155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5110 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  100 
 
 		 966 aa  2000    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  32.48 
 
 		 976 aa  507  9.999999999999999e-143  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  31.69 
 
 		 966 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  30.19 
 
 		 959 aa  441  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.84 
 
 		 918 aa  441  9.999999999999999e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  30.01 
 
 		 924 aa  402  9.999999999999999e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  28.34 
 
 		 966 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  26.61 
 
 		 947 aa  324  4e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  25.7 
 
 		 1074 aa  193  1e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  23.9 
 
 		 1366 aa  178  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  25 
 
 		 921 aa  173  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  22.84 
 
 		 1257 aa  149  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 1341 aa  144  8e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4246  histidine kinase  22.67 
 
 		 1280 aa  124  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.921248  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  32.51 
 
 		 571 aa  103  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.46 
 
 		 549 aa  90.5  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  21.78 
 
 		 1316 aa  89.4  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  30.69 
 
 		 412 aa  89.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  31.91 
 
 		 545 aa  84.7  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4722  TPR repeat-containing protein  29.69 
 
 		 560 aa  82  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  22.56 
 
 		 1327 aa  80.9  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3230  histidine kinase  20.89 
 
 		 1033 aa  77  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.704109  normal  0.047539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  20.28 
 
 		 1114 aa  77.4  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  26.02 
 
 		 1526 aa  75.1  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  20.32 
 
 		 965 aa  72.8  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  26.04 
 
 		 407 aa  72.4  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  21.64 
 
 		 975 aa  72.4  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  21.01 
 
 		 1334 aa  72  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0216  response regulator receiver domain-containing protein  30.98 
 
 		 398 aa  70.9  0.0000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122145  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  23.08 
 
 		 1344 aa  70.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  27.64 
 
 		 1005 aa  69.7  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0688  histidine kinase/response regulator hybrid protein  29.53 
 
 		 1179 aa  69.7  0.0000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0605  histidine kinase  29.53 
 
 		 1190 aa  70.1  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.63 
 
 		 1030 aa  69.3  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1854  hypothetical protein  30.77 
 
 		 409 aa  69.7  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.15 
 
 		 1093 aa  67.8  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2052  hypothetical protein  24.73 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5155  hypothetical protein  28.37 
 
 		 623 aa  67.8  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.219859  hitchhiker  0.000451709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  21.46 
 
 		 1105 aa  67.8  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.02 
 
 		 607 aa  67.4  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1855  hypothetical protein  24.5 
 
 		 409 aa  67  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  22.09 
 
 		 1373 aa  66.6  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2497  histidine kinase  19.95 
 
 		 1031 aa  65.9  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0918719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.28 
 
 		 1211 aa  65.5  0.000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2339  histidine kinase  30.34 
 
 		 1009 aa  65.5  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1856  hypothetical protein  24.12 
 
 		 407 aa  65.1  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  25.34 
 
 		 1340 aa  64.7  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2053  regulatory protein LuxR  28.81 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00334599  normal  0.0797865 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  28.92 
 
 		 1013 aa  63.9  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  29.68 
 
 		 1018 aa  63.5  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2398  hypothetical protein  26.95 
 
 		 167 aa  62.8  0.00000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  22.61 
 
 		 1374 aa  61.6  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35 
 
 		 1486 aa  60.8  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0142  hypothetical protein  27.07 
 
 		 421 aa  60.8  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0129237  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0389  hypothetical protein  42.86 
 
 		 404 aa  60.8  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000587209  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  27.1 
 
 		 1418 aa  60.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2043  hypothetical protein  25.14 
 
 		 356 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000980864  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  24.7 
 
 		 1015 aa  59.7  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0585  hypothetical protein  30.95 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.227182  normal  0.394141 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  27.67 
 
 		 1498 aa  59.3  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.92 
 
 		 1511 aa  59.7  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  20.98 
 
 		 1363 aa  58.9  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0846  response regulator receiver domain-containing protein  31 
 
 		 155 aa  58.9  0.0000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.83 
 
 		 1505 aa  58.5  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2852  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  20.69 
 
 		 1338 aa  58.5  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.216357  normal  0.0407933 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.35 
 
 		 1258 aa  58.5  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  41.89 
 
 		 603 aa  58.5  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  35.96 
 
 		 1431 aa  58.2  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  19.89 
 
 		 1086 aa  58.2  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  21.12 
 
 		 1355 aa  58.2  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  20.73 
 
 		 1355 aa  58.2  0.0000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  23.28 
 
 		 1075 aa  57.8  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  31.09 
 
 		 638 aa  57.4  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  20.46 
 
 		 1054 aa  57.4  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0353  hypothetical protein  39.44 
 
 		 409 aa  57  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000783451  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  25.83 
 
 		 1494 aa  57  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00967  Putative signal protein with GGDEF domain  24.9 
 
 		 990 aa  57  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0579558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  24.9 
 
 		 990 aa  57  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  25.11 
 
 		 1388 aa  56.6  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  28.24 
 
 		 1404 aa  56.6  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  24.64 
 
 		 1515 aa  55.8  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  22.17 
 
 		 1414 aa  55.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.5 
 
 		 1226 aa  55.5  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0390  hypothetical protein  43.94 
 
 		 400 aa  55.5  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000281987  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1400  signal transduction histidine kinase, LytS  23.19 
 
 		 1051 aa  55.5  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2055  hypothetical protein  27.12 
 
 		 412 aa  55.1  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0322363 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0683  hypothetical protein  35.62 
 
 		 169 aa  55.1  0.000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0430882  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0522  sigma-70, region 4 type 2  26.29 
 
 		 408 aa  55.1  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  30.16 
 
 		 1342 aa  55.1  0.000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  25.94 
 
 		 976 aa  54.7  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.97 
 
 		 1242 aa  54.7  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  23.31 
 
 		 1053 aa  54.3  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1214  hypothetical protein  21.86 
 
 		 411 aa  54.3  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.636618 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  22.79 
 
 		 1278 aa  53.9  0.00001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01692  histidine kinase-response regulator hybrid protein  23.72 
 
 		 921 aa  53.9  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.803557  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  34.82 
 
 		 1175 aa  54.3  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1503  putative phytochrome sensor protein  33.98 
 
 		 1182 aa  53.9  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.531436 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.57 
 
 		 1276 aa  53.5  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 1004 aa  53.5  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  28.99 
 
 		 1346 aa  52.8  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>