More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0706 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0706  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
383 aa  754    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  65.46 
 
 
200 aa  270  2.9999999999999997e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.889059 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  43.41 
 
 
204 aa  156  7e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  40.76 
 
 
193 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 
228 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3683  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
193 aa  123  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14289  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2727  TetR family transcriptional regulator  39.01 
 
 
192 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.109313 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  39.89 
 
 
199 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
192 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  36.41 
 
 
202 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 
191 aa  116  5e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
234 aa  116  7.999999999999999e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3021  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
194 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49231  normal  0.167388 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3006  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
194 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.313875  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  37.08 
 
 
194 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2758  TetR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
231 aa  106  9e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3441  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
215 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1434  transcriptional regulator, TetR family  37.64 
 
 
185 aa  105  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3311  putative transcriptional regulator, TetR family  36.87 
 
 
192 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14850  transcriptional regulator  37.02 
 
 
224 aa  102  8e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4993  transcriptional regulator, TetR family  36.65 
 
 
202 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2574  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
213 aa  100  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  39.31 
 
 
214 aa  99  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1616  transcriptional regulator, TetR family  37.36 
 
 
224 aa  97.4  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.86283 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0075  transcriptional regulator, TetR family  36.72 
 
 
194 aa  96.7  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0326  Transcriptional regulator protein  32.07 
 
 
217 aa  96.3  7e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1684  regulatory protein TetR  34.21 
 
 
211 aa  96.3  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.817144  normal  0.172233 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1763  TetR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
287 aa  96.3  9e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686866 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4754  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 
216 aa  95.5  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00853884  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2430  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2475  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
189 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11192  transcriptional regulator  33.52 
 
 
201 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11588  regulatory protein  32.81 
 
 
202 aa  94  4e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.8751e-36  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2623  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
209 aa  94  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0845142 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  35.87 
 
 
231 aa  92  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2555  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
205 aa  92.4  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.776584  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  32.28 
 
 
205 aa  90.9  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 
203 aa  90.5  4e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  35.37 
 
 
191 aa  90.1  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 
210 aa  90.1  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1478  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
217 aa  89  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0278  transcriptional regulator, TetR family  36.02 
 
 
206 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.72994  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3813  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
222 aa  87.4  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0327168  normal  0.449726 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7526  putative transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 
204 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  34.46 
 
 
208 aa  87  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 
199 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 
199 aa  86.7  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3333  transcriptional regulator, TetR family  32.77 
 
 
211 aa  86.3  8e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.618946 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  35.8 
 
 
224 aa  86.3  9e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  33.7 
 
 
194 aa  85.9  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1697  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
230 aa  85.5  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3036  TetR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
196 aa  84.3  0.000000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2281  transcriptional regulator, TetR family  35.16 
 
 
215 aa  84  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3260  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.122521  normal  0.297775 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20410  transcriptional regulator, tetR family  27.45 
 
 
222 aa  82.4  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.539092  normal  0.887832 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0867  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
202 aa  82  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  33.88 
 
 
214 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4818  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 
208 aa  82  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.945526  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5902  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
213 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3021  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
210 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154198  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  31.16 
 
 
202 aa  80.1  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1687  regulatory protein, TetR  34.59 
 
 
266 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  30.64 
 
 
198 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
202 aa  79  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4006  transcriptional regulator, TetR family  35.26 
 
 
193 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.685052  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3818  transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 
212 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104466  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8134  hypothetical protein  30.22 
 
 
203 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.290445  normal  0.176944 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6035  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
203 aa  77.8  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3998  transcriptional regulator, TetR family  34.93 
 
 
245 aa  77.4  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000456955  normal  0.178314 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0014  TetR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
234 aa  77.4  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.730336  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
213 aa  76.6  0.0000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
200 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1533  regulatory protein TetR  34.53 
 
 
203 aa  75.9  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987298  normal  0.249923 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
200 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0893  regulatory protein TetR  33.88 
 
 
194 aa  75.9  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
200 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3714  transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 
178 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5615  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
200 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000827938  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5979  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
200 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000443748  hitchhiker  0.000881636 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1474  TetR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
188 aa  74.7  0.000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0873  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 
215 aa  74.7  0.000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00991598  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2677  transcriptional regulator, TetR family  34.29 
 
 
206 aa  74.7  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0882789  normal  0.108498 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24200  transcriptional regulator, tetR family  35.21 
 
 
204 aa  74.3  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130166  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2232  transcriptional regulator, TetR family  31.95 
 
 
201 aa  73.9  0.000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.731324  hitchhiker  0.00520971 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3506  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
195 aa  73.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154198  normal  0.0873465 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0091  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0611138  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3528  transcriptional regulator, TetR family  31.64 
 
 
192 aa  73.2  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.069513  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2012  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 
206 aa  73.2  0.000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.719864  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5770  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 
201 aa  73.2  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.805337 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4384  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
208 aa  72.8  0.000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4469  transcriptional regulator, TetR family  34.84 
 
 
202 aa  72.8  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2959  transcriptional regulator, TetR family  32.37 
 
 
200 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3530  regulatory protein TetR  25.86 
 
 
235 aa  71.6  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.898869  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1467  hypothetical protein  35.53 
 
 
213 aa  71.6  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165444  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  35.33 
 
 
201 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1163  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
189 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.370888  normal  0.723677 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 
237 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.214434 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4620  transcriptional regulator, TetR family  42.71 
 
 
194 aa  71.2  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1531  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
200 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.556905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>