More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4873 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4873  YD repeat-containing protein  100 
 
 		 1405 aa  2858    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4937  Rhs family protein  31.86 
 
 		 1998 aa  326  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.363198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4370  YD repeat-containing protein  33.83 
 
 		 869 aa  321  7e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  27.81 
 
 		 1352 aa  199  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1472  YD repeat-containing protein  27.61 
 
 		 1600 aa  157  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.059879  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2902  YD repeat protein  26.17 
 
 		 1271 aa  144  9e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.729617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2167  YD repeat-containing protein  27.39 
 
 		 2003 aa  118  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.154621 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1452  YD repeat protein  24.97 
 
 		 1464 aa  117  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3399  hypothetical protein  24.59 
 
 		 2096 aa  116  3e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.664853  normal  0.744074 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  25.83 
 
 		 1611 aa  115  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  25.31 
 
 		 3193 aa  112  5e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0009  YD repeat-containing protein  21.91 
 
 		 1840 aa  108  9e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.886586  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00948  Rhs family protein  28.89 
 
 		 1008 aa  106  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00234387  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06218  Rhs family protein  28.89 
 
 		 1008 aa  106  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.374255  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06221  RHS Repeat family  28.39 
 
 		 1345 aa  103  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0388129  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05631  RHS Repeat family  28.39 
 
 		 1345 aa  103  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000440631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  23.32 
 
 		 1586 aa  101  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  23.43 
 
 		 1595 aa  99.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4560  YD repeat protein  24.95 
 
 		 1485 aa  99.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0188  YD repeat-containing protein  24.7 
 
 		 1147 aa  99.4  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.336651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3576  YD repeat protein  23.25 
 
 		 2149 aa  98.2  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.971607  hitchhiker  0.00854554 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  24.33 
 
 		 1572 aa  97.8  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1475  YD repeat-containing protein  26.51 
 
 		 2294 aa  98.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.705972 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  23.67 
 
 		 1576 aa  95.5  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  24.96 
 
 		 1419 aa  95.5  6e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1603  YD repeat protein  23.74 
 
 		 840 aa  95.5  6e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0004  YD repeat-containing protein  21.55 
 
 		 1942 aa  95.5  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00355  putative RHS-related transmembrane protein  27.04 
 
 		 741 aa  95.1  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3232  YD repeat-containing protein  23.06 
 
 		 1669 aa  94.4  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0173  Rhs family protein  23.52 
 
 		 1381 aa  92.4  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2808  peptidase C39, bacteriocin processing  24.44 
 
 		 1599 aa  92.4  6e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0012  YD repeat protein  24.51 
 
 		 3027 aa  92  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0303  YD repeat-containing protein  24.31 
 
 		 3273 aa  91.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1373  YD repeat-containing protein  21.84 
 
 		 1917 aa  90.1  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0874  YD repeat protein  23.05 
 
 		 1732 aa  90.1  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.409966  normal  0.012689 
 
 
-
 
NC_002936  DET1472  NHL/RHS/YD repeat-containing protein  25.56 
 
 		 1834 aa  89.7  4e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1371  YD repeat-containing protein  22.79 
 
 		 1959 aa  88.6  8e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2437  YD repeat-containing protein  25.49 
 
 		 690 aa  87.8  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2036  YD repeat-containing protein  24.05 
 
 		 3073 aa  85.5  0.000000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04760  putative RHS-related protein  26.3 
 
 		 788 aa  85.9  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05695  putative RHS-related protein  26.3 
 
 		 788 aa  85.9  0.000000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  22.76 
 
 		 1400 aa  85.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18610  YD repeat protein  23.91 
 
 		 2277 aa  84.3  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4802  hypothetical protein  25.43 
 
 		 2017 aa  84.7  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772458  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  22.9 
 
 		 1411 aa  83.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1325  YD repeat protein  23.75 
 
 		 2350 aa  83.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1046  YD repeat protein  25.15 
 
 		 902 aa  83.2  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.101993  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  22.98 
 
