94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0355 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  100 
 
 		 316 aa  655    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  39.47 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  40.26 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  42.36 
 
 		 359 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  41.84 
 
 		 1682 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  40 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  38.01 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  40.69 
 
 		 371 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  41.89 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  37.57 
 
 		 338 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  42.48 
 
 		 328 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  40.85 
 
 		 363 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  40 
 
 		 331 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  38.67 
 
 		 303 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  41.26 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  35.67 
 
 		 348 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  41.13 
 
 		 982 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  48.51 
 
 		 378 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  40.52 
 
 		 380 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  33.99 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  39.47 
 
 		 1578 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  32.67 
 
 		 344 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  35.12 
 
 		 317 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  40.14 
 
 		 1562 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  58.23 
 
 		 264 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  52.94 
 
 		 285 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  48.48 
 
 		 122 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  56.25 
 
 		 218 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  43.61 
 
 		 1632 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  53.09 
 
 		 262 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  36.05 
 
 		 322 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  64.06 
 
 		 265 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  39.31 
 
 		 1698 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  53.66 
 
 		 237 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  56.25 
 
 		 207 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  47.92 
 
 		 249 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  53.57 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  50.56 
 
 		 257 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  48 
 
 		 243 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  50 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  54.55 
 
 		 246 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  44 
 
 		 265 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  53.85 
 
 		 263 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  45.28 
 
 		 265 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  57.81 
 
 		 401 aa  86.7  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  51.25 
 
 		 240 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  35.51 
 
 		 1559 aa  86.7  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  35.21 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  55 
 
 		 263 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  39.02 
 
 		 1689 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  37.24 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  41.07 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  40.18 
 
 		 1669 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  41.74 
 
 		 1658 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  57.58 
 
 		 376 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  56.45 
 
 		 274 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1723 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  40 
 
 		 1710 aa  53.5  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  40.62 
 
 		 1840 aa  49.3  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  38.71 
 
 		 2277 aa  48.5  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  37.21 
 
 		 1338 aa  47.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  29.11 
 
 		 1623 aa  47.4  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  32.26 
 
 		 2349 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  34.21 
 
 		 2003 aa  46.2  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4038  YD repeat-containing protein  29.17 
 
 		 881 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.23853 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4032  YD repeat-containing protein  45.83 
 
 		 920 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0529613 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  45.1 
 
 		 1433 aa  45.4  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  40.91 
 
 		 2165 aa  45.8  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3077  hypothetical protein  35.71 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  36.47 
 
 		 2035 aa  44.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  33.33 
 
 		 2075 aa  45.1  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3427  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 451 aa  44.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  40.32 
 
 		 1429 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  42.86 
 
 		 1600 aa  44.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0998  YD repeat-containing protein  30.97 
 
 		 2558 aa  44.3  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4037  YD repeat-containing protein  34.78 
 
 		 955 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3695  hypothetical protein  48.98 
 
 		 184 aa  44.3  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.63687  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  41.18 
 
 		 628 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  36.36 
 
 		 2413 aa  43.5  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  38.67 
 
 		 391 aa  43.5  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4873  YD repeat-containing protein  46.67 
 
 		 1405 aa  43.5  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  35.82 
 
 		 1763 aa  43.5  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  36.63 
 
 		 2731 aa  43.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  50 
 
 		 1359 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  32.48 
 
 		 869 aa  43.1  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  29.69 
 
 		 2554 aa  43.1  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  42.86 
 
 		 2350 aa  42.7  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  44.64 
 
 		 554 aa  43.1  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6648  hypothetical protein  34.67 
 
 		 2113 aa  42.7  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  33 
 
 		 1419 aa  43.1  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  31.63 
 
 		 2510 aa  42.7  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  34.57 
 
 		 1791 aa  42.7  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  32.1 
 
 		 1599 aa  42.7  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1414  hypothetical protein  48.84 
 
 		 2534 aa  42.4  0.01  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.733329 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>