More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3898 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  66.44 
 
 		 2402 aa  2668    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  53.66 
 
 		 3333 aa  2060    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  92.41 
 
 		 2401 aa  4336    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  98.68 
 
 		 2437 aa  4185    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 2283 aa  4716    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  90.06 
 
 		 622 aa  649    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  58.97 
 
 		 2448 aa  2211    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  25.62 
 
 		 2413 aa  240  2e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  26.26 
 
 		 2513 aa  227  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  27.84 
 
 		 2497 aa  223  3.9999999999999997e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  28.11 
 
 		 2762 aa  205  9e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  34.97 
 
 		 583 aa  159  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  25.94 
 
 		 1834 aa  155  8e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  29.1 
 
 		 2416 aa  149  8.000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  24.46 
 
 		 1517 aa  147  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  29.04 
 
 		 1854 aa  140  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  33.44 
 
 		 2165 aa  138  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  26.61 
 
 		 2117 aa  136  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.51 
 
 		 1271 aa  135  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.44 
 
 		 2017 aa  134  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  28.28 
 
 		 722 aa  132  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  24.22 
 
 		 1976 aa  129  9e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.32 
 
 		 2096 aa  128  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  31.85 
 
 		 2075 aa  127  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  25.63 
 
 		 2428 aa  127  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.54 
 
 		 2094 aa  124  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  44.94 
 
 		 340 aa  115  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  22.94 
 
 		 2138 aa  112  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  24.55 
 
 		 1840 aa  112  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.49 
 
 		 2035 aa  111  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.46 
 
 		 1381 aa  108  9e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.08 
 
 		 3027 aa  108  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.71 
 
 		 1942 aa  106  7e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  22.76 
 
 		 2145 aa  104  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.34 
 
 		 1917 aa  103  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 1352 aa  102  8e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.28 
 
 		 628 aa  100  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.24 
 
 		 1953 aa  100  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.3 
 
 		 738 aa  100  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.29 
 
 		 1959 aa  99.4  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.18 
 
 		 2149 aa  97.4  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 2007 aa  96.7  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.32 
 
 		 1669 aa  96.3  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  24.72 
 
 		 1177 aa  95.1  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  24.82 
 
 		 2003 aa  94  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  22.7 
 
 		 2076 aa  93.2  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.04 
 
 		 482 aa  92.8  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 2286 aa  92.8  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  30.74 
 
 		 474 aa  92  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  22.27 
 
 		 927 aa  90.5  3e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  22.79 
 
 		 3073 aa  90.5  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.41 
 
 		 1467 aa  90.5  4e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  25.76 
 
 		 1140 aa  88.2  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  23.82 
 
 		 920 aa  86.3  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.58 
 
 		 1981 aa  85.1  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 2294 aa  84  0.00000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  23.76 
 
 		 2191 aa  82.8  0.00000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.44 
 
 		 1489 aa  82  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  39.23 
 
 		 2494 aa  82  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.19 
 
 		 1600 aa  81.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  23.69 
 
 		 678 aa  81.6  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  22.34 
 
 		 1379 aa  81.6  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.08 
 
 		 1147 aa  81.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.41 
 
 		 903 aa  80.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  25.63 
 
 		 1609 aa  80.9  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  24.47 
 
 		 1160 aa  80.9  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  22.28 
 
 		 1602 aa  80.9  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  22.35 
 
 		 690 aa  80.5  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  24.14 
 
 		 917 aa  80.1  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  24.1 
 
 		 1427 aa  80.1  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.21 
 
 		 1433 aa  79.3  0.0000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  22.66 
 
 		 1466 aa  79  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  22.82 
 
 		 1586 aa  78.6  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.86 
 
 		 2277 aa  78.6  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 2942 aa  77.8  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  23.68 
 
 		 2290 aa  77.8  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  23.32 
 
 		 889 aa  78.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  27.02 
 
 		 1620 aa  77.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  23.48 
 
 		 1577 aa  77  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  25.62 
 
 		 1530 aa  76.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  21.94 
 
 		 3456 aa  76.6  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0133  hypothetical protein  32.14 
 
 		 520 aa  76.3  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.800968  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  25.17 
 
 		 788 aa  75.5  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  25.17 
 
 		 788 aa  75.5  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  23.03 
 
 		 1429 aa  75.5  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  25.76 
 
 		 1053 aa  75.1  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  22.54 
 
 		 869 aa  75.1  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.31 
 
 		 1611 aa  75.1  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.52 
 
 		 1576 aa  74.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  21.25 
 
 		 1149 aa  75.1  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  24.47 
 
 		 1464 aa  73.6  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.34 
 
 		 1485 aa  73.2  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  23.64 
 
 		 3273 aa  72.4  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  31.62 
 
 		 554 aa  72  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  24.34 
 
 		 1732 aa  72  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  23.23 
 
 		 1390 aa  70.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.08 
 
 		 1599 aa  70.5  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  22.74 
 
 		 2035 aa  70.5  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1240  YD repeat-containing protein  27.18 
 
 		 1328 aa  70.1  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  24.84 
 
 		 1614 aa  70.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>