190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3834 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  33.6 
 
 		 1632 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  33.56 
 
 		 1562 aa  647    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  33.37 
 
 		 1682 aa  766    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  33.44 
 
 		 1578 aa  652    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  36.14 
 
 		 1689 aa  876    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  37.3 
 
 		 1281 aa  718    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1723 aa  3574    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  30.1 
 
 		 1658 aa  562  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.28 
 
 		 1283 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  29.99 
 
 		 1290 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  29.19 
 
 		 1312 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  34.57 
 
 		 982 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1698 aa  359  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  24.16 
 
 		 1559 aa  219  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  24.07 
 
 		 1230 aa  219  5e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  28.26 
 
 		 1669 aa  146  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  24.85 
 
 		 725 aa  143  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1267 aa  125  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  41.52 
 
 		 363 aa  118  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  40.48 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  39.18 
 
 		 380 aa  108  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  52.43 
 
 		 308 aa  100  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  41.86 
 
 		 331 aa  99  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  36.31 
 
 		 371 aa  94.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  37.43 
 
 		 352 aa  93.2  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  44.26 
 
 		 312 aa  92.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  36.93 
 
 		 332 aa  89  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  45.63 
 
 		 328 aa  89  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.6 
 
 		 3027 aa  87  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  36.05 
 
 		 338 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  39.67 
 
 		 313 aa  84  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  52.5 
 
 		 264 aa  83.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  38.95 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  34.44 
 
 		 322 aa  81.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  62.9 
 
 		 265 aa  80.9  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  60 
 
 		 401 aa  78.6  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  43.93 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  34.04 
 
 		 303 aa  78.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  47.87 
 
 		 295 aa  78.6  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  44.76 
 
 		 265 aa  78.6  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  49.48 
 
 		 263 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  43.69 
 
 		 300 aa  77.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  40.77 
 
 		 246 aa  77  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 		 1917 aa  77  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  22.36 
 
 		 1599 aa  76.6  0.000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  24.3 
 
 		 1352 aa  76.6  0.000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  37.06 
 
 		 314 aa  75.9  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  46.6 
 
 		 240 aa  76.3  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  45.38 
 
 		 344 aa  76.3  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  25.27 
 
 		 506 aa  75.9  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  23.71 
 
 		 3273 aa  75.5  0.000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.77 
 
 		 690 aa  75.1  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  40.57 
 
 		 322 aa  73.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  48.86 
 
 		 122 aa  73.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 927 aa  73.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  44.12 
 
 		 274 aa  73.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  43.88 
 
 		 207 aa  73.2  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  19.94 
 
 		 2096 aa  73.2  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.17 
 
 		 2035 aa  72.8  0.00000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  51.25 
 
 		 262 aa  73.2  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  43.3 
 
 		 265 aa  72.4  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  25.91 
 
 		 1840 aa  72.4  0.00000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  45.65 
 
 		 237 aa  72  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  44.44 
 
 		 249 aa  71.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.52 
 
 		 1959 aa  71.2  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.76 
 
 		 1381 aa  71.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  21.27 
 
 		 1623 aa  71.6  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  40 
 
 		 316 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  24.84 
 
 		 2416 aa  70.9  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  46.99 
 
 		 263 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  39.5 
 
 		 218 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  23.55 
 
 		 2017 aa  68.9  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  46.34 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  22.36 
 
 		 1595 aa  68.6  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  50 
 
 		 376 aa  67.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.96 
 
 		 1942 aa  67.4  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  22.92 
 
 		 1576 aa  67  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  22.49 
 
 		 1464 aa  67.4  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.11 
 
 		 1485 aa  66.6  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1611 aa  66.2  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  22.48 
 
 		 1586 aa  65.9  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  22.2 
 
 		 869 aa  65.5  0.000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  23 
 
 		 1600 aa  64.3  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  47.5 
 
 		 257 aa  63.9  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  25.72 
 
 		 1710 aa  63.9  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  50 
 
 		 285 aa  63.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  44.09 
 
 		 243 aa  63.5  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  23.15 
 
 		 738 aa  62.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.64 
 
 		 1271 aa  62  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  22.88 
 
 		 1467 aa  60.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  31.16 
 
 		 1976 aa  60.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.11 
 
 		 1620 aa  59.7  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  27.96 
 
 		 628 aa  59.7  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.95 
 
 		 2277 aa  59.3  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  21.96 
 
 		 1669 aa  58.9  0.0000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2470  rhs-related protein  24.23 
 
 		 890 aa  58.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  28.94 
 
 		 2443 aa  58.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  37.14 
 
 		 275 aa  58.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  24.85 
 
 		 2374 aa  57.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  26.35 
 
 		 678 aa  57.4  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>