More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4869 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  40.08 
 
 
2145 aa  1203    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3166  YD repeat protein  30.7 
 
 
2542 aa  778    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000422225 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  41.11 
 
 
1140 aa  773    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  40.94 
 
 
2286 aa  1184    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  43.15 
 
 
2076 aa  1320    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6407  YD repeat protein  38.92 
 
 
2194 aa  925    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1280  YD repeat-containing protein  36.36 
 
 
2615 aa  723    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0638094 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  100 
 
 
2290 aa  4694    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  35.54 
 
 
2191 aa  900    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  37.35 
 
 
2007 aa  964    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  27.36 
 
 
1953 aa  162  9e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  28.86 
 
 
2117 aa  147  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  24.08 
 
 
2138 aa  145  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.75 
 
 
2094 aa  143  3.9999999999999997e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.89 
 
 
2017 aa  132  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.55 
 
 
2096 aa  120  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  41.21 
 
 
3273 aa  119  5e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  25.41 
 
 
1517 aa  112  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3880  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.56 
 
 
1391 aa  110  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  24.65 
 
 
2059 aa  101  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.74 
 
 
927 aa  101  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2338  Hedgehog/intein hint domain protein  41.03 
 
 
846 aa  99.8  6e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  25.86 
 
 
2374 aa  99  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  24.52 
 
 
2032 aa  98.2  2e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  25.35 
 
 
2513 aa  97.1  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  24.54 
 
 
2035 aa  97.1  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  25.47 
 
 
2413 aa  95.5  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  23.84 
 
 
2497 aa  94.4  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  25.04 
 
 
1976 aa  94  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  24.53 
 
 
3333 aa  93.2  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  24.4 
 
 
2031 aa  92  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2325  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 
6109 aa  92.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0257646 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3428  YD repeat protein  35.48 
 
 
2585 aa  91.7  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.968597  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 
690 aa  91.3  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  24.87 
 
 
2731 aa  91.7  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  24.43 
 
 
2031 aa  90.9  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  32.34 
 
 
482 aa  90.1  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.73 
 
 
1271 aa  90.1  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  24.5 
 
 
1427 aa  89.7  6e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  31.33 
 
 
474 aa  89.4  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  25.96 
 
 
2443 aa  89  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  20.92 
 
 
1917 aa  86.3  0.000000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  22.74 
 
 
3027 aa  85.9  0.000000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  23.99 
 
 
2031 aa  85.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  23.41 
 
 
920 aa  85.1  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  24.03 
 
 
917 aa  84.7  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.38 
 
 
1520 aa  84.7  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.07 
 
 
738 aa  82.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 
2003 aa  82  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  25.97 
 
 
3073 aa  82  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.1 
 
 
1560 aa  81.6  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4038  YD repeat-containing protein  23.74 
 
 
881 aa  80.5  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.23853 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2933  Hedgehog/intein hint domain protein  38.01 
 
 
400 aa  80.9  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0260555  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.96 
 
 
3193 aa  80.9  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  23.56 
 
 
924 aa  80.5  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  25.08 
 
 
913 aa  79.7  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  22.99 
 
 
1568 aa  79.7  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.86 
 
 
1840 aa  78.6  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.61 
 
 
1485 aa  78.2  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1051  YD repeat-containing protein  22.61 
 
 
927 aa  78.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1002  hedgehog/intein hint, N-terminal  35.81 
 
 
614 aa  78.2  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00822748  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.66 
 
 
1614 aa  78.2  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.67 
 
 
1352 aa  78.2  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  23.23 
 
 
1550 aa  77.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  23.35 
 
 
2283 aa  77.4  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.64 
 
 
1527 aa  77  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  22.88 
 
 
2277 aa  76.6  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  23.36 
 
 
2416 aa  76.6  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  22.88 
 
 
840 aa  76.6  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  22.61 
 
 
3456 aa  76.6  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  22.92 
 
 
2437 aa  76.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0008  FG-GAP/YD repeat-containing protein  23.6 
 
 
1806 aa  76.3  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.957829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  22.68 
 
 
1053 aa  76.3  0.000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2855  FG-GAP/YD repeat-containing protein  23.7 
 
 
1825 aa  75.9  0.000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  22.82 
 
 
2401 aa  75.9  0.000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  26.07 
 
 
1423 aa  75.1  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4033  YD repeat-containing protein  25.17 
 
 
939 aa  75.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.195324 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.3 
 
 
1959 aa  74.7  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 
1551 aa  74.7  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  22.7 
 
 
2652 aa  73.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  24.23 
 
 
1390 aa  74.3  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  22.93 
 
 
1547 aa  73.9  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  20.19 
 
 
1942 aa  73.9  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  27.97 
 
 
628 aa  73.2  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  27.79 
 
 
2428 aa  73.2  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2324  YD repeat-containing protein  26.72 
 
 
765 aa  73.6  0.00000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.2713  decreased coverage  0.00718158 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2231  FG-GAP/YD repeat-containing protein  23.6 
 
 
1825 aa  73.2  0.00000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.685998  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.42 
 
 
1669 aa  73.2  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.19 
 
 
1600 aa  72.8  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  23.29 
 
 
903 aa  72.4  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.3 
 
 
2035 aa  72  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  23.7 
 
 
2402 aa  72  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  23.16 
 
 
1433 aa  72.4  0.0000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  23.25 
 
 
2448 aa  71.2  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4037  YD repeat-containing protein  25.37 
 
 
955 aa  71.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.28 
 
 
2149 aa  71.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  32.58 
 
 
554 aa  70.5  0.0000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  40.37 
 
 
2494 aa  70.5  0.0000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.58 
 
 
1981 aa  70.1  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  25.04 
 
 
1475 aa  70.1  0.0000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>