More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0422 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  100 
 
 		 317 aa  661    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0758  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 340 aa  300  3e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 459 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  44.51 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  44.77 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  43.82 
 
 		 466 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 612 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 485 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 411 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 540 aa  132  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.93 
 
 		 457 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.39 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 485 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.04 
 
 		 949 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  43.35 
 
 		 457 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  35.53 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.19 
 
 		 457 aa  129  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 486 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 486 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  35.4 
 
 		 275 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 686 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.1 
 
 		 398 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 1826 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 485 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  37.63 
 
 		 430 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 485 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.44 
 
 		 668 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.44 
 
 		 668 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 396 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 532 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 409 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 917 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 480 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2222  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0027044  normal  0.320993 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2298  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 312 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.44184  normal  0.652684 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  43.35 
 
 		 457 aa  126  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  38.55 
 
 		 371 aa  125  7e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.52 
 
 		 315 aa  125  7e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.66 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  41.4 
 
 		 402 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  37.57 
 
 		 459 aa  125  8.000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 391 aa  125  9e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 247 aa  125  9e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0327  diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 469 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 486 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.98 
 
 		 638 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 393 aa  124  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 901 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 403 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.64 
 
 		 384 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 638 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  38.67 
 
 		 393 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 572 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  37.19 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 398 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.65 
 
 		 640 aa  123  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 532 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 631 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 415 aa  123  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 521 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  38.14 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.69 
 
 		 313 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 426 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 357 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  39.89 
 
 		 609 aa  123  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  33.66 
 
 		 349 aa  122  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 395 aa  122  6e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  40.11 
 
 		 709 aa  122  6e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.08 
 
 		 461 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.18 
 
 		 313 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0726  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 547 aa  122  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  40.22 
 
 		 649 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 495 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 569 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 730 aa  122  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  40.1 
 
 		 296 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.62 
 
 		 385 aa  122  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.42 
 
 		 663 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 324 aa  122  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 485 aa  122  9e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 487 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 564 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  35.23 
 
 		 360 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 398 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>