More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02517 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003556  GGDEF family protein  71.35 
 
 		 513 aa  770    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000111859  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02517  hypothetical protein  100 
 
 		 537 aa  1108    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0991  GGDEF family protein  44.83 
 
 		 527 aa  425  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1824  membrane associated receptor  44.21 
 
 		 482 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0252626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  37.97 
 
 		 565 aa  117  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  36.28 
 
 		 413 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  26.4 
 
 		 546 aa  110  5e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 735 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  23.78 
 
 		 538 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.19 
 
 		 496 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 753 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 441 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 508 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  28.95 
 
 		 523 aa  107  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0525  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 585 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 772 aa  106  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.05 
 
 		 548 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 334 aa  105  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0538  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 585 aa  104  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  33.17 
 
 		 569 aa  104  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3784  putative sensory transduction system, regulatory protein  25.55 
 
 		 549 aa  103  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.59 
 
 		 803 aa  103  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1695  GGDEF family protein  33.33 
 
 		 420 aa  103  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.037923  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  34.52 
 
 		 1076 aa  103  9e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.22 
 
 		 312 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2450  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.57 
 
 		 951 aa  102  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.065238  normal  0.870771 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5603  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 		 833 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.748206  normal  0.248656 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 321 aa  103  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 366 aa  103  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 308 aa  102  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 614 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 736 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1225  GGDEF domain-containing protein  34.63 
 
 		 517 aa  102  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.489016  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.6 
 
 		 755 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.14 
 
 		 818 aa  102  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.455203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 681 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 696 aa  101  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  33 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3225  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 599 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  29.93 
 
 		 340 aa  101  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 615 aa  101  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 686 aa  101  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2253  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 545 aa  100  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.346813  normal  0.544502 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 362 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 530 aa  100  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  35.64 
 
 		 754 aa  100  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  32.31 
 
 		 714 aa  100  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 261 aa  100  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  37.35 
 
 		 385 aa  100  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  35.59 
 
 		 756 aa  100  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 470 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.89 
 
 		 610 aa  100  7e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 384 aa  100  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 381 aa  100  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 318 aa  100  8e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 298 aa  100  9e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.11 
 
 		 754 aa  100  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.47 
 
 		 1025 aa  99.8  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 710 aa  99.8  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 343 aa  99.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001599  GGDEF domain protein  36.88 
 
 		 637 aa  99.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.707658  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.97 
 
 		 729 aa  99.4  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2463  hypothetical protein  35.4 
 
 		 341 aa  99  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.162594  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 559 aa  99  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 325 aa  99  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 1037 aa  98.6  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 401 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 227 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4161  diguanylate cyclase  34.63 
 
 		 366 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.61051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 362 aa  98.6  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0579  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 315 aa  98.2  3e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 398 aa  98.2  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 387 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 357 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1761  sensory box protein/GGDEF family protein  35.54 
 
 		 973 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.869454  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2505  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 		 345 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.430442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.45 
 
 		 754 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 		 288 aa  98.2  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 308 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0449  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.54 
 
 		 347 aa  97.8  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.95 
 
 		 730 aa  97.8  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 308 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 769 aa  98.2  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3816  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 526 aa  97.8  4e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.81 
 
 		 297 aa  97.8  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.54 
 
 		 818 aa  97.8  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.260128  decreased coverage  0.0078854 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.14 
 
 		 464 aa  97.8  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  34.3 
 
 		 268 aa  97.4  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  34.78 
 
 		 471 aa  97.8  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 580 aa  97.4  5e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 336 aa  97.4  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 436 aa  97.4  6e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 456 aa  97.4  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3138  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.4 
 
 		 345 aa  97.4  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 346 aa  97.4  6e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3576  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.76 
 
 		 345 aa  97.4  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 461 aa  97.4  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 650 aa  97.4  6e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.89 
 
 		 324 aa  97.1  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>