109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3160 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3160  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 181 aa  363  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0108534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3026  transcriptional regulator, putative  87.78 
 
 		 181 aa  325  3e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127274  normal  0.152535 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0223  putative transcriptional regulator, TetR family  53.85 
 
 		 185 aa  195  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5887  TetR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 187 aa  194  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0251  transcriptional regulator, TetR family  52.75 
 
 		 185 aa  194  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4457  TetR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 209 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1661  TetR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 180 aa  181  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0333899  normal  0.0197057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2120  TetR family transcriptional regulator  50.28 
 
 		 187 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.613447  normal  0.0993721 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4786  regulatory protein TetR  51.52 
 
 		 189 aa  168  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1889  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 195 aa  168  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3173  TetR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 213 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2283  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 173 aa  149  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000000171234  hitchhiker  0.000491617 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4135  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 194 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0691  regulatory protein TetR  37.89 
 
 		 202 aa  113  2.0000000000000002e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7144  transcriptional regulator, TetR family  40.56 
 
 		 188 aa  108  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6626  TetR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 210 aa  105  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1006  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 		 190 aa  100  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217455  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4434  transcriptional regulator  36.78 
 
 		 203 aa  91.7  5e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.147694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2555  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 205 aa  73.9  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.776584  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7526  putative transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 204 aa  68.2  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0602  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4685  transcriptional regulator, TetR family  30.36 
 
 		 205 aa  63.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.421028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5615  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000827938  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5979  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000443748  hitchhiker  0.000881636 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3036  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 214 aa  62  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3008  putative transcriptional regulator, TetR family  31.4 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 208 aa  62  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7464  TetR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 200 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0288781  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1237  transcriptional regulator, TetR family  36.13 
 
 		 219 aa  60.1  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.689055  normal  0.0835458 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2221  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3683  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  30.98 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 203 aa  58.2  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 228 aa  57  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0630  transcriptional regulator  26.92 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.397184  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 191 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 194 aa  57  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 191 aa  55.5  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4339  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 207 aa  55.5  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00746452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3021  TetR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2792  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 248 aa  54.7  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.41359  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11588  regulatory protein  29.01 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.8751e-36  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4006  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.685052  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  36.19 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4272  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 202 aa  52.4  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5818  TetR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 216 aa  52  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.199964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1533  regulatory protein TetR  28.74 
 
 		 203 aa  52  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987298  normal  0.249923 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12090  transcriptional regulator, tetR family  30.32 
 
 		 182 aa  52.4  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1387  transcriptional regulator, TetR family  30.82 
 
 		 213 aa  52  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0278  transcriptional regulator, TetR family  30.71 
 
 		 206 aa  50.8  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.72994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2012  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 206 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.719864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 193 aa  50.4  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 201 aa  50.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0011  transcriptional regulator, putative  21.64 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2574  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1685  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 197 aa  49.7  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1616  transcriptional regulator, TetR family  35.17 
 
 		 224 aa  50.1  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.86283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4469  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 202 aa  49.7  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 214 aa  49.7  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1467  hypothetical protein  30.99 
 
 		 213 aa  49.3  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165444  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2281  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 215 aa  49.3  0.00003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4620  transcriptional regulator, TetR family  32.72 
 
 		 194 aa  49.7  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 224 aa  48.9  0.00004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 199 aa  48.9  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 202 aa  48.5  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1474  TetR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 188 aa  48.5  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3714  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 178 aa  48.5  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 231 aa  47.8  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4158  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 205 aa  47  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4740  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.609223  normal  0.406356 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.889059 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  26.82 
 
 		 198 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4993  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 202 aa  46.6  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2394  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 188 aa  45.8  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.469906  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 199 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 213 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1327  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 191 aa  45.1  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385081  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2374  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 191 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1580  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000739015  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1138  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 228 aa  43.9  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6347  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 200 aa  43.9  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4502  putative transcriptional regulator, TetR family  29.37 
 
 		 249 aa  44.3  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2758  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0830  TetR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4754  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00853884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14850  transcriptional regulator  30.46 
 
 		 224 aa  43.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1457  transcription regulator, TetR family  33.33 
 
 		 195 aa  43.5  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000222834  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1870  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 200 aa  42  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.524009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1687  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 		 266 aa  42.4  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24200  transcriptional regulator, tetR family  27.15 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130166  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 194 aa  42  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>