More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003556 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02517  hypothetical protein  71.35 
 
 		 537 aa  770    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003556  GGDEF family protein  100 
 
 		 513 aa  1061    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000111859  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  44.97 
 
 		 527 aa  409  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1824  membrane associated receptor  42.15 
 
 		 482 aa  388  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0252626  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 		 441 aa  123  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 		 496 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 735 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.66 
 
 		 413 aa  116  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.83 
 
 		 548 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 585 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 753 aa  114  6e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  27.79 
 
 		 523 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  36.11 
 
 		 565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 261 aa  111  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 569 aa  111  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 686 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 585 aa  110  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 305 aa  109  9.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.67 
 
 		 297 aa  109  1e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.3 
 
 		 340 aa  109  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2010  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.81 
 
 		 574 aa  108  2e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 325 aa  107  4e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3536  GGDEF domain-containing protein  37.14 
 
 		 536 aa  107  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 392 aa  107  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2273  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 563 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 582 aa  106  8e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 301 aa  106  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  37.06 
 
 		 268 aa  106  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 334 aa  106  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 650 aa  106  1e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.79 
 
 		 1078 aa  106  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 736 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  35.8 
 
 		 424 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 864 aa  105  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 417 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 410 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  34.65 
 
 		 624 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.36 
 
 		 319 aa  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  37.35 
 
 		 385 aa  104  3e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.58 
 
 		 710 aa  105  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 		 820 aa  105  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 487 aa  104  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 227 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 382 aa  104  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 346 aa  104  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01027  predicted diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 452 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 452 aa  103  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1143  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.011762  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01034  hypothetical protein  35.54 
 
 		 452 aa  103  5e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 476 aa  103  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.59 
 
 		 609 aa  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.59 
 
 		 709 aa  103  6e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 744 aa  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 452 aa  103  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  36.14 
 
 		 476 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 360 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.88 
 
 		 896 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 487 aa  103  7e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 353 aa  103  7e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2969  sensory box/GGDEF family protein  37.58 
 
 		 315 aa  103  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 387 aa  103  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  38.32 
 
 		 517 aa  103  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 385 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0780  hypothetical protein  38.61 
 
 		 516 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  33.68 
 
 		 518 aa  102  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 381 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 386 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 744 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  40 
 
 		 358 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 638 aa  102  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 628 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 243 aa  102  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 744 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 405 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.37 
 
 		 578 aa  102  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2626  diguanylate cyclase  36.92 
 
 		 591 aa  102  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138484  normal  0.0100044 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00466  Putative two-component system regulatory protein with GGDEF domain  38.46 
 
 		 414 aa  102  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.6149  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.87 
 
 		 772 aa  102  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 744 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 381 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 366 aa  102  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  32.63 
 
 		 565 aa  101  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 392 aa  101  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 621 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.08 
 
 		 949 aa  101  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 628 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3791  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 572 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0809  hypothetical protein  37.97 
 
 		 516 aa  101  4e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.48 
 
 		 315 aa  101  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 		 610 aa  101  4e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0867  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.75 
 
 		 312 aa  101  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.711393  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  34.52 
 
 		 381 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 582 aa  101  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 490 aa  100  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 628 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0513  GGDEF domain-containing protein  31.9 
 
 		 426 aa  100  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 461 aa  100  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 307 aa  100  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 372 aa  100  5e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>