More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0103 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  49.59 
 
 		 698 aa  707    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  100 
 
 		 735 aa  1486    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  50.59 
 
 		 735 aa  721    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  51.98 
 
 		 698 aa  739    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  43.06 
 
 		 689 aa  557  1e-157  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  42.05 
 
 		 680 aa  523  1e-147  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  27.06 
 
 		 680 aa  169  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.48 
 
 		 666 aa  153  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  31.75 
 
 		 670 aa  144  8e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  30.46 
 
 		 671 aa  136  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  28.53 
 
 		 659 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  27.65 
 
 		 674 aa  136  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  28.85 
 
 		 676 aa  132  2.0000000000000002e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  27.78 
 
 		 676 aa  132  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 656 aa  122  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  29.21 
 
 		 685 aa  121  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  27.08 
 
 		 686 aa  120  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  28.78 
 
 		 674 aa  120  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  29.88 
 
 		 667 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  27.75 
 
 		 645 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  29.86 
 
 		 646 aa  116  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.74 
 
 		 671 aa  115  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  25.32 
 
 		 671 aa  115  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  28.69 
 
 		 686 aa  114  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  29.14 
 
 		 842 aa  113  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  28.41 
 
 		 683 aa  113  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  27.08 
 
 		 671 aa  113  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  27.15 
 
 		 695 aa  112  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  25.06 
 
 		 694 aa  111  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  27.09 
 
 		 619 aa  110  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  28.47 
 
 		 637 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  27.27 
 
 		 749 aa  109  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  26.98 
 
 		 736 aa  109  2e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  29.01 
 
 		 602 aa  108  3e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  25.67 
 
 		 791 aa  108  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  30.31 
 
 		 709 aa  107  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  28 
 
 		 639 aa  107  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  29.23 
 
 		 678 aa  107  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  28 
 
 		 692 aa  107  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  29.03 
 
 		 646 aa  106  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  28.94 
 
 		 787 aa  106  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  29.29 
 
 		 705 aa  107  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  27.2 
 
 		 683 aa  107  1e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  28 
 
 		 692 aa  107  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  26.98 
 
 		 705 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  28.19 
 
 		 692 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  28.19 
 
 		 692 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.19 
 
 		 692 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  27.8 
 
 		 694 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.27 
 
 		 828 aa  106  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  27.8 
 
 		 694 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  28.19 
 
 		 692 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  28.65 
 
 		 790 aa  106  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  26.67 
 
 		 707 aa  105  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  26.63 
 
 		 803 aa  105  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  27.57 
 
 		 696 aa  105  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0063  ribonuclease R  24.72 
 
 		 721 aa  104  7e-21  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  25.49 
 
 		 770 aa  103  9e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  27.79 
 
 		 702 aa  103  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  27.72 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  28.49 
 
 		 838 aa  103  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  27.99 
 
 		 749 aa  103  1e-20  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  30.03 
 
 		 469 aa  103  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  28.46 
 
 		 758 aa  103  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1009  Exoribonuclease II  24.36 
 
 		 581 aa  103  1e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0967775  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  28.85 
 
 		 755 aa  102  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  28.49 
 
 		 644 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  28.89 
 
 		 762 aa  102  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  27.51 
 
 		 693 aa  102  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  29.17 
 
 		 762 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  26.25 
 
 		 695 aa  102  3e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  27.89 
 
 		 836 aa  102  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  26.1 
 
 		 876 aa  101  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  29.06 
 
 		 863 aa  101  4e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  27.46 
 
 		 696 aa  101  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  29.6 
 
 		 657 aa  101  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  26.49 
 
 		 691 aa  100  7e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  27.46 
 
 		 696 aa  100  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0424  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.1 
 
 		 665 aa  100  8e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.18374  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  29.14 
 
 		 861 aa  100  9e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  29.17 
 
 		 644 aa  100  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  29.46 
 
 		 819 aa  100  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  27.95 
 
 		 783 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  27.89 
 
 		 712 aa  99.8  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  25.75 
 
 		 1182 aa  100  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  29.16 
 
 		 886 aa  100  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  24.46 
 
 		 623 aa  99.4  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  26.5 
 
 		 637 aa  99.8  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  28.86 
 
 		 781 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  28.53 
 
 		 782 aa  99.4  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  30.25 
 
 		 644 aa  99.4  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.05 
 
 		 857 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  28.08 
 
 		 790 aa  99  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  26.74 
 
 		 690 aa  99  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  28.87 
 
 		 644 aa  99  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  27.78 
 
 		 765 aa  99  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  28.05 
 
 		 857 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  27.89 
 
 		 880 aa  98.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  27.1 
 
 		 695 aa  98.6  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  25.75 
 
 		 617 aa  98.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>