189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_2767 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_2767  hypothetical protein  100 
 
 
715 aa  1424    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0532773  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1985  NB-ARC domain protein  30.58 
 
 
797 aa  218  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00414294  normal  0.784778 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5360  transcriptional regulator, SARP family  32.43 
 
 
913 aa  216  9.999999999999999e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.265987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5633  NB-ARC domain-containing protein  30.29 
 
 
744 aa  210  8e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.345268  normal  0.0245797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  30.09 
 
 
1108 aa  204  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6259  NB-ARC domain protein  28.61 
 
 
790 aa  202  9.999999999999999e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2677  NB-ARC domain protein  33.76 
 
 
788 aa  197  5.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0391388 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0576  transcriptional regulator, SARP family  29.56 
 
 
946 aa  195  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3942  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 
755 aa  195  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058875  normal  0.0427407 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 
915 aa  191  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  31.67 
 
 
930 aa  191  4e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0641  transcriptional regulator, XRE family  30.12 
 
 
806 aa  189  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  28.61 
 
 
919 aa  189  2e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  36.4 
 
 
931 aa  188  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3671  SARP family transcriptional regulator  30.6 
 
 
1048 aa  187  4e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046189 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00460  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  30.26 
 
 
921 aa  187  8e-46  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.622636 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2713  NB-ARC domain protein  32.93 
 
 
838 aa  186  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000220271  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1805  putative regulator protein  30.56 
 
 
708 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.569489 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2122  SARP family transcriptional regulator  28.59 
 
 
1071 aa  183  1e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.510059  normal  0.895505 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3441  TPR repeat-containing protein  28.4 
 
 
850 aa  182  2e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  30.34 
 
 
940 aa  181  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6437  NB-ARC domain protein  30.54 
 
 
715 aa  181  5.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6515  transcriptional regulator, SARP family  31.39 
 
 
1004 aa  179  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.409149  normal  0.360927 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  29.36 
 
 
934 aa  179  2e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  27.9 
 
 
1020 aa  174  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 
680 aa  173  7.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7082  transcriptional regulator, SARP family  29.85 
 
 
990 aa  172  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.379783 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  29.51 
 
 
990 aa  172  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  31.17 
 
 
950 aa  171  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  27.18 
 
 
1022 aa  169  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3391  transcriptional regulator, SARP family  28.77 
 
 
971 aa  168  2.9999999999999998e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.436064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5051  transcriptional regulator, SARP family  27.66 
 
 
965 aa  167  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1973  transcriptional regulator, SARP family  32.35 
 
 
1008 aa  166  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.458427  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  35 
 
 
1014 aa  166  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2958  transcriptional regulator, SARP family  36.72 
 
 
964 aa  164  6e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.500488  hitchhiker  0.00113225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5355  transcriptional regulator, SARP family  33.75 
 
 
1138 aa  164  6e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.610748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4296  transcriptional regulator, SARP family  29.83 
 
 
996 aa  164  7e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.300157  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4182  AAA ATPase  31 
 
 
690 aa  164  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3863  transcriptional regulator, SARP family  27.84 
 
 
981 aa  163  9e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.291313  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5783  transcriptional regulator, SARP family  28.18 
 
 
1021 aa  162  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0303431  normal  0.017876 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0976  transcriptional regulator, XRE family  31.36 
 
 
775 aa  162  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  29.54 
 
 
954 aa  161  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5300  transcriptional regulator, SARP family  31.41 
 
 
1017 aa  160  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.706654  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3657  transcriptional regulator, SARP family  30.93 
 
 
1030 aa  159  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5833  transcriptional regulator, SARP family  28.4 
 
 
937 aa  160  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2572  transcriptional regulator, SARP family  32.68 
 
 
1011 aa  158  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  30.65 
 
 
921 aa  157  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  33.13 
 
 
1088 aa  157  8e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  27.78 
 
 
1027 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0601  transcriptional regulator, SARP family  29.82 
 
 
928 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.752855  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  29.34 
 
 
1003 aa  156  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3332  transcriptional regulator, SARP family  32.74 
 
