88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3160 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3160  hypothetical protein  100 
 
 		 313 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164631  normal  0.454701 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4871  hypothetical protein  47.1 
 
 		 363 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4877  hypothetical protein  46.53 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.315594 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4720  hypothetical protein  55.65 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0343  hypothetical protein  47.22 
 
 		 371 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.512577 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0454  hypothetical protein  57.26 
 
 		 332 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.569259  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5312  hypothetical protein  49.61 
 
 		 380 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.659912  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4870  hypothetical protein  46.38 
 
 		 359 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0342  hypothetical protein  45.27 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1514  hypothetical protein  48 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4723  hypothetical protein  50.89 
 
 		 352 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4719  hypothetical protein  58.41 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.257369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  48.08 
 
 		 1698 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5194  hypothetical protein  74.19 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  44.36 
 
 		 1578 aa  109  5e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  42.86 
 
 		 1562 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1811  hypothetical protein  42 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0954241  normal  0.759797 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4242  hypothetical protein  57.47 
 
 		 264 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.834895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0337  hypothetical protein  56.1 
 
 		 274 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000522759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0351  hypothetical protein  56.79 
 
 		 262 aa  102  9e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.50807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2466  hypothetical protein  56.63 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0352  hypothetical protein  42 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.085325  normal  0.352032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4878  hypothetical protein  40.79 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.693659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1558  hypothetical protein  54.02 
 
 		 218 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.175001  normal  0.301073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2253  hypothetical protein  36.77 
 
 		 344 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4929  hypothetical protein  37.14 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000045925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0201  hypothetical protein  47.62 
 
 		 317 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  36.09 
 
 		 1632 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1782  hypothetical protein  54.32 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.104611  normal  0.0588114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4091  hypothetical protein  52.5 
 
 		 401 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4303  hypothetical protein  50.59 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.776134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3868  hypothetical protein  54.88 
 
 		 122 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.37292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3687  hypothetical protein  54.22 
 
 		 263 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3628  hypothetical protein  51.85 
 
 		 237 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.141274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4893  hypothetical protein  44.12 
 
 		 265 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000184747  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0353  hypothetical protein  53.09 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.395139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  40 
 
 		 982 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2244  hypothetical protein  52.22 
 
 		 290 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.169176  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3471  hypothetical protein  50.6 
 
 		 265 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.902729  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4027  hypothetical protein  52.44 
 
 		 257 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0314  hypothetical protein  62.12 
 
 		 243 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00124228  hitchhiker  0.00002417 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  50 
 
 		 1682 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  41.94 
 
 		 1559 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4022  hypothetical protein  51.65 
 
 		 263 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.960579 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3469  hypothetical protein  35.62 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.666556  normal  0.934652 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0338  hypothetical protein  50.63 
 
 		 240 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0399625  normal  0.840977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1780  hypothetical protein  52.17 
 
 		 285 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  51.81 
 
 		 1669 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0331  hypothetical protein  49.37 
 
 		 249 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414907  normal  0.213964 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01747  hypothetical protein  48.75 
 
 		 376 aa  85.5  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2062  hypothetical protein  37.4 
 
 		 207 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.797532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0355  hypothetical protein  40.52 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.316004  normal  0.379054 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  39.67 
 
 		 1723 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0335  hypothetical protein  53.16 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000359835  normal  0.780933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  41.44 
 
 		 1689 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0329  hypothetical protein  33.56 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796964  normal  0.224302 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  33.61 
 
 		 1658 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  36.94 
 
 		 2277 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.1 
 
 		 2094 aa  49.3  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  30.95 
 
 		 1917 aa  48.5  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1352 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  30.67 
 
 		 474 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  39.71 
 
 		 1959 aa  47.4  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  27.52 
 
 		 2731 aa  46.2  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  31.2 
 
 		 2961 aa  46.6  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  39.06 
 
 		 1623 aa  45.4  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  38.89 
 
 		 396 aa  45.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  38.89 
 
 		 1732 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  41.79 
 
 		 2658 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2213  RhsD protein precursor  34.83 
 
 		 207 aa  45.4  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.017753  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  37.35 
 
 		 690 aa  44.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  35.11 
 
 		 2554 aa  44.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4008  YD repeat-containing protein  30.43 
 
 		 1791 aa  45.1  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  29.93 
 
 		 554 aa  44.3  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  28.35 
 
 		 1840 aa  44.3  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2106  hypothetical protein  30.97 
 
 		 335 aa  44.3  0.003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  33.63 
 
 		 1600 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1945  YD repeat-containing protein  39.02 
 
 		 605 aa  43.5  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.312246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  33.33 
 
 		 2510 aa  43.5  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3428  YD repeat protein  43.55 
 
 		 2585 aa  43.5  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.968597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0586  YD repeat-containing protein  30.7 
 
 		 956 aa  43.1  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  39.13 
 
 		 765 aa  43.1  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  26.9 
 
 		 1517 aa  43.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  40.3 
 
 		 628 aa  43.1  0.006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2750  YD repeat protein  46.81 
 
 		 2447 aa  42.7  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  29.51 
 
 		 1942 aa  42.7  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0998  YD repeat-containing protein  41.54 
 
 		 2558 aa  42.4  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4038  YD repeat-containing protein  27.78 
 
 		 881 aa  42.4  0.01  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.23853 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>