73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4022 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  100 
 
 		 263 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  61.45 
 
 		 359 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  49.14 
 
 		 363 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  49.07 
 
 		 295 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  49.5 
 
 		 338 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  68.75 
 
 		 265 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  57.32 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  50.55 
 
 		 331 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  51.72 
 
 		 348 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  53.19 
 
 		 1632 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  47.27 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  51.72 
 
 		 1682 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  59.49 
 
 		 264 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  62.5 
 
 		 401 aa  93.2  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  66.67 
 
 		 371 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  38.46 
 
 		 352 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  50.49 
 
 		 380 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  43.31 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  43.97 
 
 		 308 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  34.27 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  51.55 
 
 		 344 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  42.62 
 
 		 257 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  33.52 
 
 		 303 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  52.87 
 
 		 322 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  52.94 
 
 		 982 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  41.27 
 
 		 378 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  51.65 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  53.16 
 
 		 290 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  45.19 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  55 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  49.4 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  39.68 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  53.75 
 
 		 322 aa  82  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  44.34 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  48.75 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  35.42 
 
 		 237 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  51.19 
 
 		 243 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  45.79 
 
 		 265 aa  79.3  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  44.79 
 
 		 263 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  28.17 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  34.88 
 
 		 1669 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  51.76 
 
 		 1562 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  52.7 
 
 		 265 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  55.56 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  49.48 
 
 		 1723 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  48.78 
 
 		 249 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  47.62 
 
 		 1578 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  52.5 
 
 		 207 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  46.67 
 
 		 122 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  43.14 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  41.07 
 
 		 246 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  45.57 
 
 		 1689 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  53.97 
 
 		 1698 aa  72  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  36.52 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  44.21 
 
 		 1559 aa  69.3  0.00000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  45.24 
 
 		 1658 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  45.16 
 
 		 240 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  43.75 
 
 		 1623 aa  50.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  40.98 
 
 		 1917 aa  50.1  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  39.34 
 
 		 1942 aa  48.5  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  40.98 
 
 		 1840 aa  48.5  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  43.08 
 
 		 628 aa  47.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  35.71 
 
 		 2277 aa  47.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  36.11 
 
 		 3273 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  42.25 
 
 		 554 aa  45.8  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  27.08 
 
 		 738 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  42.65 
 
 		 1338 aa  44.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  27.73 
 
 		 1710 aa  43.9  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  33.33 
 
 		 2145 aa  43.5  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  32.18 
 
 		 2961 aa  43.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  35.35 
 
 		 1433 aa  42.4  0.009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2750  YD repeat protein  39.73 
 
 		 2447 aa  42  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2749  YD repeat protein  45.65 
 
 		 2808 aa  42  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>