170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4930 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_4930  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 387 aa  740    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.279105  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1666  transcriptional regulator, XRE family  44.55 
 
 		 462 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3744  transcriptional regulator, XRE family  33.17 
 
 		 814 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.806714 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  35 
 
 		 931 aa  129  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  34.86 
 
 		 1030 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  34.82 
 
 		 993 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 775 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  32.07 
 
 		 788 aa  116  7.999999999999999e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  33.44 
 
 		 915 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  34.35 
 
 		 838 aa  115  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  34.56 
 
 		 908 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  33.96 
 
 		 1001 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  34.48 
 
 		 995 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  34.15 
 
 		 1088 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  33.53 
 
 		 965 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  31.33 
 
 		 990 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  30.63 
 
 		 790 aa  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  37.07 
 
 		 1014 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  30.94 
 
 		 990 aa  103  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  31.19 
 
 		 919 aa  103  7e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  30.31 
 
 		 1003 aa  102  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  31.84 
 
 		 970 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  31.82 
 
 		 1010 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  32.71 
 
 		 1054 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  30.85 
 
 		 921 aa  101  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  31.23 
 
 		 940 aa  101  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  31.14 
 
 		 797 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  32.32 
 
 		 956 aa  100  5e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  31.72 
 
 		 850 aa  98.2  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  30.12 
 
 		 946 aa  98.6  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  29.79 
 
 		 907 aa  96.7  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  27.41 
 
 		 983 aa  96.3  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  29.32 
 
 		 1003 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4182  AAA ATPase  33.71 
 
 		 690 aa  94  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  28.75 
 
 		 1027 aa  93.2  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  29.97 
 
 		 934 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  34.36 
 
 		 921 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1770  Tetratricopeptide TPR_4  32.47 
 
 		 741 aa  90.5  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430666  normal  0.588831 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  29.28 
 
 		 967 aa  90.1  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 1071 aa  89.4  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  28.62 
 
 		 806 aa  88.6  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  28.1 
 
 		 930 aa  88.2  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  30.21 
 
 		 770 aa  87.8  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  29.39 
 
 		 928 aa  86.7  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  29.94 
 
 		 1022 aa  86.3  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  30.15 
 
 		 992 aa  86.3  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  28.17 
 
 		 996 aa  85.9  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  30.21 
 
 		 715 aa  85.5  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  31.41 
 
 		 792 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  29.5 
 
 		 935 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  30.03 
 
 		 757 aa  85.1  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  32.83 
 
 		 1020 aa  83.6  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2767  hypothetical protein  29.6 
 
 		 715 aa  83.6  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0532773  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  27.36 
 
 		 913 aa  83.6  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5275  transcriptional regulator, SARP family  31.35 
 
 		 989 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  29.54 
 
 		 981 aa  82.8  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  28.97 
 
 		 632 aa  82.4  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 1319 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  29.09 
 
 		 1108 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6515  transcriptional regulator, SARP family  32.48 
 
 		 1004 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409149  normal  0.360927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  30.86 
 
 		 1025 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2780  transcriptional regulator, XRE family  27.51 
 
 		 782 aa  80.9  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  35.07 
 
 		 1011 aa  80.1  0.00000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  29.1 
 
 		 1033 aa  80.1  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2636  transcriptional regulator, SARP family  33.13 
 
 		 928 aa  79.7  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.1023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 1048 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  28.25 
 
 		 1008 aa  79  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  34.07 
 
 		 1024 aa  78.2  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  32.22 
 
 		 937 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  30.66 
 
 		 950 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  28.97 
 
 		 1138 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  28.66 
 
 		 1022 aa  77  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  30.84 
 
 		 1003 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  31.3 
 
 		 1025 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5476  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 		 761 aa  76.3  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  32.17 
 
 		 993 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  29.67 
 
 		 775 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  29.88 
 
 		 755 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5472  transcriptional regulator, SARP family  32.32 
 
 		 994 aa  75.5  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.959943  normal  0.441932 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  27.36 
 
 		 964 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  29.3 
 
 		 680 aa  75.1  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  29.77 
 
 		 926 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3394  transcriptional regulator, SARP family  32.82 
 
 		 978 aa  74.3  0.000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000625659 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6871  hypothetical protein  28.63 
 
 		 854 aa  73.6  0.000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.361895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5351  hypothetical protein  28.98 
 
 		 862 aa  71.6  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.466461 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1806  transcriptional regulator, SARP family  28.92 
 
 		 1060 aa  72  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287202  normal  0.440265 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  29.38 
 
 		 982 aa  70.9  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3887  transcriptional regulator, SARP family  34 
 
 		 666 aa  70.5  0.00000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000943372  normal  0.402378 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 1346 aa  70.5  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  30 
 
 		 910 aa  70.1  0.00000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3737  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.1 
 
 		 742 aa  70.1  0.00000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  31.43 
 
 		 962 aa  70.1  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5286  transcriptional regulator, XRE family  29.71 
 
 		 810 aa  68.9  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0476  transcriptional regulator, SARP family  37.93 
 
 		 639 aa  68.9  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4985  Tetratricopeptide TPR_4  27.37 
 
 		 687 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.688243  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  30.67 
 
 		 978 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  29.61 
 
 		 910 aa  67.8  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  26.87 
 
 		 992 aa  67  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  27.82 
 
 		 612 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3544  hypothetical protein  34.6 
 
 		 543 aa  66.6  0.0000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.779091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>