228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1977 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1977  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit  100 
 
 
480 aa  1000    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000336524 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0154  2-keto-gluconate dehydrogenase subunit-like  41.34 
 
 
475 aa  388  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4670  choline dehydrogenase-like flavoprotein  37.87 
 
 
478 aa  342  1e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0703924  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3452  hypothetical protein  37.45 
 
 
480 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0700524  normal  0.443587 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3718  hypothetical protein  37.45 
 
 
483 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3248  hypothetical protein  35.85 
 
 
480 aa  298  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.713925  normal  0.212703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4094  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.61 
 
 
539 aa  153  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 
539 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3815  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
539 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.583014  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4553  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
539 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.940882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5751  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.26 
 
 
539 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.04 
 
 
536 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0771  putative transmembrane dehydrogenase (large subunit) oxidoreductase protein  26.48 
 
 
539 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0952307  normal  0.0474982 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3978  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.22 
 
 
539 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  normal  0.0737697 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.85 
 
 
538 aa  144  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4442  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.03 
 
 
539 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795175  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0789  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.3 
 
 
540 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.211025  normal  0.372024 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1293  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.38 
 
 
539 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.898836  normal  0.776794 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1415  hypothetical protein  25.39 
 
 
537 aa  140  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 
545 aa  139  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4263  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.98 
 
 
544 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.157361  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6818  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.25 
 
 
533 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  24.26 
 
 
551 aa  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2589  glucose dehydrogenase  26.56 
 
 
537 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1434  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.56 
 
 
537 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1349  glucose dehydrogenase, alpha subunit  26.56 
 
 
537 aa  133  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1245  hypothetical protein  26.56 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.904528  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0216  hypothetical protein  26.56 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0489  hypothetical protein  26.56 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143088  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1083  hypothetical protein  26.56 
 
 
537 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0832661  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 
531 aa  133  9e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.23 
 
 
550 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.49 
 
 
533 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.3 
 
 
533 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.3 
 
 
533 aa  126  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2333  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 
534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000292297  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1160  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.47 
 
 
552 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.08 
 
 
614 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.28 
 
 
533 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.39 
 
 
545 aa  114  3e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.96 
 
 
526 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4057  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.34 
 
 
752 aa  110  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.566614  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1661  dehydrogenase subunit, putative  23.66 
 
 
752 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.66 
 
 
553 aa  106  9e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3988  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.5 
 
 
752 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2098  putative dehydrogenase large subunit protein  22.94 
 
 
612 aa  99  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.28 
 
 
515 aa  97.4  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  24.22 
 
 
528 aa  94.4  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.74 
 
 
526 aa  94.4  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1771  GMC oxidoreductase  23.99 
 
 
539 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.15 
 
 
556 aa  93.2  9e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.98 
 
 
556 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.37 
 
 
556 aa  90.9  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2343  FAD dependent oxidoreductase  23.25 
 
 
662 aa  90.1  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.513301  normal  0.220367 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4194  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.37 
 
 
548 aa  89.4  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.64 
 
 
662 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.6 
 
 
527 aa  89  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.84 
 
 
579 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.8 
 
 
662 aa  87.4  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.92 
 
 
525 aa  87  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  24.06 
 
 
563 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  24.06 
 
 
563 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  31.31 
 
 
549 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.06 
 
 
549 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.3 
 
 
566 aa  85.9  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  24.06 
 
 
563 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  23.24 
 
 
570 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.89 
 
 
559 aa  84  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.94 
 
 
553 aa  84.3  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2044  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.67 
 
 
662 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.854186  normal  0.0386059 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  28.3 
 
 
573 aa  83.2  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.3 
 
 
522 aa  82.4  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.85 
 
 
582 aa  82.8  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3137  dehydrogenase subunit  22.83 
 
 
607 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.78 
 
 
523 aa  83.2  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2982  putative dehydrogenase protein  22.83 
 
 
607 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.244285  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.73 
 
 
573 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2085  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.51 
 
 
573 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.024834 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1598  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.69 
 
 
586 aa  81.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.26779 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.52 
 
 
534 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12661  hypothetical protein  25.81 
 
 
522 aa  80.5  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6389  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.59 
 
 
547 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  23.03 
 
 
523 aa  80.5  0.00000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.71 
 
 
534 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.71 
 
 
534 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.88 
 
 
547 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  23.81 
 
 
573 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.33 
 
 
522 aa  78.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  23.63 
 
 
573 aa  78.2  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4435  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.79 
 
 
524 aa  77.8  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  22.87 
 
 
565 aa  77.8  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  23.6 
 
 
534 aa  76.6  0.0000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1801  GMC oxidoreductase family protein  24.86 
 
 
549 aa  76.3  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000289048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.83 
 
 
528 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.53 
 
 
570 aa  75.5  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  23.86 
 
 
547 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.74 
 
 
561 aa  75.5  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.27 
 
 
522 aa  75.9  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.33 
 
 
563 aa  75.1  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 
584 aa  73.9  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>