125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1514 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  100 
 
 		 322 aa  664    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  45.64 
 
 		 359 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  51.66 
 
 		 363 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  52.35 
 
 		 380 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  46.31 
 
 		 371 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  39.56 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  42.38 
 
 		 338 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  47.55 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  43.06 
 
 		 352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  44 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  38.64 
 
 		 348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  48 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  37.82 
 
 		 1562 aa  116  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  38.75 
 
 		 317 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  39.26 
 
 		 1698 aa  113  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  41.1 
 
 		 1578 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  46.15 
 
 		 328 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  35.6 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  35.62 
 
 		 1682 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  36.69 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  40.54 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  40 
 
 		 316 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  50 
 
 		 218 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  53.92 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  32.37 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  33.54 
 
 		 982 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  39.37 
 
 		 1632 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  49.5 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  57.83 
 
 		 264 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  69.35 
 
 		 265 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  55.68 
 
 		 122 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  48.84 
 
 		 249 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  41.72 
 
 		 243 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  53.75 
 
 		 378 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  53.54 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  48.57 
 
 		 265 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  53.01 
 
 		 265 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  36 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  52.87 
 
 		 1669 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  38.96 
 
 		 246 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  63.08 
 
 		 401 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  41.48 
 
 		 237 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  39.84 
 
 		 262 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  46.79 
 
 		 290 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  34.44 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  52.94 
 
 		 240 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  37.41 
 
 		 312 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  52.87 
 
 		 263 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  48.24 
 
 		 207 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  43.52 
 
 		 275 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  45.65 
 
 		 257 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  35.95 
 
 		 1559 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  41.67 
 
 		 263 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  34.44 
 
 		 1723 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  32.94 
 
 		 1658 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  52.24 
 
 		 376 aa  80.1  0.00000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  48.75 
 
 		 1689 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  29.76 
 
 		 2277 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  27.1 
 
 		 1517 aa  57.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  39.29 
 
 		 474 aa  57.4  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  32.23 
 
 		 1352 aa  57  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  39.29 
 
 		 482 aa  56.2  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  36.08 
 
 		 1599 aa  53.9  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  32.75 
 
 		 1623 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  27.4 
 
 		 1840 aa  51.6  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  35.87 
 
 		 628 aa  51.2  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  31.25 
 
 		 1600 aa  51.6  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  34.83 
 
 		 554 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  35.71 
 
 		 2658 aa  50.4  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2298  YD repeat protein  34.51 
 
 		 1338 aa  50.4  0.00004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  34.41 
 
 		 1628 aa  50.1  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  35.23 
 
 		 1732 aa  50.1  0.00005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  28.49 
 
 		 1935 aa  50.1  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02969  putative RHS-related protein  28.12 
 
 		 1710 aa  49.7  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00316448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  26.62 
 
 		 1464 aa  49.3  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  35.23 
 
 		 396 aa  49.3  0.00009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  30 
 
 		 1917 aa  48.1  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  40.32 
 
 		 1942 aa  47.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24.36 
 
 		 1959 aa  47.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  32.17 
 
 		 2554 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  27.7 
 
 		 738 aa  47.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4344  insecticidal toxin protein, putative  30.36 
 
 		 886 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  30.19 
 
 		 391 aa  47  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  32.46 
 
 		 1834 aa  47  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  33.96 
 
 		 232 aa  46.6  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1566  hypothetical protein  28.48 
 
 		 360 aa  45.8  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0920602  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  37.5 
 
 		 690 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  26.8 
 
 		 2349 aa  45.8  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  35.21 
 
 		 2831 aa  45.4  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.52 
 
 		 2096 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  41.18 
 
 		 1550 aa  44.7  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4937  Rhs family protein  29.38 
 
 		 1998 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.363198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  37.88 
 
 		 1577 aa  45.1  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  32.39 
 
 		 2942 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  38.1 
 
 		 2961 aa  44.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.37 
 
 		 2094 aa  44.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  40.62 
 
 		 451 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  27.57 
 
 		 1699 aa  43.9  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.93 
 
 		 903 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  39.06 
 
 		 2510 aa  44.3  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>