  56.6  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  28.84 
 
 		 1400 aa  56.6  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2055  hypothetical protein  35.71 
 
 		 412 aa  56.2  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0322363 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  32.5 
 
 		 1334 aa  57  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  23.82 
 
 		 1086 aa  56.2  0.000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  27.78 
 
 		 1024 aa  56.2  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1214  hypothetical protein  36.62 
 
 		 411 aa  55.5  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.636618 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  19.22 
 
 		 1185 aa  55.5  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 1004 aa  55.1  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  25.11 
 
 		 1363 aa  55.1  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.65 
 
 		 1258 aa  54.7  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  28.06 
 
 		 1084 aa  54.7  0.000008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.78 
 
 		 1419 aa  54.7  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  24.14 
 
 		 1075 aa  54.3  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  21.86 
 
 		 1030 aa  53.9  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2672  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.67 
 
 		 1451 aa  54.3  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.457113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.55 
 
 		 1511 aa  53.9  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  22.97 
 
 		 1105 aa  54.3  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  28.21 
 
 		 1070 aa  54.3  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2593  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.8 
 
 		 1436 aa  54.3  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  26.85 
 
 		 1374 aa  53.9  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  23.56 
 
 		 1407 aa  54.3  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5155  hypothetical protein  29.67 
 
 		 623 aa  54.3  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.219859  hitchhiker  0.000451709 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 		 1430 aa  53.5  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.017718 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1476  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.47 
 
 		 1430 aa  53.5  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65929  normal  0.14467 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2757  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 		 1419 aa  53.5  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.28 
 
 		 1344 aa  53.1  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.81 
 
 		 1419 aa  53.5  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000359916 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  29.66 
 
 		 1311 aa  53.9  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  32.43 
 
 		 1355 aa  53.5  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  37.63 
 
 		 1388 aa  52.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  20.98 
 
 		 1373 aa  52.8  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.08 
 
 		 1211 aa  52.8  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1464  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.48 
 
 		 1433 aa  52.4  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000600207 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>