More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_4111 on replicon NC_009040
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009040  Rsph17029_4111  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1687 aa  3395    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4284  YD repeat-containing protein  99.59 
 
 		 1687 aa  3381    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6268  YD repeat-containing protein  27.42 
 
 		 1623 aa  311  6.999999999999999e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.57 
 
 		 1271 aa  148  9e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.44 
 
 		 2096 aa  147  1e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  24.86 
 
 		 1485 aa  126  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  25.04 
 
 		 3027 aa  114  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.74 
 
 		 2277 aa  113  2.0000000000000002e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  22.75 
 
 		 1352 aa  112  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  25.41 
 
 		 3073 aa  112  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  22.3 
 
 		 1917 aa  110  2e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  24.83 
 
 		 1600 aa  109  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  24.35 
 
 		 1381 aa  109  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  22.08 
 
 		 1840 aa  105  8e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  22.21 
 
 		 1942 aa  104  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.94 
 
 		 2149 aa  103  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  22.22 
 
 		 2035 aa  101  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  22.73 
 
 		 1572 aa  99.8  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  24.53 
 
 		 1359 aa  95.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  22.13 
 
 		 1669 aa  94.7  1e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  24.67 
 
 		 1488 aa  94.7  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  22.98 
 
 		 1611 aa  93.2  4e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.87 
 
 		 927 aa  92.8  5e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  25.54 
 
 		 1467 aa  92.8  5e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  22.51 
 
 		 1834 aa  92.4  7e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.2 
 
 		 1599 aa  92  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  25.52 
 
 		 1732 aa  91.3  1e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.07 
 
 		 1614 aa  91.7  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  21.79 
 
 		 1386 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  21.89 
 
 		 1400 aa  90.5  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  25.62 
 
 		 1576 aa  90.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  24.69 
 
 		 2731 aa  89.7  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  23.78 
 
 		 1953 aa  89.7  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  23.83 
 
 		 1509 aa  88.2  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.63 
 
 		 3689 aa  87.8  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.2 
 
 		 1586 aa  87.4  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  22.96 
 
 		 1485 aa  87.8  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.2 
 
 		 1595 aa  86.3  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  26.56 
 
 		 2374 aa  85.5  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  25.32 
 
 		 1528 aa  85.1  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  22.21 
 
 		 866 aa  85.1  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  25.09 
 
 		 678 aa  85.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0148  YD repeat protein  25.27 
 
 		 765 aa  85.1  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1946  YD repeat-containing protein  24.05 
 
 		 1433 aa  85.1  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.465933  normal  0.94223 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0017  YD repeat protein  24.14 
 
 		 738 aa  84.3  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.215545  hitchhiker  0.000002636 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  21.86 
 
 		 1429 aa  83.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  26.01 
 
 		 3193 aa  83.6  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  21.38 
 
 		 1409 aa  82.8  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01748  hypothetical protein  21.58 
 
 		 1230 aa  82.8  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.74 
 
 		 1489 aa  81.3  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  23.51 
 
 		 1362 aa  80.9  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  24.15 
 
 		 903 aa  80.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.85 
 
 		 3273 aa  80.1  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0507  FG-GAP/YD repeat-containing protein  25.09 
 
 		 2032 aa  80.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  23.28 
 
 		 1379 aa  80.1  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  21.47 
 
 		 1411 aa  79.7  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  22.4 
 
 		 867 aa  79.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  23.17 
 
 		 2294 aa  79  0.0000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  20.65 
 
 		 1385 aa  79  0.0000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  24.32 
 
 		 1593 aa  78.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  21.74 
 
 		 1573 aa  78.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  23.78 
 
 		 1518 aa  77.4  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  24.68 
 
 		 1508 aa  77  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0252  RHS Repeat family protein  27.49 
 
 		 1410 aa  77  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.661469 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 		 690 aa  77  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  25.15 
 
 		 1197 aa  76.6  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2868  YD repeat protein  26.98 
 
 		 2554 aa  75.1  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0246  Rhs protein  26.21 
 
 		 1415 aa  75.1  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.33 
 
 		 1959 aa  74.7  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  24.68 
 
 		 1528 aa  75.1  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00285  RhsD protein  25.05 
 
 		 1428 aa  75.1  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0673678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  24.74 
 
 		 2387 aa  75.1  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  24.8 
 
 		 1434 aa  74.7  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  23.04 
 
 		 840 aa  73.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  23.65 
 
 		 1543 aa  74.3  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05538  RHS Repeat family  25.05 
 
 		 1579 aa  74.3  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0425564  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  22.02 
 
 		 1517 aa  73.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1124  YD repeat-containing protein  23.74 
 
 		 2401 aa  73.6  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.57 
 
 		 1147 aa  73.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2107  YD repeat protein  23.61 
 
 		 1681 aa  73.2  0.00000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  25.57 
 
 		 1495 aa  72.8  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  22.71 
 
 		 1348 aa  73.2  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0876  YD repeat protein  27.37 
 
 		 396 aa  72.4  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249892 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.37 
 
 		 1552 aa  72.8  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  23.04 
 
 		 889 aa  72.8  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25.57 
 
 		 1160 aa  72.4  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  23.12 
 
 		 1568 aa  72.4  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.39 
 
 		 1560 aa  72.4  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  22.08 
 
 		 1259 aa  71.2  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  21.92 
 
 		 1505 aa  71.6  0.0000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1703  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  23.59 
 
 		 2094 aa  71.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  25.71 
 
 		 423 aa  71.2  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0244  protein RhsH  26.44 
 
 		 1417 aa  71.2  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  22.75 
 
 		 1976 aa  71.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1180  YD repeat-containing protein  23.25 
 
 		 2437 aa  71.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.265366 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00283  RhsD protein  25.05 
 
 		 613 aa  70.9  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333499  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0160  YD repeat protein  22.51 
 
 		 2658 aa  70.5  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  23.12 
 
 		 1319 aa  70.1  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2201  YD repeat-containing protein  24.76 
 
 		 1268 aa  69.7  0.0000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01120  Rhs family protein  26.6 
 
 		 1053 aa  69.3  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>