More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2623 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2623  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 209 aa  415  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0845142 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1478  TetR family transcriptional regulator  87.02 
 
 		 217 aa  355  3.9999999999999996e-97  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0075  transcriptional regulator, TetR family  42.44 
 
 		 194 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2959  transcriptional regulator, TetR family  52.33 
 
 		 200 aa  131  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3063  regulatory protein TetR  50.58 
 
 		 191 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  43.5 
 
 		 205 aa  127  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3363  transcriptional regulator, TetR family  39.29 
 
 		 199 aa  122  4e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 210 aa  122  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  41.9 
 
 		 199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 237 aa  115  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214434 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 192 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2402  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 204 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 191 aa  111  8.000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2332  regulatory protein, TetR  40.98 
 
 		 204 aa  103  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 202 aa  103  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 228 aa  101  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  38.1 
 
 		 198 aa  101  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  33.69 
 
 		 199 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 200 aa  98.6  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.889059 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  38.12 
 
 		 202 aa  97.8  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0706  TetR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 383 aa  94.4  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4818  transcriptional regulator, TetR family  38.37 
 
 		 208 aa  94  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.945526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4433  putative transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 199 aa  92.4  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.304497  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  33.74 
 
 		 224 aa  91.7  6e-18  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 191 aa  91.7  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  40.23 
 
 		 205 aa  88.2  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 201 aa  88.2  8e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 193 aa  88.2  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14850  transcriptional regulator  35.2 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5770  transcriptional regulator, TetR family  34.48 
 
 		 201 aa  87  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.805337 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2555  TetR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 205 aa  86.7  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.776584  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  85.1  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  85.1  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  35.05 
 
 		 203 aa  85.5  6e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 194 aa  84.7  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  84.7  9e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3311  putative transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 192 aa  84.3  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5223  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325156 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3287  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 195 aa  84  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.443656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 200 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3683  TetR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3818  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1687  regulatory protein, TetR  34.38 
 
 		 266 aa  81.3  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0278  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 		 206 aa  80.9  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.72994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1556  putative transcriptional regulator, TetR family  36.99 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0602  transcriptional regulator, TetR family  33.52 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4272  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 191 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3506  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 195 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154198  normal  0.0873465 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2727  TetR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 192 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.109313 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3813  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 222 aa  79.3  0.00000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0327168  normal  0.449726 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2232  transcriptional regulator, TetR family  31.79 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.731324  hitchhiker  0.00520971 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4339  TetR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00746452  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1616  transcriptional regulator, TetR family  32.96 
 
 		 224 aa  78.6  0.00000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.86283 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7464  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0288781  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4754  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 216 aa  78.2  0.00000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00853884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1023  regulatory protein TetR  39.47 
 
 		 196 aa  77.8  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.932216  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  33.15 
 
 		 214 aa  77.4  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7526  putative transcriptional regulator, TetR family  32.12 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3260  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 213 aa  75.9  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.122521  normal  0.297775 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1434  transcriptional regulator, TetR family  34.66 
 
 		 185 aa  75.5  0.0000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3006  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.313875  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6626  TetR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 210 aa  75.5  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1684  regulatory protein TetR  32.24 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.817144  normal  0.172233 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3021  TetR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 194 aa  75.5  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49231  normal  0.167388 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2963  TetR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 189 aa  75.1  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.412295 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1553  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 212 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.260138 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2948  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2992  TetR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.385096  normal  0.373192 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  28.36 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24200  transcriptional regulator, tetR family  32 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.130166  normal  0.0410828 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2374  TetR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5615  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000827938  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2454  TetR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 185 aa  72  0.000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5979  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000443748  hitchhiker  0.000881636 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4255  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 216 aa  71.6  0.000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.323719 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2574  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2385  transcriptional regulator, TetR family  38.26 
 
 		 176 aa  70.9  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000106592  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3441  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 215 aa  70.9  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5902  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 213 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20410  transcriptional regulator, tetR family  27.08 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.539092  normal  0.887832 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05420  transcriptional regulator, tetR family  35.33 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12090  transcriptional regulator, tetR family  32.56 
 
 		 182 aa  70.5  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1697  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 230 aa  70.5  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3036  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 196 aa  70.5  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0893  regulatory protein TetR  36.87 
 
 		 194 aa  70.5  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3771  transcriptional regulator, TetR family  33.95 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5207  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5295  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.334601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5587  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 216 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.214408 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3528  transcriptional regulator, TetR family  32.74 
 
 		 192 aa  67.8  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.069513  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3324  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 225 aa  67.4  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.748824 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 213 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>