109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_2120 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_2120  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 187 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.613447  normal  0.0993721 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0223  putative transcriptional regulator, TetR family  57.83 
 
 		 185 aa  185  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0251  transcriptional regulator, TetR family  53.55 
 
 		 185 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.514546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4457  TetR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.108103 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5887  TetR family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 187 aa  175  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.350094 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3160  transcriptional regulator, putative  50.28 
 
 		 181 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0108534  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1889  TetR family transcriptional regulator  55.97 
 
 		 195 aa  170  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3026  transcriptional regulator, putative  48.9 
 
 		 181 aa  169  3e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127274  normal  0.152535 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4786  regulatory protein TetR  46.03 
 
 		 189 aa  167  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2283  TetR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 173 aa  142  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.000000171234  hitchhiker  0.000491617 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1661  TetR family transcriptional regulator  48.02 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0333899  normal  0.0197057 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3173  TetR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 213 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4135  TetR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 194 aa  114  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6626  TetR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 210 aa  105  4e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0691  regulatory protein TetR  38.1 
 
 		 202 aa  103  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7144  transcriptional regulator, TetR family  35.2 
 
 		 188 aa  99  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.251131 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1006  transcriptional regulator, TetR family  35.19 
 
 		 190 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.217455  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4434  transcriptional regulator  37.95 
 
 		 203 aa  87  1e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.147694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5818  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 216 aa  72.4  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.199964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2555  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 205 aa  71.2  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.776584  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2221  transcriptional regulator, TetR family  35.58 
 
 		 206 aa  67.4  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4272  TetR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1533  regulatory protein TetR  28.65 
 
 		 203 aa  65.1  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987298  normal  0.249923 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 199 aa  64.7  0.0000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4073  putative transcriptional regulator, TetR family  33.54 
 
 		 208 aa  63.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3036  TetR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2374  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0602  transcriptional regulator, TetR family  32.34 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 191 aa  61.2  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2012  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.719864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7526  putative transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 204 aa  58.2  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4339  TetR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00746452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 		 198 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4685  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 205 aa  57  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.421028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7464  TetR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0288781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0038  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0047  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0028  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 191 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.35435 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3683  TetR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 193 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.14289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  32.85 
 
 		 201 aa  55.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 228 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  33.6 
 
 		 203 aa  54.3  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 199 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0011  transcriptional regulator, putative  23.08 
 
 		 179 aa  52.8  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4502  putative transcriptional regulator, TetR family  33.77 
 
 		 249 aa  52.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4158  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12090  transcriptional regulator, tetR family  27.75 
 
 		 182 aa  52.4  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2792  transcriptional regulator, TetR family  35.14 
 
 		 248 aa  52.4  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.41359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0278  transcriptional regulator, TetR family  29.63 
 
 		 206 aa  52.4  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.72994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4304  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 214 aa  52  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.127399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3008  putative transcriptional regulator, TetR family  29.81 
 
 		 203 aa  52  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1528  transcriptional regulator, TetR family  33.91 
 
 		 194 aa  52  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.680556  normal  0.906011 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4074  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 214 aa  52  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4150  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 214 aa  52  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4006  transcriptional regulator, TetR family  30.12 
 
 		 193 aa  51.6  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.685052  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4469  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 		 202 aa  51.6  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1434  transcriptional regulator, TetR family  37.08 
 
 		 185 aa  51.6  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 214 aa  51.2  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05420  transcriptional regulator, tetR family  33.58 
 
 		 188 aa  50.1  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2574  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 213 aa  50.1  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  27.93 
 
 		 230 aa  48.9  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5615  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 200 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00000827938  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5979  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 200 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00000443748  hitchhiker  0.000881636 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1163  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 189 aa  47.8  0.00009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.370888  normal  0.723677 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5169  hypothetical protein  29.17 
 
 		 188 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.27231  normal  0.324397 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  26.62 
 
 		 200 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3311  putative transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.160159 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 200 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 200 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 200 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  29.41 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2959  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 200 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4620  transcriptional regulator, TetR family  36.43 
 
 		 194 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.732833  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4603  regulatory protein TetR  30.84 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.204139  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6035  transcriptional regulator, TetR family  26.14 
 
 		 203 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3757  transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 		 206 aa  45.4  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0306386  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  33.94 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 213 aa  45.1  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.34 
 
 		 178 aa  45.4  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1870  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 200 aa  45.1  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.524009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11588  regulatory protein  27.81 
 
 		 202 aa  44.7  0.0007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.8751e-36  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0893  regulatory protein TetR  26.45 
 
 		 194 aa  44.7  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1561  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 200 aa  44.7  0.0009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.478798  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1585  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 200 aa  44.7  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1531  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 200 aa  44.7  0.0009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4496  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0468943  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1237  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 219 aa  44.3  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.689055  normal  0.0835458 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2281  transcriptional regulator, TetR family  28.47 
 
 		 215 aa  43.9  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0091  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0611138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1685  transcriptional regulator  26.45 
 
 		 197 aa  43.5  0.002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4255  TetR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 216 aa  43.5  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.323719 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 237 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214434 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3063  regulatory protein TetR  33.65 
 
 		 191 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3021  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4883  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 187 aa  42.4  0.004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00152311 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2232  transcriptional regulator, TetR family  24.78 
 
 		 201 aa  42.4  0.004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.731324  hitchhiker  0.00520971 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2851  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 204 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  36.62 
 
 		 204 aa  42  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>