60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3829 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  38.73 
 
 		 1290 aa  716    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  42.06 
 
 		 1562 aa  874    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.03 
 
 		 1283 aa  729    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  34.48 
 
 		 1682 aa  640    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  41.38 
 
 		 1578 aa  892    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  40.64 
 
 		 1312 aa  822    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  37.3 
 
 		 1723 aa  719    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  100 
 
 		 1281 aa  2631    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  35.33 
 
 		 1632 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  32.86 
 
 		 1689 aa  538  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  30.97 
 
 		 1658 aa  516  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  25.42 
 
 		 1230 aa  261  8e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  31.45 
 
 		 982 aa  231  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  29.67 
 
 		 1698 aa  172  3e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  28.57 
 
 		 1559 aa  155  5e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  25 
 
 		 725 aa  147  2e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  23.65 
 
 		 1267 aa  109  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  25.55 
 
 		 1669 aa  87.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  25.38 
 
 		 506 aa  84.7  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.33 
 
 		 2277 aa  77  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.84 
 
 		 3027 aa  76.6  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  22 
 
 		 2096 aa  68.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  24.74 
 
 		 2035 aa  66.6  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  23.69 
 
 		 1271 aa  64.7  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  27.48 
 
 		 2149 aa  63.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  23.91 
 
 		 1508 aa  56.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  24.08 
 
 		 1573 aa  54.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  21.8 
 
 		 1959 aa  52.4  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.01 
 
 		 1942 aa  50.4  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04849  RhsD protein  24.04 
 
 		 917 aa  50.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0148662  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  25.24 
 
 		 2486 aa  50.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.74 
 
 		 1552 aa  50.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  27.99 
 
 		 1593 aa  50.8  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2521  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1509 aa  50.8  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4482  YD repeat-containing protein  27.7 
 
 		 1528 aa  50.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  24.74 
 
 		 1543 aa  50.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  24.95 
 
 		 1576 aa  49.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.07 
 
 		 3273 aa  49.3  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.59 
 
 		 1669 aa  49.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04723  RhsD protein  24.04 
 
 		 920 aa  49.3  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.370413  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  22.81 
 
 		 1599 aa  49.3  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0299  YD repeat-containing protein  27.64 
 
 		 1525 aa  48.5  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  25.38 
 
 		 1259 aa  48.5  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  26.33 
 
 		 1602 aa  48.5  0.0009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.24 
 
 		 1467 aa  47  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  24.12 
 
 		 1953 aa  47  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1235  hypothetical protein  28.18 
 
 		 1405 aa  47.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.617923 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  23.83 
 
 		 1466 aa  47.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4969  hypothetical protein  31.11 
 
 		 950 aa  47.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.625742  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.16 
 
 		 3073 aa  46.6  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  24.14 
 
 		 1679 aa  46.6  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.42 
 
 		 1614 aa  46.6  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  22.83 
 
 		 1981 aa  46.2  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  24.08 
 
 		 1492 aa  45.8  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.45 
 
 		 1840 aa  45.8  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.34 
 
 		 1352 aa  45.8  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  30.77 
 
 		 1410 aa  45.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0536  RhsD protein precursor  25.94 
 
 		 1429 aa  45.4  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1115  protein RhsA  28.18 
 
 		 1388 aa  45.1  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  26.73 
 
 		 1494 aa  45.1  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>