97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4457 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4457  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 966 aa  1997    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.547155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3632  Two component regulator three Y domain protein  33.12 
 
 		 966 aa  545  1e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2430  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  30.47 
 
 		 918 aa  464  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36505  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1559  two component regulator  29.55 
 
 		 959 aa  409  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4178  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  27.96 
 
 		 976 aa  381  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5110  Two component regulator three Y domain protein  28.34 
 
 		 966 aa  376  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58811  normal  0.312264 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1046  transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 		 947 aa  364  5.0000000000000005e-99  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3526  response regulator receiver protein  27.87 
 
 		 921 aa  356  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1127  two component regulator propeller domain protein  33.94 
 
 		 924 aa  278  3e-73  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  25 
 
 		 1366 aa  148  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1719  histidine kinase  23.42 
 
 		 1257 aa  119  3.9999999999999997e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0583268  normal  0.402469 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1852  histidine kinase  24.07 
 
 		 1074 aa  105  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.496494  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1033  TPR repeat-containing protein  32.64 
 
 		 545 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4722  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 560 aa  101  8e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2397  TPR repeat-containing protein  30.89 
 
 		 571 aa  101  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4246  histidine kinase  23.74 
 
 		 1280 aa  89.4  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.921248  normal  0.11404 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1857  hypothetical protein  30.06 
 
 		 412 aa  77.4  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  21.76 
 
 		 1378 aa  74.7  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 1341 aa  70.9  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.99 
 
 		 549 aa  67.4  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1214  hypothetical protein  25.41 
 
 		 411 aa  63.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.636618 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1854  hypothetical protein  25 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.54 
 
 		 1295 aa  61.2  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.086012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2054  hypothetical protein  23.65 
 
 		 407 aa  60.8  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.247121  normal  0.0331118 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1856  hypothetical protein  24.32 
 
 		 407 aa  59.7  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0038  transcriptional regulator, LuxR family  28.33 
 
 		 307 aa  59.7  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  29.3 
 
 		 965 aa  59.7  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0389  hypothetical protein  26.74 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000587209  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  28 
 
 		 976 aa  59.3  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  24.02 
 
 		 1370 aa  59.3  0.0000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2043  hypothetical protein  27.33 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000980864  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5363  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.78 
 
 		 607 aa  57.4  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.423746  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2284  hypothetical protein  23.36 
 
 		 584 aa  57.4  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0216  response regulator receiver domain-containing protein  23.81 
 
 		 398 aa  57.8  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0122145  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  21.77 
 
 		 1054 aa  57  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4624  hypothetical protein  24.26 
 
 		 638 aa  56.6  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.706425  normal  0.495642 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  21.08 
 
 		 1024 aa  57  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2164  sensory box protein  32.48 
 
 		 1431 aa  56.6  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.357073  normal  0.611751 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2052  hypothetical protein  23.75 
 
 		 403 aa  56.6  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.000000379131  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2398  hypothetical protein  23.39 
 
 		 167 aa  57  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  31.13 
 
 		 1400 aa  55.8  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  24.47 
 
 		 1013 aa  54.7  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  23.63 
 
 		 1105 aa  54.7  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0353  hypothetical protein  25.17 
 
 		 409 aa  53.9  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000783451  normal  0.36441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  20.78 
 
 		 1114 aa  54.3  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0142  hypothetical protein  26.09 
 
 		 421 aa  53.5  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0129237  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  23.36 
 
 		 1378 aa  53.1  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  21.43 
 
 		 1526 aa  52  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5155  hypothetical protein  24.65 
 
 		 623 aa  51.6  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.219859  hitchhiker  0.000451709 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  26.22 
 
 		 1407 aa  51.6  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  25.77 
 
 		 1351 aa  51.6  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  24.43 
 
 		 1017 aa  50.8  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  28.47 
 
 		 1005 aa  50.4  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  28.86 
 
 		 1374 aa  50.4  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2055  hypothetical protein  27.18 
 
 		 412 aa  49.7  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0322363 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 215 aa  49.7  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  25 
 
 		 1075 aa  49.7  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1280  signal transduction histidine kinase, LytS  23.21 
 
 		 1015 aa  49.7  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0152278  normal  0.38856 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  22.48 
 
 		 967 aa  49.7  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2168  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  22.94 
 
 		 1204 aa  49.3  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172741 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  20.06 
 
 		 1334 aa  49.7  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0609  histidine kinase  23.47 
 
 		 1016 aa  49.3  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.574226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  21.81 
 
 		 695 aa  48.9  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  28.21 
 
 		 1018 aa  49.3  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2641  hypothetical protein  26.67 
 
 		 603 aa  48.9  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02697  sensory box protein  25.66 
 
 		 1510 aa  48.9  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  27.62 
 
 		 1396 aa  48.9  0.0005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  18.32 
 
 		 977 aa  48.5  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  26.4 
 
 		 1418 aa  48.1  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  21.34 
 
 		 1298 aa  48.1  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  19.73 
 
 		 1313 aa  48.1  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  36.21 
 
 		 1306 aa  48.1  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  21.33 
 
 		 1093 aa  48.1  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  22.09 
 
 		 1185 aa  47.8  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  32.35 
 
 		 985 aa  47.8  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0683  hypothetical protein  37.04 
 
 		 169 aa  47.8  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0430882  normal  0.218421 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  24.1 
 
 		 1498 aa  47.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  23.76 
 
 		 1278 aa  46.6  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  23.4 
 
 		 1063 aa  46.6  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  23.45 
 
 		 1004 aa  47  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3306  sensor histidine kinase  27.13 
 
 		 1171 aa  47  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0846  response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 155 aa  46.6  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.321118 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0585  hypothetical protein  25.16 
 
 		 413 aa  47  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.227182  normal  0.394141 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1997  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  33.71 
 
 		 197 aa  46.6  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.333764  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1855  hypothetical protein  23.36 
 
 		 409 aa  46.2  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0390  hypothetical protein  31.34 
 
 		 400 aa  45.8  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000281987  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  26.12 
 
 		 1344 aa  45.8  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2173  LuxR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 269 aa  45.8  0.004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0522  sigma-70, region 4 type 2  33.8 
 
 		 408 aa  45.4  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  20.33 
 
 		 1258 aa  45.4  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 1349 aa  45.4  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2335  LuxR family DNA-binding response regulator  38.6 
 
 		 215 aa  45.4  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  28.03 
 
 		 1046 aa  45.1  0.006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  20.17 
 
 		 1342 aa  45.1  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  27.12 
 
 		 1017 aa  44.7  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3419  LuxR response regulator receiver  24.31 
 
 		 231 aa  44.3  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.393456  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3230  histidine kinase  25 
 
 		 1033 aa  44.3  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.704109  normal  0.047539 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>