45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4092 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1267 aa  2607    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  24.57 
 
 		 1562 aa  255  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  22.97 
 
 		 1578 aa  219  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  23.08 
 
 		 1230 aa  211  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  23.91 
 
 		 1632 aa  187  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  22.18 
 
 		 1290 aa  185  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  21.95 
 
 		 1682 aa  166  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  22.75 
 
 		 1698 aa  159  4e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  22.44 
 
 		 1312 aa  133  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  22.48 
 
 		 1689 aa  126  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1723 aa  125  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.65 
 
 		 1281 aa  109  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  25.35 
 
 		 506 aa  105  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  22.81 
 
 		 982 aa  103  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.93 
 
 		 1283 aa  96.7  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  21.26 
 
 		 725 aa  96.3  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  22.63 
 
 		 1658 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  21.96 
 
 		 1559 aa  90.1  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  29.95 
 
 		 1669 aa  82.4  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  21.83 
 
 		 3027 aa  58.5  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.39 
 
 		 2035 aa  57  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  22.93 
 
 		 1517 aa  55.1  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5751  YD repeat protein  20.47 
 
 		 2035 aa  54.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.67 
 
 		 1611 aa  54.7  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.3 
 
 		 2277 aa  54.3  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  22.28 
 
 		 1565 aa  53.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  22.28 
 
 		 1565 aa  53.1  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.52 
 
 		 2149 aa  52.8  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1512  YD repeat protein  20.3 
 
 		 2059 aa  51.2  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384432 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.51 
 
 		 1271 aa  51.2  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.94 
 
 		 1981 aa  51.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  21.64 
 
 		 1384 aa  50.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  20.83 
 
 		 1446 aa  50.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  21.32 
 
 		 2096 aa  50.1  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.84 
 
 		 1576 aa  49.3  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  21.74 
 
 		 1626 aa  48.9  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.86 
 
 		 1840 aa  48.5  0.0008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  23.19 
 
 		 1495 aa  47.8  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  21.23 
 
 		 1942 aa  48.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  26.27 
 
 		 2486 aa  47.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  24.38 
 
 		 6272 aa  47.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  21.36 
 
 		 1669 aa  47  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2022  YD repeat-containing protein  24.25 
 
 		 1488 aa  45.8  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.904557  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  22.4 
 
 		 1410 aa  45.8  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3488  YD repeat-containing protein  22.68 
 
 		 1023 aa  45.4  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0275829 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>