245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1882 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  100 
 
 		 1632 aa  3372    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  38.03 
 
 		 1290 aa  741    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.39 
 
 		 1283 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  38.44 
 
 		 1562 aa  872    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  39.8 
 
 		 1682 aa  1028    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  37.95 
 
 		 1578 aa  898    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  36.99 
 
 		 1658 aa  824    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  35.33 
 
 		 1281 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  32.94 
 
 		 1689 aa  679    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  33.58 
 
 		 1723 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  30.61 
 
 		 1312 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  39.33 
 
 		 982 aa  515  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  26.74 
 
 		 1698 aa  339  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  24.74 
 
 		 1230 aa  273  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  24.01 
 
 		 1559 aa  216  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1267 aa  191  8e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  29.61 
 
 		 1669 aa  171  9e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  39.3 
 
 		 331 aa  146  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  23.49 
 
 		 725 aa  138  9e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  43.98 
 
 		 359 aa  133  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  43.64 
 
 		 363 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  43.03 
 
 		 380 aa  129  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  42.17 
 
 		 332 aa  124  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  42.76 
 
 		 371 aa  121  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  41.32 
 
 		 338 aa  119  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  31.22 
 
 		 401 aa  116  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  50.45 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  49.51 
 
 		 352 aa  108  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  44.2 
 
 		 317 aa  108  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  39.29 
 
 		 348 aa  105  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  70.31 
 
 		 295 aa  103  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  69.84 
 
 		 265 aa  102  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.72 
 
 		 1599 aa  102  6e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  38.31 
 
 		 314 aa  102  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  39.37 
 
 		 322 aa  100  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  47.57 
 
 		 344 aa  99.8  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  22.31 
 
 		 927 aa  98.6  9e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  62.69 
 
 		 264 aa  96.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  45.45 
 
 		 316 aa  96.3  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  48.35 
 
 		 313 aa  96.3  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  49.07 
 
 		 265 aa  95.9  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  52.94 
 
 		 265 aa  94  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  53.19 
 
 		 263 aa  94.4  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  42.45 
 
 		 328 aa  93.2  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  36.99 
 
 		 300 aa  91.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  38.69 
 
 		 240 aa  91.7  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  55.56 
 
 		 218 aa  91.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.19 
 
 		 1595 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.57 
 
 		 1586 aa  90.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  52.87 
 
 		 237 aa  90.1  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  49.38 
 
 		 378 aa  89.4  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  23.65 
 
 		 1623 aa  88.6  9e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  46.23 
 
 		 274 aa  88.6  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  46 
 
 		 263 aa  88.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  50 
 
 		 122 aa  88.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  40.83 
 
 		 249 aa  87.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  55.88 
 
 		 243 aa  87  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  36.43 
 
 		 322 aa  86.7  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  51.81 
 
 		 262 aa  87  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  51.65 
 
 		 312 aa  85.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  46.88 
 
 		 246 aa  85.9  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  23.35 
 
 		 3273 aa  85.5  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  41.35 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  56.72 
 
 		 376 aa  84.7  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 		 2007 aa  84.3  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  24.23 
 
 		 690 aa  84  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  24.76 
 
 		 506 aa  84.3  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.4 
 
 		 1840 aa  84.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  47.06 
 
 		 285 aa  83.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.14 
 
 		 738 aa  83.2  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.91 
 
 		 1917 aa  83.2  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.72 
 
 		 1942 aa  82.8  0.00000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  21.99 
 
 		 2096 aa  82  0.00000000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.34 
 
 		 1959 aa  82  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  43 
 
 		 207 aa  80.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  23.54 
 
 		 628 aa  80.5  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  37.8 
 
 		 257 aa  80.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.23 
 
 		 1614 aa  79.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  23.25 
 
 		 1572 aa  78.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.85 
 
 		 1576 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.03 
 
 		 1527 aa  76.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  25.45 
 
 		 1419 aa  75.9  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.39 
 
 		 1520 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  50.79 
 
 		 290 aa  73.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  29.33 
 
 		 474 aa  73.9  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.48 
 
 		 1669 aa  73.6  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.42 
 
 		 3027 aa  72.4  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  22.49 
 
 		 1550 aa  72.4  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  22.82 
 
 		 1551 aa  72  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  23.17 
 
 		 1433 aa  70.5  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  46.84 
 
 		 275 aa  70.5  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  22.62 
 
 		 1381 aa  69.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  27.8 
 
 		 482 aa  69.7  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1531 aa  68.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.3 
 
 		 1547 aa  67.4  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.64 
 
 		 1271 aa  67  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  23.59 
 
 		 1464 aa  67  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.42 
 
 		 1518 aa  66.6  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  24.87 
 
 		 1834 aa  65.9  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  24.84 
 
 		 1428 aa  65.9  0.000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>