286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0407 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  100 
 
 		 503 aa  997    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  30.43 
 
 		 477 aa  179  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  31.51 
 
 		 379 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  27.97 
 
 		 390 aa  169  1e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  29.71 
 
 		 414 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  29.39 
 
 		 377 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  32.46 
 
 		 377 aa  166  9e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  25.73 
 
 		 392 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  30.26 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  31.93 
 
 		 422 aa  163  7e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  26.61 
 
 		 400 aa  162  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  31.19 
 
 		 422 aa  160  6e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  31.08 
 
 		 378 aa  159  1e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  30.32 
 
 		 416 aa  155  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  28.22 
 
 		 363 aa  154  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  31.1 
 
 		 407 aa  146  7.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  32.29 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  30.22 
 
 		 402 aa  141  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  30.56 
 
 		 426 aa  133  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  28.18 
 
 		 437 aa  130  7.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  26.61 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  26.63 
 
 		 392 aa  126  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  23.96 
 
 		 391 aa  120  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  32.3 
 
 		 371 aa  120  7e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  24.94 
 
 		 368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  26.41 
 
 		 373 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  25.43 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  25.43 
 
 		 374 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  23.53 
 
 		 325 aa  114  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  24.88 
 
 		 381 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  27.42 
 
 		 406 aa  110  5e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  20.74 
 
 		 369 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  27.48 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  20.74 
 
 		 369 aa  106  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  23.98 
 
 		 386 aa  106  1e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  22.81 
 
 		 388 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  22.93 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  25.3 
 
 		 463 aa  104  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  23.5 
 
 		 435 aa  103  6e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  24.15 
 
 		 385 aa  103  6e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  31.35 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  29.26 
 
 		 471 aa  101  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  23.09 
 
 		 370 aa  99  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  26.41 
 
 		 369 aa  97.8  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  25.78 
 
 		 383 aa  97.8  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  27.12 
 
 		 413 aa  96.3  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  27.21 
 
 		 378 aa  95.9  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  25.88 
 
 		 507 aa  93.6  7e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  24.14 
 
 		 383 aa  91.7  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  25.37 
 
 		 357 aa  89.4  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  22.88 
 
 		 370 aa  89.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  26.29 
 
 		 404 aa  89  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  29.49 
 
 		 487 aa  86.7  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  27.96 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  27.96 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  23.92 
 
 		 506 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  23.56 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  24.43 
 
 		 508 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  24.43 
 
 		 508 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  22.99 
 
 		 393 aa  81.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 403 aa  81.3  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  25.17 
 
 		 379 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 379 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  27.01 
 
 		 367 aa  80.1  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  28.33 
 
 		 387 aa  79.7  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  25.95 
 
 		 409 aa  77.4  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  29.55 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  25.78 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  22.99 
 
 		 656 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  21.48 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  24.77 
 
 		 376 aa  73.2  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7037  hypothetical protein  24.18 
 
 		 387 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  22.5 
 
 		 494 aa  72.8  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  19.62 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  20.34 
 
 		 378 aa  70.5  0.00000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  23.84 
 
 		 412 aa  70.1  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  24.92 
 
 		 391 aa  68.2  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  25.33 
 
 		 460 aa  67.8  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2264  integrase family protein  24.06 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.12232  hitchhiker  0.00139292 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  34.74 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.19 
 
 		 376 aa  66.6  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  22.19 
 
 		 376 aa  66.6  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  21.9 
 
 		 376 aa  65.1  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  23.13 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3437  integrase family protein  28.17 
 
 		 458 aa  62  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494815  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  25.48 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2126  integrase family protein  28 
 
 		 395 aa  60.8  0.00000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.706316 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  25.28 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0430  phage integrase family protein  36.56 
 
 		 132 aa  58.2  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000124708  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  23.29 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  22.65 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1294  integrase family protein  28.43 
 
 		 393 aa  57  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  49.06 
 
 		 421 aa  56.6  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  23.89 
 
 		 381 aa  56.2  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  26 
 
 		 385 aa  56.6  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  21.96 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.82 
 
 		 275 aa  55.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  25.85 
 
 		 465 aa  56.2  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  44.12 
 
 		 412 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  21.6 
 
 		 454 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>