88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2253 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  100 
 
 		 344 aa  716    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  45.58 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  44.3 
 
 		 338 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  42.86 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  44.06 
 
 		 371 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  44.14 
 
 		 363 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  41.62 
 
 		 348 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  39.86 
 
 		 352 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  43.84 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  40.54 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  35.6 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  45.76 
 
 		 1682 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  38.46 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  72.31 
 
 		 265 aa  106  6e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  41.96 
 
 		 1578 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  45.87 
 
 		 982 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  42.26 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  48.18 
 
 		 331 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  29.29 
 
 		 303 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  47.57 
 
 		 1632 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  40.97 
 
 		 1562 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  45.74 
 
 		 328 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  33.92 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  36.77 
 
 		 313 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  67.74 
 
 		 401 aa  96.3  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  35.98 
 
 		 316 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  40 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  54.76 
 
 		 218 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  54.22 
 
 		 312 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  44.83 
 
 		 262 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  51.55 
 
 		 263 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  63.08 
 
 		 295 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  47.62 
 
 		 274 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  51.61 
 
 		 122 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  39.22 
 
 		 237 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  51.85 
 
 		 378 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  39.47 
 
 		 246 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  46.79 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  45.95 
 
 		 265 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  41.67 
 
 		 264 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  33.16 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  52.44 
 
 		 265 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  47.62 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  52.17 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  38.76 
 
 		 1658 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  40.38 
 
 		 1698 aa  80.1  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  69.39 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  50 
 
 		 1669 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  41.94 
 
 		 263 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  45.38 
 
 		 1723 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  64.71 
 
 		 257 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  62 
 
 		 249 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  60.38 
 
 		 1689 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  52.5 
 
 		 240 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  41.44 
 
 		 1559 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  54.55 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  34.4 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  50 
 
 		 628 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  31.82 
 
 		 1623 aa  49.7  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  46.81 
 
 		 554 aa  47.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  35.48 
 
 		 2075 aa  47  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  48.98 
 
 		 1338 aa  47.4  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  35.48 
 
 		 2165 aa  46.6  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  35.48 
 
 		 2350 aa  45.8  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  40.74 
 
 		 1959 aa  45.4  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  32 
 
 		 2961 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  34.92 
 
 		 2416 aa  45.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  32.88 
 
 		 1763 aa  44.7  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  30.93 
 
 		 1942 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  28.49 
 
 		 2658 aa  44.3  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  33.33 
 
 		 2387 aa  43.9  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  37.31 
 
 		 2283 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  28.21 
 
 		 1917 aa  43.9  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  44.44 
 
 		 1840 aa  43.5  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  30.19 
 
 		 2831 aa  43.5  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  46.81 
 
 		 2349 aa  43.5  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  28.03 
 
 		 1433 aa  43.1  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  33.63 
 
 		 1791 aa  43.5  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  38.71 
 
 		 474 aa  43.1  0.007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  33.82 
 
 		 2428 aa  43.1  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 1825 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 1825 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  38.46 
 
 		 2031 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 1806 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 2032 aa  43.1  0.008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 2031 aa  42.7  0.009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  32.77 
 
 		 869 aa  42.7  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  38.46 
 
 		 2031 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>