107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1461 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  36.22 
 
 		 1290 aa  652    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  37.88 
 
 		 1562 aa  743    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  37.8 
 
 		 1578 aa  773    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  40.35 
 
 		 1281 aa  822    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  37.67 
 
 		 1689 aa  772    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1312 aa  2705    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  34.95 
 
 		 1283 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  30.79 
 
 		 1632 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  30.88 
 
 		 1682 aa  481  1e-134  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  29.09 
 
 		 1723 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  28.21 
 
 		 1658 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  24.87 
 
 		 1230 aa  248  4.9999999999999997e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  25.77 
 
 		 1698 aa  239  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  27.48 
 
 		 982 aa  194  9e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  24.1 
 
 		 1559 aa  162  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1267 aa  133  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  22.74 
 
 		 725 aa  105  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.87 
 
 		 3027 aa  67.4  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0601  RHS Repeat family protein  27.96 
 
 		 1398 aa  66.6  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3113  YD repeat protein  28.53 
 
 		 1426 aa  64.3  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.637043  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  25.39 
 
 		 2277 aa  64.7  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1639  protein rhsD, truncation  27.84 
 
 		 1405 aa  62.4  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.2 
 
 		 1614 aa  62  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00448  rhsD element protein  28.22 
 
 		 1426 aa  61.6  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00453  hypothetical protein  28.22 
 
 		 1426 aa  61.6  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01414  rhsE element core protein RshE  28.22 
 
 		 1200 aa  61.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  27.91 
 
 		 1429 aa  61.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  25.78 
 
 		 1388 aa  61.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  26.17 
 
 		 1405 aa  61.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01426  hypothetical protein  28.22 
 
 		 1216 aa  61.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  24.46 
 
 		 1271 aa  60.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2065  protein rhsD  27.41 
 
 		 1400 aa  60.5  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  28.57 
 
 		 1268 aa  59.7  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.71 
 
 		 2035 aa  57.8  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1959 aa  57.4  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  23.49 
 
 		 3689 aa  57.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  25.15 
 
 		 1410 aa  57  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  25.99 
 
 		 1417 aa  56.2  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22.04 
 
 		 2096 aa  55.8  0.000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  26.23 
 
 		 1415 aa  55.8  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  23.52 
 
 		 931 aa  55.5  0.000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  22.57 
 
 		 506 aa  54.3  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  22.6 
 
 		 1423 aa  54.7  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  26.45 
 
 		 1593 aa  54.3  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.22 
 
 		 1576 aa  53.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0044  hypothetical protein  22.33 
 
 		 2117 aa  53.5  0.00003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  25.87 
 
 		 1573 aa  53.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  21.94 
 
 		 1494 aa  53.1  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  25.59 
 
 		 1489 aa  53.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  24.35 
 
 		 1595 aa  52.8  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  26.77 
 
 		 1550 aa  52.8  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.26 
 
 		 1485 aa  52.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1653  YD repeat-containing protein  25.29 
 
 		 1251 aa  52  0.00008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000538479 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.82 
 
 		 2149 aa  52  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  24.66 
 
 		 1586 aa  51.6  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  23.87 
 
 		 1508 aa  51.2  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1667  YD repeat-containing protein  25.93 
 
 		 1199 aa  51.2  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.620432 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  22.29 
 
 		 1457 aa  51.2  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03331  rhsB element core protein RshB  26.14 
 
 		 1411 aa  50.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0115  YD repeat protein  26.14 
 
 		 1377 aa  50.4  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0233  YD repeat protein  26.14 
 
 		 1411 aa  50.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  20.95 
 
 		 927 aa  50.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  26.79 
 
 		 1551 aa  50.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1319 aa  50.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0748  RhsC protein  25.9 
 
 		 1397 aa  50.4  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3681  RhsB protein  25.9 
 
 		 1411 aa  50.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03284  hypothetical protein  26.14 
 
 		 1411 aa  50.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1527 aa  49.3  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  26.61 
 
 		 1547 aa  49.3  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0120  YD repeat-containing protein  26.14 
 
 		 1377 aa  49.3  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0234  YD repeat-containing protein  26.14 
 
 		 1411 aa  49.7  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  24.91 
 
 		 1518 aa  49.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  22 
 
 		 3193 aa  49.3  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  21.03 
 
 		 1917 aa  49.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2955  YD repeat-containing protein  25.78 
 
 		 1397 aa  49.3  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4473  protein rhsA precursor  25.9 
 
 		 1365 aa  48.9  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.28 
 
 		 1840 aa  48.9  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  21.86 
 
 		 1669 aa  48.9  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0727  protein rhsA precursor  25.9 
 
 		 1397 aa  48.9  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  23.85 
 
 		 1509 aa  48.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  23.85 
 
 		 1528 aa  47.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 1189 aa  48.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  29.56 
 
 		 6272 aa  48.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  22.57 
 
 		 1520 aa  47.8  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3488  YD repeat-containing protein  23.5 
 
 		 1023 aa  47  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0275829 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0548  RhsC protein  25.16 
 
 		 1308 aa  47  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4010  protein rhsA precursor  25.16 
 
 		 1388 aa  47  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  25.16 
 
 		 1399 aa  47.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4965  Rhs family protein  25.16 
 
 		 1409 aa  47.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.832182  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  24.01 
 
 		 1673 aa  47.8  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  24.43 
 
 		 1679 aa  47  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2936  YD repeat protein  25.16 
 
 		 1397 aa  46.6  0.003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  23.5 
 
 		 1528 aa  46.6  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  26.42 
 
 		 1525 aa  46.6  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5395  RHS Repeat family protein  25.53 
 
 		 1394 aa  47  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.037802  normal  0.495388 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  23.81 
 
 		 1475 aa  46.2  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.61 
 
 		 1528 aa  45.8  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  22.68 
 
 		 1552 aa  45.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03366  Rhs family protein  30.43 
 
 		 337 aa  45.8  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000332584  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.88 
 
 		 1560 aa  45.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>