154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1456 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  33.38 
 
 		 1632 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  33.55 
 
 		 1682 aa  707    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  33.04 
 
 		 1578 aa  652    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  37.67 
 
 		 1312 aa  764    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1689 aa  3513    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  36.72 
 
 		 1723 aa  873    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  32.5 
 
 		 1562 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  30.7 
 
 		 1658 aa  558  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  32.86 
 
 		 1281 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  28.85 
 
 		 1290 aa  446  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.82 
 
 		 1283 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  35.24 
 
 		 982 aa  414  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  24.92 
 
 		 1559 aa  241  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  23.59 
 
 		 1230 aa  194  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  25.72 
 
 		 1698 aa  182  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  29.18 
 
 		 1669 aa  166  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  22.48 
 
 		 1267 aa  125  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  40.34 
 
 		 363 aa  106  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  37.43 
 
 		 371 aa  98.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  37.43 
 
 		 359 aa  97.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  25.7 
 
 		 725 aa  92  8e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  51.65 
 
 		 308 aa  92  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  39.41 
 
 		 380 aa  91.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  35.48 
 
 		 401 aa  90.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  33.67 
 
 		 331 aa  86.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  33.13 
 
 		 376 aa  85.1  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  39.02 
 
 		 316 aa  84.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  53.09 
 
 		 240 aa  82.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  47.37 
 
 		 264 aa  82.8  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  41.44 
 
 		 313 aa  79.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  31.46 
 
 		 352 aa  80.1  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  53.16 
 
 		 246 aa  79.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  58.73 
 
 		 265 aa  79  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  50 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  50.62 
 
 		 207 aa  78.2  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  48.75 
 
 		 322 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  31.49 
 
 		 348 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.74 
 
 		 1942 aa  77  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  49.37 
 
 		 295 aa  77  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  32.58 
 
 		 338 aa  76.6  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  36.62 
 
 		 312 aa  74.7  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  30.72 
 
 		 303 aa  74.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  50.63 
 
 		 237 aa  74.7  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.56 
 
 		 1959 aa  74.3  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  40.38 
 
 		 328 aa  74.7  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  60.38 
 
 		 344 aa  74.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  46.84 
 
 		 265 aa  73.6  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  46.34 
 
 		 263 aa  73.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  49.37 
 
 		 122 aa  73.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.1 
 
 		 1840 aa  73.2  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1917 aa  73.2  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  46.84 
 
 		 317 aa  73.2  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  39.8 
 
 		 249 aa  72.4  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  45.57 
 
 		 263 aa  72  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  51.56 
 
 		 265 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22.22 
 
 		 2096 aa  70.5  0.0000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.9 
 
 		 1586 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  45 
 
 		 274 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  22.27 
 
 		 1595 aa  69.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.97 
 
 		 1576 aa  69.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  22.88 
 
 		 1485 aa  69.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  38.52 
 
 		 314 aa  69.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  55.56 
 
 		 262 aa  69.3  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  42.11 
 
 		 322 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  45.57 
 
 		 218 aa  67.8  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  34.96 
 
 		 300 aa  66.2  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  43.9 
 
 		 378 aa  65.9  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  51.61 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  22.38 
 
 		 1572 aa  64.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  42.86 
 
 		 257 aa  64.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1411 aa  63.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  22.49 
 
 		 1599 aa  63.2  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  20.93 
 
 		 2035 aa  62.8  0.00000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  23.56 
 
 		 628 aa  61.6  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  43.59 
 
 		 275 aa  61.6  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  42.35 
 
 		 243 aa  60.8  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  23.55 
 
 		 678 aa  61.2  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  21.89 
 
 		 506 aa  60.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.05 
 
 		 1271 aa  60.1  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  21.46 
 
 		 1669 aa  60.1  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  23.82 
 
 		 1386 aa  59.7  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  37.21 
 
 		 290 aa  59.7  0.0000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.9 
 
 		 1384 aa  59.3  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3729  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.21 
 
 		 1753 aa  59.7  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24 
 
 		 2277 aa  58.9  0.0000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  23.1 
 
 		 2221 aa  58.2  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.09 
 
 		 1611 aa  58.2  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.48 
 
 		 3027 aa  58.2  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.9 
 
 		 3273 aa  58.5  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  25.17 
 
 		 307 aa  57.4  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.66 
 
 		 1434 aa  57.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1806 aa  55.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1825 aa  55.1  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  28.92 
 
 		 1825 aa  55.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4111  YD repeat-containing protein  21.83 
 
 		 1687 aa  55.5  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  24.75 
 
 		 1976 aa  54.7  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  23.82 
 
 		 1046 aa  53.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4284  YD repeat-containing protein  21.83 
 
 		 1687 aa  53.9  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  23.38 
 
 		 2246 aa  53.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.75 
 
 		 1509 aa  53.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>