More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0137 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  29.58 
 
 		 2513 aa  645    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  100 
 
 		 2497 aa  5155    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  28.42 
 
 		 2762 aa  584  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  26.82 
 
 		 2413 aa  504  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  24.59 
 
 		 2448 aa  343  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0136  hypothetical protein  79.15 
 
 		 321 aa  270  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  32.26 
 
 		 722 aa  237  2.0000000000000002e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  30.74 
 
 		 2428 aa  237  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  27.67 
 
 		 3333 aa  236  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 2402 aa  229  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 2401 aa  225  7e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  24.8 
 
 		 2283 aa  225  8e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  24.47 
 
 		 2437 aa  220  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  29.13 
 
 		 1834 aa  180  3e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1854 aa  177  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  23.78 
 
 		 2075 aa  172  1e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  33.18 
 
 		 2416 aa  167  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  23.68 
 
 		 2165 aa  162  7e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.98 
 
 		 2094 aa  151  1.0000000000000001e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.68 
 
 		 2096 aa  145  9.999999999999999e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  31.03 
 
 		 622 aa  132  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  25 
 
 		 2076 aa  127  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  24.08 
 
 		 2017 aa  127  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  24.61 
 
 		 1517 aa  127  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.52 
 
 		 1271 aa  119  6e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  24.75 
 
 		 2286 aa  119  6.9999999999999995e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  23.8 
 
 		 2145 aa  116  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  26.06 
 
 		 1140 aa  116  7.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  29.61 
 
 		 583 aa  111  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  24.86 
 
 		 927 aa  111  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  26.1 
 
 		 2138 aa  110  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.77 
 
 		 1840 aa  110  4e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.62 
 
 		 2035 aa  104  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  25.28 
 
 		 2374 aa  104  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.58 
 
 		 482 aa  102  8e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.04 
 
 		 1917 aa  101  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  25.3 
 
 		 1600 aa  101  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 1942 aa  101  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  29.75 
 
 		 474 aa  96.3  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  23.1 
 
 		 1352 aa  95.9  9e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  22.63 
 
 		 1429 aa  94.4  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  23.84 
 
 		 2290 aa  94  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  22.31 
 
 		 2149 aa  93.6  5e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  24.64 
 
 		 2003 aa  93.2  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.71 
 
 		 2277 aa  93.2  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.94 
 
 		 903 aa  92.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.92 
 
 		 1959 aa  90.9  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1669 aa  90.1  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.39 
 
 		 1467 aa  89.7  7e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  22.54 
 
 		 1527 aa  89.4  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  23.19 
 
 		 1976 aa  89.4  9e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  21.8 
 
 		 1560 aa  88.6  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 2007 aa  87.8  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.44 
 
 		 628 aa  88.6  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  22.24 
 
 		 869 aa  87.4  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  36.49 
 
 		 2494 aa  87.4  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.53 
 
 		 3193 aa  86.7  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.23 
 
 		 738 aa  86.3  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  22.66 
 
 		 1381 aa  86.3  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  24.07 
 
 		 889 aa  85.9  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.09 
 
 		 690 aa  85.1  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  33.73 
 
 		 554 aa  84.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  24.78 
 
 		 788 aa  84.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  24.78 
 
 		 788 aa  84.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1602 aa  84.3  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1893  YD repeat protein  25.49 
 
 		 2510 aa  84  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.111399 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 1147 aa  83.6  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1253  wall-associated protein  23.09 
 
 		 765 aa  82.8  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  23.21 
 
 		 2221 aa  83.2  0.00000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  22.05 
 
 		 1577 aa  83.2  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.43 
 
 		 1433 aa  82.8  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.45 
 
 		 1981 aa  82.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  23.43 
 
 		 1599 aa  82  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  20.63 
 
 		 3027 aa  82.4  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  22.53 
 
 		 1551 aa  82  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  22.71 
 
 		 2225 aa  81.3  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  25.59 
 
 		 1626 aa  81.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  22.34 
 
 		 3456 aa  80.9  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  22.53 
 
 		 1485 aa  80.5  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  22.78 
 
 		 1550 aa  80.1  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  23.45 
 
 		 2224 aa  79.7  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.9 
 
 		 1520 aa  79.3  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  22.94 
 
 		 2246 aa  79  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2155  Rhs family protein-like protein  21.88 
 
 		 2698 aa  79  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.471338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  24.94 
 
 		 2294 aa  79  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  22.45 
 
 		 2032 aa  79  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.37 
 
 		 1485 aa  79  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  22.68 
 
 		 2224 aa  78.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  22.68 
 
 		 2224 aa  78.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  25.16 
 
 		 1763 aa  78.6  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.26 
 
 		 1611 aa  78.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.15 
 
 		 1543 aa  77.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  24.75 
 
 		 1379 aa  77  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  23.64 
 
 		 1489 aa  77  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.15 
 
 		 1552 aa  77  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0467  YD repeat-containing protein  26.45 
 
 		 1081 aa  77  0.000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  59.18 
 
 		 340 aa  77  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  22.47 
 
 		 3273 aa  76.3  0.000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  23.81 
 
 		 3689 aa  76.3  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  22.92 
 
 		 1488 aa  76.3  0.000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>