More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_5564 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
201 aa  396  1e-109  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  37.29 
 
 
204 aa  102  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  36.81 
 
 
199 aa  102  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  37.89 
 
 
224 aa  102  5e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4384  TetR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
208 aa  89.7  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1961  TetR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
187 aa  89.4  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.797544  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2623  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
209 aa  88.2  7e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0845142 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2574  TetR family transcriptional regulator  38.24 
 
 
213 aa  88.2  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14850  transcriptional regulator  40.14 
 
 
224 aa  86.7  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4496  TetR family transcriptional regulator  36.31 
 
 
202 aa  87  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0468943  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4603  regulatory protein TetR  36.62 
 
 
211 aa  85.9  4e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.204139  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1870  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
200 aa  85.9  4e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.524009  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
200 aa  85.9  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.889059 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20410  transcriptional regulator, tetR family  34.15 
 
 
222 aa  84.7  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.539092  normal  0.887832 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1561  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
200 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.478798  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1585  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
200 aa  84.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1531  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
200 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3714  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 
178 aa  83.2  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
191 aa  82.4  0.000000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  32.58 
 
 
228 aa  82.4  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
192 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1478  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
217 aa  81.3  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4433  putative transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.304497  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 
231 aa  80.5  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3021  TetR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49231  normal  0.167388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4993  transcriptional regulator, TetR family  34.55 
 
 
202 aa  80.1  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.214434 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13188  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
208 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.166406 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0091  TetR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
187 aa  78.2  0.00000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0611138  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3006  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.313875  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 
205 aa  78.2  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  34.09 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  29.75 
 
 
198 aa  77.8  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0278  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
206 aa  77  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.72994  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1684  regulatory protein TetR  34.29 
 
 
211 aa  77  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.817144  normal  0.172233 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 
202 aa  76.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0893  regulatory protein TetR  35 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1687  regulatory protein, TetR  33.12 
 
 
266 aa  75.9  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  30.69 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  29.27 
 
 
200 aa  73.9  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 
214 aa  73.2  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0075  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
194 aa  73.6  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 
214 aa  73.6  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  31.1 
 
 
204 aa  73.2  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 
202 aa  73.6  0.000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2555  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
205 aa  72.8  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.776584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1821  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
199 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7526  putative transcriptional regulator, TetR family  35.09 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1763  TetR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
287 aa  72.4  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3363  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 
199 aa  72  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1434  transcriptional regulator, TetR family  44.04 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  30.63 
 
 
205 aa  71.6  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2959  transcriptional regulator, TetR family  35.98 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0706  TetR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
383 aa  71.6  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3063  regulatory protein TetR  34.13 
 
 
191 aa  71.6  0.000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11588  regulatory protein  32.72 
 
 
202 aa  71.2  0.000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.8751e-36  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 
210 aa  71.2  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5223  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
197 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.325156 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0388  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
204 aa  71.2  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.654621 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3441  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
215 aa  70.5  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0492  TetR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
193 aa  69.7  0.00000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.496213  normal  0.296626 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3260  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
213 aa  69.3  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.122521  normal  0.297775 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2677  transcriptional regulator, TetR family  36.43 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0882789  normal  0.108498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2727  TetR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
192 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.109313 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1237  transcriptional regulator, TetR family  33.55 
 
 
219 aa  69.3  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.689055  normal  0.0835458 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5615  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
200 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000827938  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  30.49 
 
 
193 aa  68.2  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5979  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
200 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000443748  hitchhiker  0.000881636 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0011  transcriptional regulator, putative  22.83 
 
 
179 aa  67.8  0.00000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3683  TetR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
193 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14289  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3528  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
192 aa  67.4  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.069513  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5887  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
187 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0326  Transcriptional regulator protein  32.65 
 
 
217 aa  67  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1467  hypothetical protein  32.8 
 
 
213 aa  65.9  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165444  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  32.41 
 
 
234 aa  65.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4158  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1553  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
212 aa  65.5  0.0000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 
200 aa  65.1  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2430  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
189 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2475  TetR family transcriptional regulator  30.25 
 
 
189 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3757  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
206 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0306386  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 
230 aa  63.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2758  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011894  Mnod_2402  transcriptional regulator, TetR family  30.07 
 
 
204 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012669  Bcav_3333  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 
211 aa  64.3  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.618946 
 
 
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NC_014158  Tpau_2221  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 
206 aa  63.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013172  Bfae_28220  transcriptional regulator  32.24 
 
 
195 aa  64.3  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_4754  transcriptional regulator, TetR family  43.01 
 
 
216 aa  63.9  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00853884  normal 
 
 
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NC_013947  Snas_0602  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 
209 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008726  Mvan_0778  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
199 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.308556  normal  0.547023 
 
 
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NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
213 aa  63.5  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
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NC_014210  Ndas_4818  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 
208 aa  63.9  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.945526  normal 
 
 
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