 		 1385 aa  83.2  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  23.26 
 
 		 1386 aa  82.8  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2443  YD repeat-containing protein  25.36 
 
 		 927 aa  82.8  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1158  YD repeat-containing protein  26.12 
 
 		 1517 aa  82.8  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0480723  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  23.83 
 
 		 1614 aa  82.4  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  23.25 
 
 		 1434 aa  82.4  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  23.2 
 
 		 1384 aa  82  0.00000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05537  putative RHS-related protein  26.31 
 
 		 764 aa  81.6  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.285743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  23.08 
 
 		 1348 aa  81.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  24.03 
 
 		 1550 aa  81.3  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0941  YD repeat protein  23.88 
 
 		 1467 aa  79.7  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.125138  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7071  YD repeat protein  25.81 
 
 		 1160 aa  79.7  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5510  YD repeat-containing protein  25.15 
 
 		 1390 aa  80.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.162905  normal  0.931179 
 
 
-
 
NC_003296  RS05526  putative RHS-related protein  26.2 
 
 		 705 aa  79.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1373  integrins alpha chain  23.43 
 
 		 1976 aa  78.6  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2050  YD repeat-containing protein  23.69 
 
 		 1935 aa  78.6  0.0000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  22.68 
 
 		 1560 aa  78.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2322  YD repeat-containing protein  23.09 
 
 		 913 aa  77.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.330208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1938  YD repeat protein  24.02 
 
 		 678 aa  77.8  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  24.58 
 
 		 1551 aa  78.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  24.81 
 
 		 1489 aa  78.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  21.97 
 
 		 866 aa  77.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0467  YD repeat-containing protein  25.97 
 
 		 1081 aa  77.4  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4142  YD repeat protein  22.49 
 
 		 1046 aa  76.6  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0842  YD repeat-containing protein  26.3 
 
 		 2831 aa  77  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1899  YD repeat-containing protein  26.05 
 
 		 423 aa  76.3  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.126482  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1310  YD repeat protein  25.66 
 
 		 2387 aa  76.3  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1130  wall-associated protein  23.54 
 
 		 2225 aa  76.3  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.490053  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  23.84 
 
 		 1531 aa  75.1  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  22.21 
 
 		 1362 aa  75.1  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2046  YD repeat-containing protein  23.54 
 
 		 909 aa  74.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0346  YD repeat-containing protein  21.74 
 
 		 2035 aa  73.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  21.38 
 
 		 1586 aa  74.3  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  23.81 
 
 		 1197 aa  73.6  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  23.35 
 
 		 1520 aa  72.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  23.75 
 
 		 1527 aa  72.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  22.32 
 
 		 924 aa  71.2  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1178  putative wall-associated protein  22.83 
 
 		 2224 aa  71.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.811104 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  23.45 
 
 		 1547 aa  71.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1255  wall-associated protein  25.87 
 
 		 504 aa  70.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1156  YD repeat-containing protein  26.67 
 
 		 2961 aa  70.9  0.0000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1237  YD repeat-containing protein  26.7 
 
 		 628 aa  70.5  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1022  wall-associated protein  23.84 
 
 		 2224 aa  70.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1441  hypothetical protein  24.49 
 
 		 2138 aa  70.9  0.0000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  22.93 
 
 		 867 aa  70.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1094  wall-associated protein  23.84 
 
 		 2224 aa  70.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4514  YD repeat-containing protein  25.13 
 
 		 3689 aa  70.1  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40016 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1201  wall associated protein, putative  22.97 
 
 		 2246 aa  69.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.491377  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1578  Rhs family protein  23.74 
 
 		 1556 aa  69.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.883586  normal  0.184607 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  21.72 
 
 		 1509 aa  69.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  23.48 
 
 		 1609 aa  69.3  0.0000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  23.23 
 
 		 1679 aa  68.9  0.0000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03365  ISXo8 transposase  28.86 
 
 		 800 aa  67.8  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  unclonable  0.0000000000642121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>