More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_1180 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0198  YD repeat-containing protein  50.98 
 
 		 3333 aa  2081    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448474 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2167  YD repeat-containing protein  74.89 
 
 		 622 aa  662    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2031  YD repeat-containing protein  64.6 
 
 		 2402 aa  2862    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.063176 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  99.4 
 
 		 2401 aa  4467    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 2437 aa  5042    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3898  YD repeat-containing protein  98.68 
 
 		 2283 aa  4185    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2165  YD repeat-containing protein  59.91 
 
 		 2448 aa  2415    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0197  Rhs family protein-like protein  24.98 
 
 		 2413 aa  227  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3249  Rhs family protein-like  25.92 
 
 		 2513 aa  220  2.9999999999999998e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.139311 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0137  Integrins alpha chain  26.91 
 
 		 2497 aa  217  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3020  hypothetical protein  27.36 
 
 		 2762 aa  202  6e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.664598  normal  0.0507807 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02048  hypothetical protein  33.87 
 
 		 583 aa  159  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  24.72 
 
 		 1834 aa  151  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 1517 aa  149  5e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  24.54 
 
 		 2017 aa  143  3.9999999999999997e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002889  Rhs family protein  27.91 
 
 		 2416 aa  140  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  26.21 
 
 		 2117 aa  136  3.9999999999999996e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0160  YD repeat protein  33.13 
 
 		 2165 aa  136  5e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02052  hypothetical protein  28.6 
 
 		 1854 aa  135  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  25.35 
 
 		 1271 aa  130  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  24.1 
 
 		 1976 aa  130  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.5 
 
 		 2094 aa  127  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.68 
 
 		 2096 aa  128  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0053  YD repeat protein  31.85 
 
 		 2075 aa  126  4e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.192291  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07080  hypothetical protein  26.77 
 
 		 2428 aa  121  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0201  hypothetical protein  26.97 
 
 		 722 aa  122  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2907  hypothetical protein  67.09 
 
 		 340 aa  115  1.0000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.621044 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.68 
 
 		 2035 aa  114  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.79 
 
 		 1381 aa  112  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.37 
 
 		 3027 aa  112  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  22.71 
 
 		 2138 aa  107  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.59 
 
 		 1840 aa  105  9e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.42 
 
 		 738 aa  104  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.33 
 
 		 628 aa  104  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.96 
 
 		 1352 aa  103  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3503  YD repeat protein  23.27 
 
 		 2145 aa  102  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  25.99 
 
 		 1953 aa  102  8e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  23.13 
 
 		 1942 aa  102  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1917 aa  98.2  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7436  Rhs family protein-like protein  23.74 
 
 		 2076 aa  96.7  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1689  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  30.04 
 
 		 482 aa  96.3  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3660  YD repeat-containing protein  23.49 
 
 		 2007 aa  96.3  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1682  YD repeat-containing protein  30.74 
 
 		 474 aa  95.9  9e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1230  YD repeat protein  24.3 
 
 		 2191 aa  94.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.249326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2453  YD repeat-containing protein  25 
 
 		 1177 aa  94  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.28 
 
 		 1467 aa  92.4  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.73 
 
 		 2149 aa  91.3  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.01 
 
 		 1669 aa  90.1  5e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  24.43 
 
 		 678 aa  89.7  6e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33070  Rhs family protein  26.09 
 
 		 1140 aa  89  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  23 
 
 		 3073 aa  86.7  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  22.22 
 
 		 1602 aa  86.7  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  21.92 
 
 		 927 aa  85.9  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1054  YD repeat-containing protein  25.08 
 
 		 2286 aa  85.5  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.740201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.93 
 
 		 1147 aa  85.1  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  23.82 
 
 		 920 aa  84  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25.08 
 
 		 1160 aa  84  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3052  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 2942 aa  83.6  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2925  YD repeat protein  22.15 
 
 		 3456 aa  83.2  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.54 
 
 		 1959 aa  83.2  0.00000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  22.35 
 
 		 1379 aa  82.8  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  24.26 
 
 		 2294 aa  82.8  0.00000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 1600 aa  82.4  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  25.73 
 
 		 1609 aa  82.4  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.71 
 
 		 2277 aa  82  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  22.32 
 
 		 690 aa  81.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0129  Rhs family protein  23.83 
 
 		 1427 aa  79.7  0.0000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.09 
 
 		 1489 aa  79.7  0.0000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22.87 
 
 		 3193 aa  80.1  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.7 
 
 		 1576 aa  79.3  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  24.22 
 
 		 2003 aa  79  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2224  YD repeat-containing protein  38.17 
 
 		 2494 aa  79  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1433 aa  78.2  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  24.96 
 
 		 917 aa  77.4  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  22.66 
 
 		 1586 aa  77  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2251  YD repeat protein  23.56 
 
 		 1577 aa  76.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.37026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  23.27 
 
 		 1429 aa  76.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4869  YD repeat protein  22.92 
 
 		 2290 aa  76.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.63 
 
 		 903 aa  76.3  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  23.26 
 
 		 1530 aa  76.3  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  22.21 
 
 		 1390 aa  75.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  24.87 
 
 		 788 aa  75.5  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  24.87 
 
 		 788 aa  75.5  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2323  hypothetical protein  31.03 
 
 		 554 aa  75.9  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  22.55 
 
 		 1466 aa  74.7  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  22.94 
 
 		 3273 aa  74.7  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  24.61 
 
 		 1981 aa  74.3  0.00000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  24.26 
 
 		 2225 aa  74.3  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  23.77 
 
 		 1485 aa  73.2  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.01 
 
 		 1520 aa  73.6  0.00000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  22.34 
 
 		 1554 aa  73.6  0.00000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1894  YD repeat protein  23.96 
 
 		 2443 aa  72  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.179364 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  23.01 
 
 		 2035 aa  72  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  24.56 
 
 		 2246 aa  72.4  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  23.26 
 
 		 840 aa  72.4  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.1 
 
 		 1599 aa  72.4  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1275  wall-associated protein, putative  23.78 
 
 		 2221 aa  71.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  23.92 
 
 		 2224 aa  71.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  23.92 
 
 		 2224 aa  71.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.05 
 
 		 1611 aa  71.6  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>