47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1497 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1887  hypothetical protein  39.69 
 
 		 1290 aa  815    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0257374 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1497  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  100 
 
 		 1283 aa  2664    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.81189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1491  YD repeat-containing protein  42.72 
 
 		 1658 aa  935    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2239  YD repeat protein  41.57 
 
 		 1562 aa  864    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2044  YD repeat-containing protein  41.5 
 
 		 1578 aa  875    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.699385 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3829  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  38.03 
 
 		 1281 aa  729    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.799516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2040  YD repeat-containing protein  34.3 
 
 		 1682 aa  632  1e-179  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1882  hypothetical protein  35.39 
 
 		 1632 aa  629  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.517135  normal  0.564659 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1461  YD repeat-containing protein  34.57 
 
 		 1312 aa  609  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.679984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3834  YD repeat-containing protein  29.21 
 
 		 1723 aa  450  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.806398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1456  YD repeat-containing protein  29.82 
 
 		 1689 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.368139 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  25.13 
 
 		 1230 aa  235  4.0000000000000004e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2231  YD repeat protein  28.4 
 
 		 982 aa  197  2e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.016497  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2793  YD repeat-containing protein  26.96 
 
 		 1698 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01674  hypothetical protein  23.79 
 
 		 1559 aa  135  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0986  hypothetical protein  26.93 
 
 		 725 aa  123  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4092  YD repeat-containing protein  23.93 
 
 		 1267 aa  96.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4970  YD repeat protein  25.48 
 
 		 1669 aa  77.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0987  hypothetical protein  26.67 
 
 		 506 aa  67.8  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  21.68 
 
 		 2096 aa  60.5  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4969  hypothetical protein  34.83 
 
 		 950 aa  57.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.625742  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  24.26 
 
 		 3193 aa  57.4  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  23.16 
 
 		 2035 aa  56.2  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.61 
 
 		 1595 aa  54.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.53 
 
 		 3027 aa  54.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.61 
 
 		 1586 aa  54.7  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  24.93 
 
 		 1560 aa  52.8  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1231  insecticidal toxin protein, putative  27.8 
 
 		 922 aa  52  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  22.89 
 
 		 1271 aa  51.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  24.82 
 
 		 2149 aa  51.2  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  26.89 
 
 		 1840 aa  51.2  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  26.15 
 
 		 1487 aa  50.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1917 aa  49.3  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  25.58 
 
 		 1568 aa  48.9  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  22.95 
 
 		 1508 aa  48.9  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  24.64 
 
 		 1494 aa  48.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  24.64 
 
 		 1494 aa  48.5  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.01 
 
 		 1576 aa  48.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  27.31 
 
 		 1669 aa  47.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  27.48 
 
 		 1942 aa  47  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  25.69 
 
 		 1485 aa  46.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  21.98 
 
 		 2277 aa  46.6  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  25.57 
 
 		 1518 aa  46.2  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25 
 
 		 1614 aa  46.2  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2870  YD repeat protein  22.73 
 
 		 2144 aa  45.8  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1495 aa  45.8  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0794  RHS repeat protein  28.8 
 
 		 1399 aa  45.1  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>