More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1824 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1824  membrane associated receptor  100 
 
 		 482 aa  985    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0252626  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02517  hypothetical protein  44.21 
 
 		 537 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003556  GGDEF family protein  42.15 
 
 		 513 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000111859  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  39.42 
 
 		 527 aa  359  5e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0143  membrane associated GGDEF protein  29.85 
 
 		 482 aa  119  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 343 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  34.47 
 
 		 389 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 389 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  28.26 
 
 		 523 aa  117  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00370  hypothetical protein with C-terminal GGDEF motif  39.61 
 
 		 529 aa  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 572 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 389 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3037  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 246 aa  114  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.470053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 710 aa  114  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0981  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 235 aa  114  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.743524  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2314  sensory box/GGDEF family protein  35.64 
 
 		 874 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000124214  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 373 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05442  hypothetical protein  30.36 
 
 		 539 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  32.75 
 
 		 280 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 351 aa  111  4.0000000000000004e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  36.97 
 
 		 520 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 532 aa  110  6e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  37.06 
 
 		 413 aa  110  8.000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3329  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 235 aa  110  8.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 298 aa  109  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 628 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4004  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.02 
 
 		 820 aa  109  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00611465  normal  0.165942 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 650 aa  109  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  33.98 
 
 		 435 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 736 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.24 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.76 
 
 		 769 aa  107  3e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.22 
 
 		 418 aa  108  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 308 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.55 
 
 		 800 aa  108  3e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 565 aa  108  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.09 
 
 		 308 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  37.99 
 
 		 1076 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.15 
 
 		 811 aa  107  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 408 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.17 
 
 		 407 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 454 aa  107  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 420 aa  107  5e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.49 
 
 		 441 aa  107  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 517 aa  107  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 753 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  24.52 
 
 		 546 aa  107  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 526 aa  106  7e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 563 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35 
 
 		 411 aa  106  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 320 aa  106  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0773  response regulator PleD  36.98 
 
 		 458 aa  106  9e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 532 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2050  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 523 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.645943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0285  diguanylate cyclase  36.27 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 580 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003591  GGDEF family protein  34.97 
 
 		 489 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 259 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.52 
 
 		 1021 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  34.81 
 
 		 946 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.91 
 
 		 769 aa  105  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2937  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 241 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  31.36 
 
 		 362 aa  104  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 319 aa  104  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0528  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 354 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0197143 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 391 aa  104  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 237 aa  104  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  34.29 
 
 		 430 aa  104  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.13 
 
 		 698 aa  104  4e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 409 aa  104  4e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4753  sensory box/GGDEF family protein  36.9 
 
 		 689 aa  104  4e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.410613  hitchhiker  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 391 aa  104  4e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 544 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1471  diguanylate cyclase  34.87 
 
 		 398 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0238873 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  37.43 
 
 		 689 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  30.65 
 
 		 420 aa  103  5e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  36.93 
 
 		 410 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.6 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 384 aa  104  5e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0304  response regulator PleD  35.05 
 
 		 458 aa  103  6e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0864091  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 		 951 aa  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 295 aa  103  6e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 316 aa  103  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3408  GGDEF family protein  25.31 
 
 		 449 aa  103  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 578 aa  103  7e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 407 aa  103  7e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3287  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.59 
 
 		 1003 aa  103  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 323 aa  103  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3063  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 1003 aa  103  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1116  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.8 
 
 		 494 aa  103  9e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.464201 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.47 
 
 		 469 aa  103  9e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 523 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>