More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1603 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  100 
 
 		 840 aa  1731    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3067  YD repeat protein  35.57 
 
 		 2003 aa  278  3e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.51 
 
 		 1600 aa  209  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  28.31 
 
 		 1352 aa  191  5e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 3193 aa  170  1e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  26.41 
 
 		 2096 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  27.76 
 
 		 1271 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  28.13 
 
 		 2003 aa  147  8.000000000000001e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1036  AmoP  26.65 
 
 		 1882 aa  129  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.678372  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1050  YD repeat protein  26.04 
 
 		 2731 aa  125  3e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  25.52 
 
 		 1551 aa  120  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  26.04 
 
 		 1572 aa  119  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  24.3 
 
 		 1602 aa  118  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  23.99 
 
 		 1917 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  25.39 
 
 		 1527 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  25.3 
 
 		 1362 aa  117  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4063  NHL repeat-containing protein  26.84 
 
 		 1763 aa  117  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512891  normal  0.666526 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  25.69 
 
 		 2294 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  25.13 
 
 		 2149 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  26.71 
 
 		 1576 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  24.27 
 
 		 1942 aa  115  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  25.2 
 
 		 1981 aa  115  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  24.67 
 
 		 1520 aa  114  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  23.46 
 
 		 1840 aa  114  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  23.64 
 
 		 867 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  23.97 
 
 		 927 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  24.18 
 
 		 1669 aa  112  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  26.19 
 
 		 1390 aa  108  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  25.51 
 
 		 1614 aa  108  6e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  25.56 
 
 		 1345 aa  107  7e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  25.56 
 
 		 1345 aa  107  7e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  24.52 
 
 		 1467 aa  107  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  25.37 
 
 		 1379 aa  107  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 1935 aa  106  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  25 
 
 		 1595 aa  105  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5146  YD repeat-containing protein  25.73 
 
 		 2374 aa  106  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  23.07 
 
 		 3027 aa  105  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  25.27 
 
 		 1008 aa  105  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  25.27 
 
 		 1008 aa  105  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  25.43 
 
 		 1586 aa  104  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2048  YD repeat-containing protein  25.04 
 
 		 972 aa  103  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  26.78 
 
 		 1494 aa  102  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  26.78 
 
 		 1494 aa  102  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2046  YD repeat-containing protein  25.58 
 
 		 909 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  24.02 
 
 		 1547 aa  102  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  23.57 
 
 		 1466 aa  101  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  24.27 
 
 		 1554 aa  101  5e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  24.39 
 
 		 2961 aa  101  6e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  24.43 
 
 		 1550 aa  100  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  26.32 
 
 		 1487 aa  100  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  26.07 
 
 		 1495 aa  99.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  23.51 
 
 		 1429 aa  99.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  25.4 
 
 		 1599 aa  99.8  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  23.08 
 
 		 1959 aa  98.6  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  23.09 
 
 		 1639 aa  98.2  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  24.79 
 
 		 2831 aa  98.2  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  23.58 
 
 		 1573 aa  98.2  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  24.52 
 
 		 1386 aa  97.8  7e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.54 
 
 		 1381 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  24.81 
 
 		 1609 aa  96.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 869 aa  96.3  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0770  YD repeat-containing protein  23.79 
 
 		 693 aa  96.3  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.163533  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  22.2 
 
 		 1679 aa  96.3  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  23.9 
 
 		 1485 aa  95.5  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.11 
 
 		 3273 aa  94.7  6e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4937  Rhs family protein  24.09 
 
 		 1998 aa  94.7  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.363198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4873  YD repeat-containing protein  23.35 
 
 		 1405 aa  94.7  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  25.39 
 
 		 678 aa  94.4  7e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  24.53 
 
 		 1160 aa  94.4  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  25.55 
 
 		 1517 aa  94.4  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  23.47 
 
 		 1147 aa  94  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  22.55 
 
 		 1673 aa  93.6  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  22.7 
 
 		 924 aa  94  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  24.04 
 
 		 1528 aa  92.8  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1967  YD repeat-containing protein  25.11 
 
 		 2486 aa  92.8  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3720  YD repeat-containing protein  23.55 
 
 		 1301 aa  92.8  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.148361  decreased coverage  0.000379992 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  28.93 
 
 		 423 aa  92  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  22.78 
 
 		 2017 aa  92  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4992  YD repeat-containing protein  28 
 
 		 451 aa  92  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  23.31 
 
 		 1385 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  23.02 
 
 		 1560 aa  91.3  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  24.62 
 
 		 2277 aa  91.3  7e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  24.34 
 
 		 1411 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  24.14 
 
 		 1400 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  21.93 
 
 		 1568 aa  90.1  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.14 
 
 		 3073 aa  89.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  24.32 
 
 		 913 aa  89  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2934  YD repeat protein  26.48 
 
 		 1953 aa  88.6  4e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.601825 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2568  YD repeat protein  24.14 
 
 		 931 aa  88.2  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  23.82 
 
 		 2350 aa  88.2  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4988  YD repeat-containing protein  25.14 
 
 		 480 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20520  hypothetical protein  25.44 
 
 		 903 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000061545  normal  0.488224 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  23.58 
 
 		 866 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  23.61 
 
 		 1517 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32830  hypothetical protein  25.3 
 
 		 889 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000050197  hitchhiker  0.0000345173 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  23.92 
 
 		 1611 aa  86.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  22.83 
 
 		 1552 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  23.15 
 
 		 1485 aa  85.1  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  22.38 
 
 		 1409 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  22.46 
 
 		 1543 aa  84.7  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>