 
1025 aa  155  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00786892  normal  0.331119 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3944  Tetratricopeptide TPR_4  32.5 
 
 
705 aa  155  2e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.664408  normal  0.0198084 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3874  transcriptional regulator, SARP family  28.68 
 
 
935 aa  155  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.841165  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6410  transcriptional regulator, SARP family  28.47 
 
 
970 aa  155  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.112311 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  35.07 
 
 
1010 aa  152  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0900  transcriptional regulator, SARP family  30.62 
 
 
908 aa  151  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.836617  normal  0.151973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3637  transcriptional regulator, XRE family  31.93 
 
 
757 aa  150  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.317729  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0994  transcriptional regulator, SARP family  35.59 
 
 
995 aa  150  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0796  transcriptional regulator, SARP family  28.65 
 
 
1033 aa  149  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.64254  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0797  transcriptional regulator, SARP family  34.23 
 
 
1001 aa  149  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3752  transcriptional regulator, SARP family  35.88 
 
 
992 aa  149  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3977  transcriptional regulator, SARP family  26.45 
 
 
962 aa  149  3e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3737  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.04 
 
 
742 aa  147  7.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3801  transcriptional regulator, SARP family  29.92 
 
 
993 aa  147  7.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000525265 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  31.81 
 
 
775 aa  146  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5476  transcriptional regulator, XRE family  33.26 
 
 
761 aa  146  1e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3744  transcriptional regulator, XRE family  30.83 
 
 
814 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.806714 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2430  transcriptional regulator, SARP family  36.36 
 
 
612 aa  145  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00930066 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0687  transcriptional regulator, SARP family  32 
 
 
1003 aa  145  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.622837 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1556  NB-ARC domain protein  30.4 
 
 
792 aa  145  3e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.56411  normal  0.0240441 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1768  transcriptional regulator, SARP family  28.35 
 
 
907 aa  144  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.523218  normal  0.689906 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  27.47 
 
 
1003 aa  144  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8120  NB-ARC domain protein  27.64 
 
 
978 aa  144  8e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  27.7 
 
 
941 aa  143  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4465  transcriptional regulator, SARP family  35.12 
 
 
1024 aa  143  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.435845  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1770  Tetratricopeptide TPR_4  27.57 
 
 
741 aa  141  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.430666  normal  0.588831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  31.25 
 
 
993 aa  140  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0196  transcriptional regulator, SARP family  27.15 
 
 
967 aa  139  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.46607  normal  0.0345978 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5323  transcriptional regulator, SARP family  29.92 
 
 
1025 aa  139  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6283  transcriptional regulator, SARP family  26.88 
 
 
1022 aa  134  6.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6346  transcriptional regulator, SARP family  29.78 
 
 
1034 aa  133  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4244  transcriptional activator domain-containing protein  28.37 
 
 
992 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0384973 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4139  transcriptional regulator, SARP family  31.14 
 
 
983 aa  131  4.0000000000000003e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.180514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5280  transcriptional regulator, SARP family  30.99 
 
 
632 aa  130  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.18548  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4985  Tetratricopeptide TPR_4  28.02 
 
 
687 aa  129  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.688243  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0225  transcriptional regulator, XRE family  27.09 
 
 
792 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.312331  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  32.01 
 
 
956 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  31.13 
 
 
910 aa  128  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  33.63 
 
 
654 aa  127  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  29.17 
 
 
965 aa  127  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2843  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 
907 aa  125  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  34.81 
 
 
1013 aa  124  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3098  transcriptional regulator, SARP family  33.71 
 
 
926 aa  124  8e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.312417  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0228  transcriptional regulator, XRE family  27.37 
 
 
770 aa  124  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00256597  normal  0.277855 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3782  transcriptional regulator, SARP family  30.4 
 
 
982 aa  123  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.519842  hitchhiker  0.00738187 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5531  transcriptional regulator, SARP family  31.08 
 
 
963 aa  122  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.394906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4597  transcriptional regulator, SARP family  36.68 
 
 
582 aa  121  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3101  transcriptional regulator, SARP family  34.57 
 
 
910 aa  121  4.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.423529  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  29.28 
 
 
1054 aa  121  4.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>