77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3471 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  100 
 
 		 265 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  59.26 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  53.57 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  53.41 
 
 		 371 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  53.01 
 
 		 322 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  56.96 
 
 		 265 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  53.93 
 
 		 363 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  36.72 
 
 		 243 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  39.39 
 
 		 246 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  32.03 
 
 		 303 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  53.93 
 
 		 338 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  55.13 
 
 		 264 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  59.04 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  52.94 
 
 		 1632 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  47.27 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  53.66 
 
 		 122 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  54.76 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  50.6 
 
 		 313 aa  92  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  55.42 
 
 		 295 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  53.09 
 
 		 240 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  37.76 
 
 		 352 aa  92  9e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  51.72 
 
 		 331 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  45.05 
 
 		 348 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  51.81 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  53.75 
 
 		 332 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  51.85 
 
 		 218 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  53.66 
 
 		 380 aa  89.7  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  61.9 
 
 		 265 aa  89  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  40 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  47.25 
 
 		 1578 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  42.72 
 
 		 328 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  45.28 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  49.4 
 
 		 262 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  51.22 
 
 		 1559 aa  85.9  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  53.52 
 
 		 376 aa  85.9  6e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  47.73 
 
 		 263 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  56.06 
 
 		 314 aa  85.1  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  46 
 
 		 249 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  53.66 
 
 		 1698 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  47.87 
 
 		 378 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  50.6 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  49.37 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  48.75 
 
 		 1682 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  54.43 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  52.44 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  53.73 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  44 
 
 		 982 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  53.85 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  48.15 
 
 		 1669 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  45.79 
 
 		 263 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  48.15 
 
 		 1562 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  48.15 
 
 		 1658 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  46.75 
 
 		 274 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  46.34 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  43.3 
 
 		 1723 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  51.56 
 
 		 1689 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  38.82 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 2031 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  40 
 
 		 2031 aa  47.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1825 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1825 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 2032 aa  47  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 2031 aa  47  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  40 
 
 		 1806 aa  47  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  28.42 
 
 		 1517 aa  43.5  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  32.53 
 
 		 2277 aa  43.9  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  42.31 
 
 		 2165 aa  43.9  0.003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  40.74 
 
 		 2554 aa  43.5  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  36.47 
 
 		 1338 aa  43.1  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  44.23 
 
 		 628 aa  43.5  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  44.44 
 
 		 1433 aa  43.1  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  44.23 
 
 		 2350 aa  42.7  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  32.26 
 
 		 1840 aa  42.7  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  34.48 
 
 		 232 aa  42.4  0.007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2750  YD repeat protein  34.67 
 
 		 2447 aa  42.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  44.68 
 
 		 2075 aa  42  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  35.29 
 
 		 690 aa  42  0.009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>