More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3536 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 536 aa  1075    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 518 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2418  GGDEF domain-containing protein  29.81 
 
 		 518 aa  246  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.659104 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 530 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  28.73 
 
 		 518 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2884  diguanylate cyclase  28.73 
 
 		 518 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1291  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 518 aa  230  4e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 514 aa  230  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 518 aa  230  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 518 aa  230  5e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2986  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000165218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1359  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1398  diguanylate cyclase  28.17 
 
 		 518 aa  226  6e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0531857  decreased coverage  0.00306238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2974  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 518 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0516794  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2754  diguanylate cyclase  26.97 
 
 		 518 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0153453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  28.65 
 
 		 518 aa  217  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  30.12 
 
 		 518 aa  197  4.0000000000000005e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01191  hypothetical protein  27.54 
 
 		 521 aa  196  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004246  GGDEF domain family protein  27.44 
 
 		 518 aa  183  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  25.36 
 
 		 565 aa  179  8e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  32.74 
 
 		 690 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0696  hypothetical protein  28.1 
 
 		 520 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.207234  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 461 aa  176  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  27.05 
 
 		 516 aa  176  9e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  27.24 
 
 		 516 aa  174  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 696 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 614 aa  170  5e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 642 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0339  GGDEF domain protein  31.56 
 
 		 677 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 		 671 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 645 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  27.3 
 
 		 653 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 508 aa  161  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  30.41 
 
 		 668 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  26.99 
 
 		 645 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0422  GGDEF family protein  24.9 
 
 		 524 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.305739  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 460 aa  147  5e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  24.66 
 
 		 451 aa  146  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 569 aa  134  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0214  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 362 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  41.61 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 559 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 352 aa  122  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 641 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.24 
 
 		 574 aa  121  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  44.3 
 
 		 477 aa  120  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 402 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.5 
 
 		 340 aa  120  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 495 aa  120  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1570  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 516 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  35.65 
 
 		 610 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  29.96 
 
 		 343 aa  118  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.51 
 
 		 297 aa  118  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 464 aa  117  3.9999999999999997e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 681 aa  117  3.9999999999999997e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 355 aa  117  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  38.92 
 
 		 335 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  38.55 
 
 		 323 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  37.34 
 
 		 357 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  38.92 
 
 		 332 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  33.33 
 
 		 585 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.87 
 
 		 413 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 388 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 330 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 388 aa  116  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  38.55 
 
 		 323 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  36.31 
 
 		 415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 328 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 493 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  35.23 
 
 		 965 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  35.56 
 
 		 753 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 355 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 438 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  29.2 
 
 		 352 aa  115  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  40 
 
 		 306 aa  115  3e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0404  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 378 aa  114  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.012365 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.35 
 
 		 342 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 636 aa  114  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 628 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 290 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3489  GGDEF domain-containing protein  31.93 
 
 		 312 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 381 aa  113  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.06 
 
 		 1078 aa  113  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  31.54 
 
 		 273 aa  113  9e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 638 aa  113  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 338 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 		 901 aa  112  1.0000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  31.54 
 
 		 565 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 372 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 507 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 329 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2176  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 304 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000143652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  31.47 
 
 		 237 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 621 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  32.59 
 
 		 628 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  33.97 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>