More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1195 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1195  GGDEF family protein  100 
 
 		 429 aa  887    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.5 
 
 		 638 aa  122  9e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000652876  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 461 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.74 
 
 		 474 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0267  diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 1320 aa  114  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  44.3 
 
 		 302 aa  112  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 416 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 422 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1443  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000552485  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2710  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 632 aa  111  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0279303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 323 aa  111  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.24 
 
 		 416 aa  111  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 384 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 375 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 794 aa  110  6e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  38.89 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  39.88 
 
 		 756 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  38.73 
 
 		 949 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  34.56 
 
 		 507 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 536 aa  109  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  34 
 
 		 409 aa  108  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  41.72 
 
 		 312 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 507 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 797 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 493 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.77 
 
 		 525 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.4 
 
 		 525 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 582 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 570 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 530 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1372  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 436 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.738866  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 612 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  34.01 
 
 		 396 aa  107  5e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  40.96 
 
 		 462 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 569 aa  107  5e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  38.95 
 
 		 375 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 459 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  38.46 
 
 		 690 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.72 
 
 		 640 aa  107  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2015  diguanylate cyclase  36.55 
 
 		 249 aa  107  6e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  41.46 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 387 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  37.3 
 
 		 545 aa  106  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 353 aa  106  7e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  34.42 
 
 		 484 aa  106  8e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.88 
 
 		 594 aa  106  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 523 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 527 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 301 aa  106  9e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  36.93 
 
 		 754 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  39.63 
 
 		 461 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 544 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  42.28 
 
 		 516 aa  106  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  39.31 
 
 		 763 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 1774 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7783  diguanylate cyclase  32.86 
 
 		 592 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.466824 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3132  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.32 
 
 		 493 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  42.04 
 
 		 523 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 1021 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 518 aa  105  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  40.51 
 
 		 1079 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  42.28 
 
 		 516 aa  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 354 aa  105  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.79 
 
 		 596 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 485 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 380 aa  105  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 267 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  33.74 
 
 		 493 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  36.76 
 
 		 381 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 408 aa  104  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.7 
 
 		 391 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 551 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.75 
 
 		 696 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 323 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 566 aa  104  3e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  41.14 
 
 		 320 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  36.65 
 
 		 353 aa  104  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 324 aa  104  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 249 aa  104  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.76 
 
 		 557 aa  104  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.29 
 
 		 792 aa  104  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0726  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 236 aa  103  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.914342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 470 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  41.14 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 539 aa  104  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1806  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 473 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.782438  hitchhiker  0.00449211 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 427 aa  104  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2219  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 413 aa  103  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.568447  normal  0.728186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5063  diguanylate cyclase  37.16 
 
 		 367 aa  104  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 381 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 490 aa  104  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 671 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.99 
 
 		 754 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 		 827 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>