172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1240 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  45.69 
 
 		 1517 aa  665    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1240  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1328 aa  2714    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.14 
 
 		 2094 aa  262  3e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  28.23 
 
 		 2117 aa  177  8e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  32.18 
 
 		 1834 aa  162  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  23.98 
 
 		 2059 aa  155  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  23.95 
 
 		 2035 aa  153  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  30.39 
 
 		 1976 aa  125  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  26.12 
 
 		 2017 aa  115  5e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 2032 aa  103  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  30 
 
 		 2513 aa  103  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  30.29 
 
 		 3456 aa  97.1  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0792  FG-GAP/YD repeat-containing protein  22.76 
 
 		 2031 aa  93.6  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.766885  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  22.09 
 
 		 2554 aa  93.6  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  28.44 
 
 		 2138 aa  94  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0606  Rhs family protein  22.61 
 
 		 2031 aa  92.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0622  FG-GAP/YD repeat-containing protein  22.61 
 
 		 2031 aa  92.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0998  YD repeat-containing protein  22.18 
 
 		 2558 aa  84.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  32.2 
 
 		 2443 aa  84  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2269  YD repeat protein  31.36 
 
 		 2479 aa  84  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2178  Integrins alpha chain  29.37 
 
 		 883 aa  80.9  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.297382  hitchhiker  0.000212806 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  27.63 
 
 		 2448 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  27.19 
 
 		 583 aa  81.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  29.11 
 
 		 2413 aa  77.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  28.67 
 
 		 3333 aa  77.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  24.96 
 
 		 2510 aa  75.9  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2985  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.1 
 
 		 620 aa  74.7  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0414  putative insecticidal toxin complex protein  20.7 
 
 		 1505 aa  74.3  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 2402 aa  73.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0478  virulence plasmid 65kDa B protein  23.49 
 
 		 1489 aa  72.4  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3748  hypothetical protein  25.96 
 
 		 463 aa  72  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2155  Rhs family protein-like protein  26.6 
 
 		 2698 aa  71.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1414  hypothetical protein  20.73 
 
 		 2534 aa  70.9  0.0000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.733329 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  27.34 
 
 		 2762 aa  70.5  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  27.18 
 
 		 2401 aa  70.5  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  27.18 
 
 		 2437 aa  70.1  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4343  insecticidal toxin protein, putative  21.75 
 
 		 1446 aa  69.7  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  27.18 
 
 		 2283 aa  70.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2165  Integrins alpha chain:multicopper oxidase, type 2  29.34 
 
 		 1094 aa  69.3  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000701868 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  30.08 
 
 		 1126 aa  68.9  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.67 
 
 		 1352 aa  68.6  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4036  virulence B protein  21.49 
 
 		 1447 aa  68.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.504601 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0385  integrin like protein  28.81 
 
 		 974 aa  68.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.459486 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1380  FG-GAP repeat-containing protein  29.93 
 
 		 514 aa  67.8  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0133276 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1182  insecticidal toxin complex  27.07 
 
 		 1496 aa  66.2  0.000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000603526 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4549  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.17 
 
 		 690 aa  66.2  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  28.06 
 
 		 2277 aa  66.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2163  Integrins alpha chain:multicopper oxidase, type 2  29.17 
 
 		 1201 aa  66.2  0.000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120195 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  28.7 
 
 		 2428 aa  66.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  23.79 
 
 		 2494 aa  65.9  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0159  insecticidal toxin complex protein TcdB2  20.16 
 
 		 2417 aa  65.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.163635  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0177  insecticidal toxin complex protein TcdB2  20.16 
 
 		 2458 aa  65.1  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1381  peptidase M23B  29.9 
 
 		 491 aa  64.7  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.897006  normal  0.0374787 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2642  metallophosphoesterase  29.26 
 
 		 649 aa  62.4  0.00000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0441775  normal  0.87277 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  28.96 
 
 		 2652 aa  62.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  26.9 
 
 		 2149 aa  61.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4453  hypothetical protein  25.13 
 
 		 1488 aa  60.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0993891  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  28.98 
 
 		 2096 aa  60.1  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2168  Integrins alpha chain  27.97 
 
 		 534 aa  60.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000439039 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0657  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.97 
 
 		 1113 aa  59.7  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0893942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  28.91 
 
 		 2075 aa  60.1  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  26.33 
 
 		 3027 aa  59.7  0.0000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4498  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.95 
 
 		 1225 aa  59.7  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  24.77 
 
 		 1388 aa  59.7  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3122  Integrins alpha chain  28.94 
 
 		 254 aa  59.3  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0941302  hitchhiker  0.000197077 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  25.08 
 
 		 1411 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1411 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  25.08 
 
 		 1411 aa  58.9  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1377 aa  58.9  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1772  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.22 
 
 		 1340 aa  58.9  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  25.08 
 
 		 1411 aa  58.5  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  25.08 
 
 		 1397 aa  58.9  0.0000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  24.77 
 
 		 1308 aa  58.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  26.77 
 
 		 2007 aa  58.9  0.0000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1597  hypothetical protein  27.99 
 
 		 1289 aa  58.5  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1397 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  25.08 
 
 		 1377 aa  58.2  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  28.7 
 
 		 1271 aa  57.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  25.08 
 
 		 1394 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  25.08 
 
 		 1409 aa  58.2  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  25.08 
 
 		 1397 aa  58.2  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  25.08 
 
 		 1411 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  25.08 
 
 		 1397 aa  58.2  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  25.08 
 
 		 1365 aa  57.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  27.78 
 
 		 1019 aa  57  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  25.98 
 
 		 1628 aa  57.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1773  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  25.91 
 
 		 889 aa  57.4  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.403539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4186  hypothetical protein  29.19 
 
 		 760 aa  57.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394785 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  32.52 
 
 		 3197 aa  56.6  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  27.53 
 
 		 1681 aa  56.6  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  34.68 
 
 		 1485 aa  56.6  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  25.08 
 
 		 1399 aa  55.5  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  28.97 
 
 		 1275 aa  55.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0175  YO185-like protein  24.42 
 
 		 1528 aa  55.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.29 
 
 		 1576 aa  55.5  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  23.44 
 
 		 2076 aa  55.5  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  24.55 
 
 		 1579 aa  54.3  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  24.54 
 
 		 1428 aa  54.7  0.00001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2398  FG-GAP repeat-containing protein  28.16 
 
 		 417 aa  54.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.276606  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  22.47 
 
 		 2290 aa  53.5  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>