More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0673 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0673  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 283 aa  558  1e-158  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0901  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  94.7 
 
 		 283 aa  531  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2048  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  55.95 
 
 		 283 aa  268  8e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.218201  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0312  TPR repeat-containing protein  39.5 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.542961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0114  tetratricopeptide TPR_2  39.69 
 
 		 251 aa  69.7  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.36322  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  33.33 
 
 		 620 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  33.1 
 
 		 612 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 		 620 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 637 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  35.9 
 
 		 810 aa  59.3  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 635 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 635 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  39.81 
 
 		 575 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 639 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  33.08 
 
 		 878 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 636 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  36.13 
 
 		 611 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.04 
 
 		 632 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  38.83 
 
 		 556 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  28.24 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1618  TPR repeat-containing protein  42.19 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3269  TPR repeat-containing protein  38.32 
 
 		 693 aa  56.6  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.306934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33 
 
 		 689 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  30.83 
 
 		 266 aa  56.2  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0239  TPR repeat-containing protein  28.32 
 
 		 326 aa  56.2  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  36.67 
 
 		 615 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  27.97 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  39.77 
 
 		 574 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  28.17 
 
 		 366 aa  54.3  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3203  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  40.82 
 
 		 282 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  29.03 
 
 		 626 aa  53.9  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3427  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.204482  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  32.61 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2977  TPR repeat-containing protein  40.82 
 
 		 282 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.481516 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1653  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30 
 
 		 758 aa  53.1  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  38.64 
 
 		 575 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2937  TPR repeat-containing protein  32.31 
 
 		 248 aa  52.8  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000196888  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1987  TPR domain-containing protein  27.98 
 
 		 864 aa  52.8  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.944233  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3934  TPR repeat-containing protein  29.47 
 
 		 285 aa  52.8  0.000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49834  normal  0.136531 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1184  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  30.43 
 
 		 631 aa  52.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7349  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  27.97 
 
 		 988 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0738846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3159  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  38.78 
 
 		 282 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.646295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 614 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 626 aa  52  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.57 
 
 		 265 aa  52  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  27.27 
 
 		 520 aa  51.6  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  32.2 
 
 		 614 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 626 aa  51.6  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2851  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.11 
 
 		 807 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 614 aa  52  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 614 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  29.41 
 
 		 614 aa  51.6  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0427  TPR repeat-containing protein  32.04 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.609361  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2405  hypothetical protein  26.16 
 
 		 577 aa  50.8  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  26.54 
 
 		 739 aa  51.2  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  23.38 
 
 		 927 aa  51.2  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1392  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0729  TPR repeat-containing protein  30 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0691  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  33.64 
 
 		 883 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.953113 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0099  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0546  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 792 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.482559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1157  TPR repeat-containing protein  28.95 
 
 		 522 aa  50.8  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.934871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  30.83 
 
 		 590 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3569  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1753  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 		 362 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3194  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  38.24 
 
 		 349 aa  50.4  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.756541  hitchhiker  0.0088423 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.78 
 
 		 582 aa  50.8  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5265  TPR repeat-containing protein  30.37 
 
 		 284 aa  50.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.487256  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  28.26 
 
 		 619 aa  50.8  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  24.62 
 
 		 3145 aa  50.4  0.00003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5820  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.66 
 
 		 277 aa  50.8  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1432  TPR domain-containing protein  25.36 
 
 		 573 aa  50.4  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3023  glycosyl transferase, group 1/2 family protein  30.82 
 
 		 2401 aa  50.1  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2951  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.47 
 
 		 784 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0495  TPR repeat-containing protein  30.16 
 
 		 592 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31548  hitchhiker  0.000811281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0540  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  34.38 
 
 		 1056 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0423513  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 718 aa  50.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  37.5 
 
 		 573 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 		 1276 aa  50.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  30.71 
 
 		 575 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  36.36 
 
 		 573 aa  49.7  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3708  hypothetical protein  26.72 
 
 		 1039 aa  49.7  0.00005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2032  TPR repeat-containing protein  39.6 
 
 		 883 aa  49.7  0.00005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.192732  normal  0.125101 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1891  TPR repeat-containing protein  35 
 
 		 266 aa  50.1  0.00005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2549  hypothetical protein  34.48 
 
 		 577 aa  49.7  0.00006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1755  Flp pilus assembly protein TadD  31.96 
 
 		 321 aa  49.7  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2051  TPR repeat-containing protein  30.66 
 
 		 292 aa  49.7  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00932156  normal  0.0498095 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2822  TPR repeat-containing protein  31.07 
 
 		 257 aa  49.7  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2414  TPR repeat-containing protein  38.1 
 
 		 589 aa  49.3  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0290  hypothetical protein  37.04 
 
 		 262 aa  49.3  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.422068  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0823  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.96 
 
 		 296 aa  49.3  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0401477 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7038  hypothetical protein  36.47 
 
 		 309 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.573891 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0977  TPR repeat-containing protein  28.82 
 
 		 1215 aa  49.3  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.153699  normal  0.773463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 		 573 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  29.88 
 
 		 864 aa  48.9  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2431  peptidase C14 caspase catalytic subunit p20  28.47 
 
 		 818 aa  49.3  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8213  TPR repeat-containing protein  26.17 
 
 		 392 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0720948  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  25.3 
 
 		 909 aa  48.9  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1778  TPR repeat-containing protein  30.43 
 
 		 269 aa  48.9  0.00009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822909  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2283  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 		 186 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.976866 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>