142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4970 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  100 
 
 		 1669 aa  3447    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  28.16 
 
 		 1682 aa  198  7e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  24.84 
 
 		 1562 aa  193  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  30.09 
 
 		 1698 aa  172  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  29.33 
 
 		 1689 aa  171  7e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  25.28 
 
 		 982 aa  167  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  24.78 
 
 		 1658 aa  166  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  29.71 
 
 		 1632 aa  165  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  31.49 
 
 		 1578 aa  152  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  28.26 
 
 		 1723 aa  152  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  28.08 
 
 		 1559 aa  126  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  36.67 
 
 		 401 aa  112  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  34.58 
 
 		 363 aa  107  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  37.04 
 
 		 359 aa  106  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  35.96 
 
 		 371 aa  104  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  37.16 
 
 		 380 aa  102  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  43.48 
 
 		 328 aa  100  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  38.42 
 
 		 331 aa  99.4  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  54.55 
 
 		 332 aa  97.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  52.87 
 
 		 322 aa  96.3  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  50.56 
 
 		 378 aa  93.6  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  38.89 
 
 		 274 aa  93.6  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  42.74 
 
 		 265 aa  92.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  36.05 
 
 		 376 aa  92.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  41.41 
 
 		 263 aa  91.3  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  50 
 
 		 249 aa  91.3  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.55 
 
 		 1281 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  33.15 
 
 		 352 aa  90.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  34.44 
 
 		 338 aa  90.1  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  54.88 
 
 		 295 aa  89.4  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  40.3 
 
 		 300 aa  88.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  32.35 
 
 		 348 aa  88.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  51.81 
 
 		 313 aa  87.4  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  48.89 
 
 		 317 aa  87  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  44.44 
 
 		 264 aa  86.3  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  48.28 
 
 		 243 aa  85.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  48.89 
 
 		 246 aa  85.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  29.95 
 
 		 1267 aa  85.5  0.000000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  51.14 
 
 		 237 aa  85.5  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  50.6 
 
 		 262 aa  84.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  40.18 
 
 		 316 aa  84.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  50.63 
 
 		 218 aa  84.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  47.83 
 
 		 285 aa  82.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  47.25 
 
 		 290 aa  80.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  44.44 
 
 		 207 aa  80.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  48.15 
 
 		 265 aa  80.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.24 
 
 		 1283 aa  79.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  40.37 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  34.88 
 
 		 263 aa  78.6  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  23.24 
 
 		 506 aa  78.6  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  50 
 
 		 344 aa  78.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  47.13 
 
 		 314 aa  77.8  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  47.56 
 
 		 122 aa  77  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  47.56 
 
 		 265 aa  76.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  56.14 
 
 		 308 aa  76.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  26.14 
 
 		 1599 aa  74.7  0.00000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  25.49 
 
 		 1494 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 1494 aa  74.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  45.35 
 
 		 275 aa  75.1  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  46.51 
 
 		 257 aa  74.3  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  42.35 
 
 		 240 aa  73.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.47 
 
 		 690 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  40.35 
 
 		 307 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  42.17 
 
 		 312 aa  68.6  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  27.27 
 
 		 1290 aa  67  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  22.35 
 
 		 927 aa  66.6  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  24.19 
 
 		 1230 aa  65.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.42 
 
 		 1487 aa  64.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  25.75 
 
 		 1390 aa  63.9  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  33.63 
 
 		 322 aa  62  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.9 
 
 		 1576 aa  59.7  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  28.32 
 
 		 2350 aa  59.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.67 
 
 		 903 aa  59.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.57 
 
 		 1614 aa  58.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  26.93 
 
 		 3273 aa  58.5  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.9 
 
 		 1379 aa  57.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.69 
 
 		 1942 aa  57.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  24.37 
 
 		 1384 aa  57.4  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  27.27 
 
 		 628 aa  57.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  26.26 
 
 		 738 aa  56.6  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.13 
 
 		 1495 aa  56.2  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  24.54 
 
 		 1623 aa  55.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  24.56 
 
 		 869 aa  55.8  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  24.01 
 
 		 2349 aa  55.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  27.62 
 
 		 741 aa  55.5  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  26.63 
 
 		 1628 aa  54.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.26 
 
 		 1517 aa  54.3  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  25.51 
 
 		 1976 aa  54.7  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  24.87 
 
 		 605 aa  54.7  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.45 
 
 		 1352 aa  54.7  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 474 aa  54.7  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.86 
 
 		 482 aa  53.9  0.00003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1395  YD repeat protein  26.49 
 
 		 1463 aa  52.8  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.92 
 
 		 1433 aa  52.8  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  26.03 
 
 		 2145 aa  51.6  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  29.44 
 
 		 889 aa  51.2  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  24.09 
 
 		 1008 aa  51.2  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  24.09 
 
 		 1008 aa  51.2  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  25.82 
 
 		 2961 aa  51.2  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6111  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  34.25 
 
 		 1558 aa  50.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.25246 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>