72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4242 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  100 
 
 		 264 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  40 
 
 		 295 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  56.78 
 
 		 359 aa  129  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  65.56 
 
 		 363 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  59.78 
 
 		 371 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  62.5 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  67.53 
 
 		 331 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  59.22 
 
 		 380 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  63.1 
 
 		 338 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  56.86 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  57.47 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  53.12 
 
 		 352 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  48.03 
 
 		 218 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  51.96 
 
 		 1682 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  58.62 
 
 		 265 aa  102  9e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  57.83 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  60 
 
 		 401 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  60.26 
 
 		 265 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  58.23 
 
 		 316 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  58.02 
 
 		 1578 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  51.58 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  51.46 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  62.69 
 
 		 1632 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  49.43 
 
 		 240 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  45.92 
 
 		 1698 aa  95.9  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  46.39 
 
 		 249 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  53.49 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  44.25 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  59.49 
 
 		 263 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  55.13 
 
 		 265 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  58.02 
 
 		 243 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  55.7 
 
 		 317 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  46.15 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  49.45 
 
 		 246 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  46.85 
 
 		 982 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  54.12 
 
 		 378 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  60 
 
 		 328 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  52.44 
 
 		 1559 aa  89  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  53.85 
 
 		 122 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  54.67 
 
 		 376 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  44.44 
 
 		 1669 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  52.38 
 
 		 314 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  51.06 
 
 		 1562 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  53.16 
 
 		 275 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  53.16 
 
 		 207 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  41.67 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  52.5 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  51.85 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  52.5 
 
 		 1723 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  47.37 
 
 		 1689 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  60.94 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  50.62 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  50.63 
 
 		 274 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  52.94 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  45.65 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  49.37 
 
 		 1658 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  42.27 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  34.65 
 
 		 3273 aa  50.4  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  41.27 
 
 		 1917 aa  48.1  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  40.51 
 
 		 1763 aa  46.2  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  39.68 
 
 		 1942 aa  46.6  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  35.79 
 
 		 1834 aa  45.4  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  31.93 
 
 		 628 aa  43.9  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  35.29 
 
 		 2277 aa  44.7  0.002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 1623 aa  44.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3428  YD repeat protein  34.62 
 
 		 2585 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.968597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  34.95 
 
 		 1433 aa  43.9  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  35.38 
 
 		 1959 aa  43.5  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  38.78 
 
 		 2165 aa  43.5  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  37.93 
 
 		 2428 aa  42.7  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  31.25 
 
 		 2075 aa  42.4  0.007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3427  YD repeat-containing protein  32.93 
 
 		 451 aa  42  0.009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>