58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1887 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  100 
 
 		 1290 aa  2646    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  37.91 
 
 		 1632 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  43.06 
 
 		 1562 aa  880    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.73 
 
 		 1281 aa  726    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  36.65 
 
 		 1682 aa  686    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  42.19 
 
 		 1578 aa  858    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  36.27 
 
 		 1312 aa  656    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  39.88 
 
 		 1283 aa  820    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  33.36 
 
 		 1658 aa  542  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  30.14 
 
 		 1723 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  28.85 
 
 		 1689 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  27.04 
 
 		 1698 aa  261  8e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  24.41 
 
 		 1230 aa  232  4e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  31.09 
 
 		 982 aa  216  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  22.26 
 
 		 1267 aa  188  5e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  23.59 
 
 		 725 aa  132  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  22.66 
 
 		 1559 aa  123  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  23.11 
 
 		 2096 aa  72.4  0.00000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.87 
 
 		 2035 aa  72  0.00000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  23.81 
 
 		 506 aa  66.6  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  27.27 
 
 		 1669 aa  64.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4969  hypothetical protein  34.83 
 
 		 950 aa  64.7  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.625742  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1623 aa  62.8  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  22.28 
 
 		 2277 aa  62  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.77 
 
 		 3027 aa  58.9  0.0000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  23.33 
 
 		 3193 aa  56.6  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  24.1 
 
 		 1917 aa  56.2  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  25.2 
 
 		 1840 aa  56.2  0.000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  23.95 
 
 		 1197 aa  55.8  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.87 
 
 		 1271 aa  54.3  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.76 
 
 		 1669 aa  53.1  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  24.29 
 
 		 1959 aa  52  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  23.44 
 
 		 1259 aa  51.2  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1942 aa  51.2  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  25.78 
 
 		 1437 aa  51.6  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.48 
 
 		 1586 aa  50.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.48 
 
 		 1595 aa  50.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.55 
 
 		 1352 aa  49.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  22.13 
 
 		 1390 aa  49.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  22.66 
 
 		 1508 aa  49.3  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  26.02 
 
 		 1543 aa  48.5  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.02 
 
 		 1552 aa  48.5  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.82 
 
 		 2149 aa  48.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  22.53 
 
 		 1495 aa  48.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  23.69 
 
 		 1494 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  23.69 
 
 		 1494 aa  47  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  24.04 
 
 		 3689 aa  47  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  23.68 
 
 		 1976 aa  46.6  0.003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  24.12 
 
 		 1487 aa  47  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  22.88 
 
 		 1679 aa  47  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  22.44 
 
 		 1518 aa  47  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  25.28 
 
 		 1428 aa  46.2  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  25.19 
 
 		 764 aa  45.4  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  24.1 
 
 		 2144 aa  45.4  0.007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  25.3 
 
 		 1509 aa  45.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  23.92 
 
 		 1673 aa  45.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  24.46 
 
 		 1475 aa  45.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  24.59 
 
 		 1447 aa  45.1  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>