205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0201 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  99.04 
 
 		 2413 aa  858    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  100 
 
 		 722 aa  1476    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  32.26 
 
 		 2497 aa  236  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  32.27 
 
 		 2428 aa  233  1e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  33 
 
 		 2762 aa  219  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  28.87 
 
 		 2513 aa  186  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  31.78 
 
 		 2416 aa  171  3e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  26.48 
 
 		 3333 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  28.02 
 
 		 1854 aa  131  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  28.17 
 
 		 2075 aa  128  4.0000000000000003e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 2283 aa  127  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  28.64 
 
 		 2448 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  28.05 
 
 		 2401 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  26.97 
 
 		 2437 aa  122  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  28.48 
 
 		 2402 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  28.94 
 
 		 622 aa  107  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  45.45 
 
 		 2165 aa  103  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  29.33 
 
 		 628 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.27 
 
 		 482 aa  102  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.42 
 
 		 2094 aa  99  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  29.9 
 
 		 1834 aa  97.4  8e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  28.87 
 
 		 474 aa  97.4  8e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  25.61 
 
 		 1976 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4180  hypothetical protein  39.01 
 
 		 316 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4266  hypothetical protein  39.01 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4405  hypothetical protein  39.01 
 
 		 298 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  25 
 
 		 2225 aa  80.1  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  25.27 
 
 		 1517 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1255  wall-associated protein  25.06 
 
 		 504 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  25.55 
 
 		 1352 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  24.14 
 
 		 2221 aa  77.4  0.0000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2123  YD repeat protein  24.14 
 
 		 1073 aa  75.5  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1458  hypothetical protein  36.67 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3445  wall-associated protein  24.5 
 
 		 2178 aa  75.1  0.000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837931  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  27.48 
 
 		 2096 aa  73.2  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  33.11 
 
 		 2494 aa  73.2  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0133  hypothetical protein  36.51 
 
 		 520 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.800968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.56 
 
 		 2017 aa  71.6  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  24.43 
 
 		 2246 aa  71.6  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  24.43 
 
 		 2224 aa  71.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  37.68 
 
 		 2294 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  24.43 
 
 		 2224 aa  71.6  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  24.62 
 
 		 678 aa  71.6  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  24.43 
 
 		 2224 aa  71.2  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  25.46 
 
 		 2076 aa  71.2  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  59.18 
 
 		 340 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  24.88 
 
 		 765 aa  71.2  0.00000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  24.77 
 
 		 2145 aa  70.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  25.47 
 
 		 2510 aa  69.7  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1206  cell wall-associated protein, putative  25.86 
 
 		 400 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00333262  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  33.57 
 
 		 554 aa  69.7  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  26.42 
 
 		 869 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0136  hypothetical protein  51.25 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  27.64 
 
 		 927 aa  68.6  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3077  hypothetical protein  30.43 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3614  Ham1-like protein  53.09 
 
 		 254 aa  67  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.73185  normal  0.0884672 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  26.47 
 
 		 1917 aa  66.2  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  25.61 
 
 		 2658 aa  65.5  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  26.67 
 
 		 1732 aa  65.9  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1098  hypothetical protein  27.1 
 
 		 1172 aa  65.1  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00467719  unclonable  0.0000000000319304 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.65 
 
 		 1271 aa  64.7  0.000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4251  YD repeat-containing protein  23.68 
 
 		 1628 aa  64.3  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.196463  normal  0.674162 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  28.18 
 
 		 690 aa  63.5  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.4 
 
 		 1959 aa  63.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.91 
 
 		 2035 aa  62.8  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  24.3 
 
 		 1140 aa  62.4  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0132  YD repeat protein  25.62 
 
 		 2349 aa  62.4  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  25.77 
 
 		 765 aa  62  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  27.49 
 
 		 903 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  43.28 
 
 		 2007 aa  61.2  0.00000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4454  insecticidal toxin protein, putative  32.86 
 
 		 928 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.543889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25.96 
 
 		 1467 aa  60.8  0.00000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4340  insecticidal toxin protein, putative  24.24 
 
 		 940 aa  60.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0586  YD repeat-containing protein  24.11 
 
 		 956 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.178715 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1050  YD repeat-containing protein  26.35 
 
 		 1157 aa  60.1  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 1942 aa  60.5  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1840 aa  60.1  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  33.33 
 
 		 2942 aa  60.5  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.69 
 
 		 2149 aa  60.1  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5746  YD repeat protein  24.82 
 
 		 2652 aa  58.9  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 1411 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  28.27 
 
 		 1008 aa  58.2  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  26 
 
 		 1402 aa  58.2  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  28.27 
 
 		 1008 aa  58.2  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2952  hypothetical protein  28.87 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000115352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6407  YD repeat protein  24.36 
 
 		 2194 aa  58.2  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.524494 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.21 
 
 		 1381 aa  57.4  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  26.82 
 
 		 2290 aa  57.4  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0177  hypothetical protein  44.78 
 
 		 232 aa  57.4  0.0000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2022  YD repeat-containing protein  25.86 
 
 		 1488 aa  57  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.904557  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  27.98 
 
 		 1345 aa  57.4  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  27.98 
 
 		 1345 aa  57.4  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  25.67 
 
 		 1599 aa  57  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  24.42 
 
 		 1301 aa  56.6  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1558  YD repeat-containing protein  28.31 
 
 		 3320 aa  56.2  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  25.78 
 
 		 396 aa  56.2  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  32.56 
 
 		 1600 aa  56.6  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  23.58 
 
 		 2486 aa  55.8  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.65 
 
 		 3073 aa  56.2  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.84 
 
 		 1386 aa  55.8  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>